W Krakowie działa obecnie 21 wyższych uczelni, z czego 9 to uczelnie publiczne podlegające Ministerstwu Nauki i Szkolnictwa Wyższego, 4 to uczelnie publiczne niepodlegające Ministerstwu, natomiast pozostałe 8 to uczelnie niepubliczne. Kształci się na nich łącznie ponad 173 tysiące studentów (GUS, 2005).

Niewątpliwie najbardziej znaną polską uczelnią jest Uniwersytet Jagielloński, jeden z najstarszych uniwersytetów w środkowej Europie (drugi po powstałym w 1348 r. uniwersytecie w Pradze). Został założony w 1364 r. przez Kazimierza Wielkiego, następnie odnowiony i unowocześniony przez Jadwigę Andegaweńską i Władysława II Jagiełłę. W XIX wieku nadano mu nazwę Jagielloński, by podkreślić jego związki z tą dynastią.

Akademia Krakowska może się poszczycić wieloma sławnymi postaciami, które tam się kształciły, a są to m.in. Mikołaj Kopernik, Jan Kochanowski, Mikołaj Rej, Andrzej Frycz Modrzewski czy Karol Wojtyła, późniejszy papież. Wykładali na tej uczelni m.in. Jan Długosz, Hugo Kołłątaj czy Józef Szujski.

Na Uniwersytecie Jagiellońskim znajduje się 13 różnych wydziałów, wśród nich trzy tworzące Collegium Medicum, a są to: Wydział Lekarski ze Stomatologią, Wydział Farmacji i Wydział Ochrony Zdrowia. Jest to jedyny uniwersytet w Polsce posiadający wydziały medyczne. Inne wydziały UJ to: Wydział Prawa i Administracji, Wydział Filologiczny, Wydział Polonistyki, Wydział Filozoficzny, Wydział Historyczny, Wydział Matematyki i Informatyki, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej, Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, Wydział Biotechnologii, Wydział Chemii, Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej, Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych, Wydział Bibliotekoznawstwa.

Obecnie uniwersytet kształci łącznie ponad 40 000 studentów, w tym ok. 4 500 w Collegium Medicum, na 44 kierunkach. Zainteresowanie tą uczelnią nie spada (na jedno miejsce przypada średnio 5 kandydatów) m.in. dlatego, że rankingach zajmuje ona stale czołowe miejsca wśród uczelni krajowych.

Również wysoko w rankingach notowana jest Akademia Górniczo-Hutnicza. Jest to uczelnia, której naukowe osiągnięcia znane są nawet za granicą. Jej historia nie jest bardzo odległa i sięga 1919 roku. Na początku swej działalności jej mury opuszczali wyłącznie górnicy, trochę później powstał wydział hutniczy. W kolejnych latach powstawały następne wydziały uczelni. Obecnie na akademii kształci około 20 000 studentów na 16 wydziałach, a są to: Wydział Górnictwa i Geoinżynierii, Wydział Metalurgii i Inżynierii Materiałowej, Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Elektroniki, Wydział Inżynierii Mechanicznej i Robotyki, Wydział Geologii, Geofizyki i Ochrony Środowiska, Wydział Geodezji Górniczej i Inżynierii Środowiska, Wydział Inżynierii Materiałowej i Ceramiki, Wydział Odlewnictwa, Wydział Metali Nieżelaznych, Wydział Wiertnictwa, Nafty i Gazu, Wydział Zarządzania, Wydział Paliw i Energii, Wydział Fizyki i Informatyki Stosowanej, Wydział Matematyki Stosowanej, Wydział Nauk Społecznych Stosowanych, Międzywydziałowa Szkoła Energetyki.

Inna krakowska uczelnia, Akademia Pedagogiczna im. Komisji Edukacji Narodowejzostała utworzona w 1946 roku pod nazwą: Państwowa Wyższa Szkoła Pedagogiczna. Pierwotnie uczelnia kształciła wyłącznie nauczycieli szkół podstawowych. Od roku 1949 rozpoczęto kształcenie nauczycieli szkół średnich. Obecnie uczelnia posiada następujące wydziały: Wydział Humanistyczny, Wydział Pedagogiczny, Wydział Geograficzno-Biologiczny, Wydział Matematyczno - Fizyczno-Techniczny. Kształci się tam około 20000 studentów.

