W 1440 roku szlachta i mieszkańcy miast pruskich utworzyli Związek Pruski. Był on skierowany przeciwko Krzyżakom. W 1454 roku członkowie Związku Pruskiego zwrócili się z prośbą do Kazimierza Jagiellończyka o przyjęcie Prus i Pomorza Gdańskiego pod polskie zwierzchnictwo. Król wcielił (inkorporował) Prusy do Polski i wypowiedział wojnę Zakonowi. Wybuchła tzw. wojna trzynastoletnia (1454-1466).
Pokój podpisano w październiku 1466 roku w Toruniu (tzw. pokój toruński II). Na jego mocy Polska odzyskała Pomorze Gdańskie wraz z Gdańskiem, ziemie chełmińską, michałowską, Warmię. Wszystkie te ziemie nazwano Prusami Królewskimi. Pozostałe ziemie Zakonu tj. wschodnia część Prus (ze stolicą w Królewcu) pozostała przy Krzyżakach jako lenno polskie.
Prusy Królewskie uzyskały szeroki samorząd terytorialny, a także własny sejmik generalny.
Pokój toruński II ustalił na trzysta lat północno-zachodnie granice Polski.
