Herezje były znane już w czasach starożytnych (manicheizm) i we wczesnym średniowieczu (sekta bogomiłów), jednak rozwinęły się na szeroką skalę w wiekach XI - XV. Stanowiły one wyraz protestu przeciwko wyłączności Kościoła chrześcijańskiego w głoszeniu słowa bożego. Ich szerzeniu się sprzyjał upadek autorytetu Kościoła, problemy społeczne oraz niezaspokojone potrzeby religijne średniowiecznych Europejczyków.

Podwaliny pod rozwój średniowiecznych herezji położyli Joachim z Fiore, Amalryk z Bèan, oraz twórcy mistycyzmu - dominikanie Johannes Eckhart i Johannes Tauler. Sporą rolę w szerzeniu się nurtów heretyckich odegrał także Jan Wikliff, który w XIV wieku uznał "Pismo Święte" jako jedyną podstawę wiary. Podkreślał także rolę ubóstwa i pokory, odrzucił kult relikwii i świętych, odpusty, indywidualną spowiedź, zalecał sekularyzację dóbr kościelnych, przetłumaczy "Biblię" na język angielski i udostępnił ja tym samym prostemu ludowi. Ostrą krytykę wystosował przeciwko papiestwu. Żyjące we wspólnocie panie nie składały ślubów wieczystych, ale żyły w ubóstwie, czystości i modlitwie. "Beginaże", czyli osiedla beginek powstawały przede wszystkim na terenach dzisiejszej Francji, Holandii, Belgii i Niemiec. Beginki zajmowały się przede wszystkim modlitwą, rękodziełem, pielęgnacją chorych, pochówkiem zmarłych oraz edukacją dziewcząt. Utrzymywały się z wniesionych do zgromadzenia fundacji oraz ze sprzedaży własnych wyrobów. W XIV w. beginki pojawiły się na ziemiach polskich. Z czasem zaczęła wzrastać nieufność Kościoła do tych świeckich zgromadzeń. Oskarżano je o herezję a nawet o prostytucję. Stało się tak dlatego, że część beginek odrzuciła Pismo Święte i praktyki religijne. W XIV wieku zakazano działalności beginek. Były one prześladowane i wypędzane.

Sekta waldensów narodziła się w okresie gwałtownego rozwoju miast, a zarazem pogłębiania się różnic majątkowych między ich mieszkańcami. Na czele wspólnoty stanął bogaty kupiec Piotr Valdo (Petrus Waldes), który swój majątek oddaje ubogim i postanowił sam żyć w ubóstwie. Kazał przetłumaczyć fragmenty Biblii na język prowansalski i około roku 1175 zaczął głosić słowo boże. Jego zwolenników nazywano "ubogimi z Lyonu". Byli oni zobowiązani do złożenia trzech ślubów: ubóstwa, czystości i posłuszeństwa wobec nakazów. W 1215 r. papież rzucił na Waldensów klątwę (IV sobór laterański). W 1231 r. rozpoczęto prześladowania, które doprowadziły do likwidacji społeczności waldensów.

Od mniej więcej 1140 r. w południowej Francji i we Włoszech szerzył się ruch religijny katarów (od katharós - czysty). We Francji nazywano ich albigensami, a we Włoszech patarini. Wierzyli oni w nieustanną walkę dobra i zła. Pierwiastek duchowy, czyli dobra i światła, był emanacją bóstwa. Natomiast świat materialny, jako ucieleśnienie zła i ciemności, był dziełem szatana. Uznawali, że Kościół utrudnia ludziom osiągnięcie zbawienia. Ponieważ albigensi występowali przeciwko Kościołowi i jego hierarchii, trzeci sobór laterański potępił w roku 1179 ich działalność. W celu zlikwidowania sekty urządzono krucjatę. W sojuszu z królem Francji, w wojnie przeciwko albigensom, w latach 1209 - 1229, wymordowano wiele dziesiątków tysięcy ludzi. Za heretyków uznawany był też radykalny odłam franciszkanów, czyli tzw. braciszkowie (fratricelli) oraz biczowników (tzw. flagelanci), którzy uznali, że aby dostać się do nieba należy sobie stworzyć na ziemi czyściec (dlatego należało się biczować).

Chyba najbardziej znanym ruchem heretyckim średniowiecza jest husytyzm, który rozwijał się na przełomie XV i XVI wieku. Jego ideologiem był profesor Uniwersytetu Praskiego - Jan Hus (1369 - 1415). Swoje poglądy ukształtował pod wpływem idei angielskiego teologa Johna Wycliffe'a. Hus przełożył na język czeski "Biblię". Postulował odrzucenie władzy politycznej i autorytetu papieży, co oznacza że łączył postulaty religijne z politycznymi. Krytykował bogactwo Kościoła oraz handel odpustami i kult relikwii. Według niego Eucharystia powinna być przyjmowana pod obiema postaciami. Uważał, że treści ewangeliczne powinny być głoszone w językach narodowych, a także by mogły to robić osoby świeckie. Jana Husa zaproszono na sobór w Konstancji i tam, mimo uzyskanych wcześniej gwarancji bezpieczeństwa, uznano za heretyka i spalony na stosie (1415 r.). Jego śmierć spowodowała wybuch wojen religijnych w Czechach.

Kościół starał się zwalczać herezje. Organizował krucjaty, nawoływał władze świeckie do walki z odszczepieńcami. Do walki z herezjami powołał instytucję inkwizycji. Karą za głoszenie poglądów sprzecznych z doktryną Kościoła była śmierć przez spalenie na stosie.