Gdynia leży na pograniczu dwóch mezoregionów fizycznogeograficznych, uformowanych w okresie ostatniego zlodowacenia czwartorzędowego:

Pobrzeże Kaszubskie - dla tego regionu charakterystyczne są kępy wysoczyznowe i oddzielające je, głęboko wcięte doliny oraz rynny subglacjalne. Na obszarze Gdyni znajdują się:

  • Kępa Redłowska - wznosi się do 60 - 70 m n.p.m., przecięta jest siecią erozyjnych dolin o charakterze wąwozów. Jej powierzchnię pokrywają głównie lasy reprezentowane przede wszystkim przez buczynę niżową i las bukowo-dębowy. Od wschodu Kępa ograniczona jest klifem. Niezalesiony obszar Kępy zajmuje zabudowa, głównie mieszkaniowa.
  • Kępa Oksywska - wznosi się 40 - 60 m n.p.m. Lekko sfałdowana powierzchnia jej wierzchowiny, przechodzi w strome zbocza, które opadają ku Pradolinie Kaszubskiej. Od morza ogranicza ją klif, w większości martwy. Wierzchowina Kępy jest użytkowana rolniczo. W granicach miasta jej tereny zajęte są głównie przez ogródki działkowe. Zachodnie zbocza kępy pokrywają lasy, a południowe są zagospodarowane przez budynki o mieszkaniowej i wojskowej funkcji.
  • Obniżenie Redłowskie - jest to obniżenie dolinne o szerokościach od około 400 m w rejonie Wzgórza Świętego Maksymiliana do około 1 300 m w Orłowie. Dno doliny leży na wysokości 30 - 40 m n.p.m. Teren obniżenia jest prawie całkowicie zabudowany. Pozostałości po dawnych naturalnych ekosystemach ciągną się jedynie wzdłuż cieków płynących z wysoczyzny Pojezierza Kaszubskiego przez Obniżenie Redłowskie do Zatoki Gdańskiej.
  • Pradolina Kaszubska - na obszarze Gdyni mieści się jedynie jej część południowa, o szerokości ok. 2,5 km. Dno Pradoliny stanowiło niegdyś obszar silnie podmokły, z licznie występującymi torfowiskami i wilgotnymi łąkami. Współcześnie jest ona silnie przekształcona antropogenicznie, prawie cały jej teren zajmuje portowo-przemysłowa dzielnica Gdyni.

Pojezierze Kaszubskie - w jego obrębie występują:

  • Wysoczyzna Chwaszczyńska - stanowi zachodnią i centralną część miasta. W jej skład wchodzi krawędziowa strefa wysoczyzny morenowej oraz jej wierzchowina.
  • Wysoczyzna Gdańska - zajmuje południową część Gdyni. Charakteryzuje ją duża lesistość, jedynie jej część w pasie Mały Kack - Wielki Kack, jest zurbanizowana. W przeszłości obszar ten był miejscem intensywnej terytorialnej ekspansji miasta.
  • Dolina Kaczej i jej dopływu - stanowi sferę graniczną pomiędzy Wysoczyzną Chwaszczyńską a Wysoczyzną Gdańską. Dolina ta jest wcięta głębokość kilkunastu -60 m. W odcinku dolnym rozszerza się do około 300 m, a w obrębie rezerwatu "Kacze Łęgi" do ok. 600 m. Stanowi ona ważny zespół ekosystemów leśnych, murawowych, łąkowych i torfowiskowych.

Na terenie Gdyni wyróżnia się pięć głównych typów środowiska przyrodniczego:

  • równinna wierzchowina wysoczyzny morenowej - stanowi ją wierzchowina Kępy Oksywskiej i część wierzchowiny Pojezierza Kaszubskiego. Ich środowisko geograficzne charakteryzuje:
    • przewaga terenów litogenicznych z glinami i piaskami w podłożu,
    • autochtoniczny typ reżimu wodnego,
    • znikoma morfodynamika,
    • rolnicze użytkowanie ziemi,
    • specyficzne warunki klimatyczne (wynikają one zwłaszcza z wysokości bezwzględnych, a charakteryzują się najniższą średnią roczną temperaturą powietrza, dużą wilgotnością powietrza oraz dużymi prędkościami wiatru).
  • falista i pagórkowata wierzchowina wysoczyzny morenowej - cechują ja następujące cechy:
    • znaczne urozmaicenie rzeźby,
    • duże urozmaicenie w użytkowaniu ziemi.