Akademia Sztuk Pięknych w Krakowie jest uznawana za najstarszą wyższą uczelnię artystyczną w Polsce. Powstała w 1818 roku pod nazwą Szkoła Rysunku i Malarstwa i początkowo funkcjonowała jako Oddział Literatury na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1873 roku zmieniła nazwę na Szkołę Sztuk Pięknych. Obecnie na ASP znajdują się następujące wydziały: Wydział Malarstwa, Wydział Rzeźby, Wydział Grafiki, Wydział Form Przemysłowych, Wydział Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki, Wydział Architektury Wnętrz.

Akademia Ekonomiczna powstała w 1882 roku pod nazwą Miejska Szkoła Handlowa.Od 1896 roku funkcjonowała jako Wyższa Szkoła Handlowa. Obecnie na akademii można się kształcić na następujących wydziałach: Wydział Ekonomii i Stosunków Międzynarodowych, Wydział Finansów, Wydział Towaroznawstwa, Wydział Zarządzania.

Kolejna uczelnia, Politechnika Krakowska została utworzona w 1945 r., w 1975 roku otrzymała imię Tadeusza Kościuszki. Na uczelni pracuje obecnie około 2100 pracowników i kształci się 17500 studentów na 7 wydziałach, a są to: Wydział Architektury, Wydział Fizyki Technicznej i Modelowania Komputerowego, Wydział Inżynierii Elektrycznej i Komputerowej, Wydział Inżynierii Lądowej, Wydział Inżynierii Środowiska, Wydział Inżynierii i Technologii Chemicznej, Wydział Mechaniczny.

Akademia Muzyczna w Krakowie została założona w 1888 roku. Obecnie akademia kształci wielu studentów na 3 wydziałach oraz przyznaje doktoraty Honoris Causa wybitnym osobistościom w dziedzinie muzyki. Wydziały akademii muzycznej to: Wydział Twórczości, Interpretacji i Edukacji Muzycznej, Wydział Instrumentalny, Wydział Wokalno Aktorski.

Państwowa Wyższa Szkoła Teatralna w Krakowie powstała w 1946 roku. Na początku działalności kształciła wyłącznie aktorów. Obecnie poza aktorami uczelnia kształci również reżyserów, posiada Wydział Aktorski oraz Wydział Reżyserii Dramatu.

Akademia Rolnicza im. Hugona Kołłątaja istnieje w Krakowie od 1972 roku, Obecnie akademia kształci około 10 tys. studentów na 7 wydziałach: Wydział Rolniczo-Ekonomiczny, Wydział Hodowli i Biologii Zwierząt, Wydział Leśny, Wydział Inżynierii Środowiska i Geodezji, Wydział Ogrodniczy, Wydział Agroinżynierii, Wydział Technologii Żywności.

Akademia Wychowania Fizycznego im. Bronisława Czecha sięga historią do roku 1927, wówczas powstało Studium Wychowania Fizycznego. W 1950 roku przekształcono go w Wyższą Szkołę Wychowania Fizycznego. W 1972 roku uczelni nadano status akademii. Obecnie na dwóch wydziałach (Wydział Wychowania Fizycznego, Wydział Rehabilitacji Ruchowej ) studiuje około 4 tys. studentów.

Papieska Akademia Teologiczna została ustanowiona w 1981 na mocy dokumentu wydanego przez Jana Pawła II Motu proprio Beata Hedvigis. Wcześniej, w 1397 roku powstał Wydział Teologiczny na Uniwersytecie Jagiellońskim. Jednak w roku 1954 został on usunięty z uczelni przez władze państwowe. W 1959 Stolica Apostolska wydała dekret, w którym stwierdzono, że wydział ma istnieć pod kierownictwem władzy kościelnej. W 1974 r. wydział otrzymał tytuł Papieski. Obecnie na Akademii Teologicznej można studiować na następujących wydziałach: Wydział Teologiczny, Wydział Filozoficzny, Wydział Historii Kościoła.

Wyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna "Ignatianum" jest to dwuwydziałowa kościelna uczelnia akademicka, którą prowadzą ojcowie jezuici. W dzisiejszym kształcie i pod obecną nazwą uczelnia działa od 1999 roku. Łącznie na Wydziale Filozoficznym i Wydziale Pedagogicznym kształci się ok. 2,5 tys. studentów.

Spośród uczelni niepublicznych do największych należą: Krakowska Szkoła Wyższa im. A. Frycza Modrzewskiego, Wyższa Szkoła Ekonomii i Informatyki w Krakowie oraz Wyższa Szkoła Zarządzania i Bankowości w Krakowie.