Ten rodzaj środowiska przyrodniczego charakterystyczny jest dla południowej części Gdyni - wierzchowiny Pojezierza Kaszubskiego oraz osi Wielki Kack - Kolibki.

  • strefa krawędziowa wysoczyzny morenowej i zboczy kęp wysoczyznowych - stanowi ją obszar silnie porozcinany erozyjnymi dolinami, które podzieliły go na odosobnione pagórki, o względnych wysokościach sięgających 100 m. Największymi dolinami tej strefy są: Dolina Kaczej oraz Dolina Cisowianki.
  • płaskodenne doliny rozcinające strukturę wysoczyznową - ten typ środowiskowy obejmuje dno Pradoliny Kaszubskiej i Obniżenia Redłowskiego. Obszary te są obecnie silnie zurbanizowane. W przeszłości był to typowy teren podmokły, a w obszarze ujścia do Zatoki Gdańskiej - bagnisty. Pierwotny stan środowiska zachował się jedynie na północno- zachodnich krańcach miasta.
  • strefa brzegowej morza z klifami - klify są strefą brzegową Kępy Oksywskiej i Redłowskiej. Kępa Redłowskia charakteryzuje się dużym zróżnicowaniem wysokości oraz dynamiki klifu. Największą dynamiką cechuje się Cypel Redłowski, którego tempo cofania się wyniosło w latach 60-tych i 70-tych XX w. ok. 1 m/rok.

Podejmuje się liczne decyzje mające na celu ochronę środowiska przyrodniczego Gdyni. Do podstawowych zadań należą:

  • zachowanie różnorodności fizjologicznej obszaru,
  • zachowanie różnorodności gatunkowej,
  • przywracanie środowisku jego stanu naturalnego,
  • kształtowanie pozytywnych postaw ludzi wobec środowiska przyrodniczego.

Na terenie Gdyni mieszczą się 3 rezerwaty przyrody ("Kacze Łęgi", "Kępa Oksywska" i "Cisowa"), Trójmiejski Park Krajobrazowy oraz 36 pomników przyrody, prowadzona jest ponadto ochrona gatunkowa roślin i zwierząt. Planuje się także tworzenie następnych rezerwatów.

Rezerwat "Kępa Redłowska" stanowi jeden z najstarszych obszarów chronionych w Polsce. Jest rezerwatem krajobrazowym, w którym środowisko podlegają ochronie częściowej. Zajmuje120 ha powierzchni. Za jego główne walory uważa się:

  • naturalny i seminaturalny krajobraz polodowcowej, nadmorskiej kępy wysoczyzny morenowej,
  • pozostałości zbliżonych do naturalnych i seminaturalnych kompleksów leśnych, które stanowi niżowa, kwaśna buczyna oraz acydofilny las bukowo-dębowy,
  • aktywny klif,
  • jarząb szwedzki.

Rezerwat "Cisowa"jest rezerwatem leśnym, częściowym. Zajmuje powierzchnię ok. 25 ha. Celem jego ochrony jest zachowanie buczyny pomorskiej i łęgu jesionowo-olszowego oraz rzadkich roślin. Obejmuje on dno Doliny Cisówki. W jego obrębie dolina ta jest całkowicie zalesiona.

Rezerwat "Kacze Łęgi", podobnie jak "Cisowa", jest rezerwatem leśnym, częściowym. Zajmuje powierzchnię ok. 9 ha. Obejmuje część dna Doliny Kaczej. Jego głównym celem jest zachowanie naturalnego łęgu wiązowego ze starym drzewostanem. Zbiorowisko to zajmuje całą powierzchnie rezerwatu, a w jego drzewostanie dominuje olsza czarna i jesion wyniosły. Ważną cechą łęgu jest występowanie gatunków górskich i podgórskich.

Rezerwaty "Cisowa" i "Kacze Łęgi" wchodzą w skład Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego (TPK), o powierzchni 20 ha. Obejmuje on zalesioną strefę krawędziową oraz część wierzchowiny wysoczyzny Pojezierza Kaszubskiego ciągnącą się między Gdańskiem a Wejherowem. Park charakteryzuje się przede wszystkim dużym urozmaiceniem ukształtowania terenu oraz bogactwem lasów. Na jego obszarze znajduje się kilkadziesiąt pomników przyrody, a także wiele chronionych gatunków roślin i zwierząt.