Odprowadzanie do jezior dużych ilości substancji odżywczych powoduje eutrofizację zbiorników wodnych. Wprowadzane związki mogą pochodzić np. z nawozów sztucznych wymywanych z gleby, zawierających fosforany oraz azotany. Biogenny te doprowadzają do wzrostu tempa rozwoju glonów, co zamyka drogę światłu słonecznemu do przenikania w głąb jeziora. W ten sposób zahamowana zostaje produkcja tlenu, pierwiastka niezbędnego do życia organizmów zamieszkujących środowisko wodne, a tempo rozkładu martwych cząstek organicznych jest spowolnione. Skutkiem eutrofizacji jest zarastanie jezior.
Wypadki tankowców morskich, przewożących ropę naftową, także przyczyniają się do skażenia wód. Podczas takich katastrof, paliwo uchodzi bezpośrednio do wody, co stwarza zagrożenie dla ptaków wodnych oraz ryb. Skażona woda dostaje się do ich organizmów, a ropa osiada na piórach ptaków uniemożliwiając im lot. Takie katastrofy ekologiczne powodują więc nieuchronną śmierć tych zwierząt. Ofiarami transportu wodnego są także morskie ssaki takie jak foki czy morsy, cierpiące z powodu odprowadzania przez statki różnych smarów i trujących substancji.
Kolejnym przykładem skażenia zbiorników wodnych są kwaśne deszcze. Opady atmosferyczne, jak wynika z badań, w ostatnich latach stają się coraz bardziej zakwaszone. Woda w jeziorach, z powodu zwiększonego zakwaszenia, zostaje pozbawiona życia biologicznego ponieważ giną tam ryby oraz inne zwierzęta związane z tym środowiskiem. Kwaśne deszcze negatywnie wpływają także na rośliny niszcząc naturalną warstwę chroniącą liście, a dostając się do roślinnych soków, atakują ich łodygi oraz korzenie.
Regulacja rzek także stanowi istotny problem. Aby uporządkować obszary nadrzeczne często pokrywa się brzegi płytami z betonu. Przyspieszony nurt wody skutecznie zapobiega rozwój organizmów wodnych. Regulacja przyczynia się również to do obumierania flory i fauny oraz do wzrostu ryzyka związanego z powodzią. Zamiana terenów okresowo zalewanych przez rzeki na tereny uprawne także niesie ze sobą zagrożenie powodziowe, a ochrona przed wylewem wód w jednym odcinku rzeki stwarza większe prawdopodobieństwo powodzi w innej części biegu.
Odprowadzanie, przez zakłady przemysłowe, wód podgrzanych do jezior i rzek to także jeden z rodzajów zanieczyszczenia. Elektrownie jądrowe czy węglowe do sprawnego funkcjonowania w celu schładzania wykorzystują wodę ogrzewaną do temperatury nawet 150˚C. Wraz ze wzrostem temperatury tlen rozpuszcza się w wodzie słabiej, co ogranicza funkcjonowanie drobnoustrojów rozkładających martwe organizmy. Duża temperatura negatywnie wpływa na wodne zwierzęta, w tym także owady.
Oczyszczalnie ścieków pomagają wyeliminować zanieczyszczenia z wód. Sita zatrzymują składniki ścieków posiadające duże rozmiary. Następnie woda filtrowana jest w piaskownikach oraz w osadnikach, gdzie ma miejsce opadanie na dno zawieszonych w cieczy cząsteczek. Oczyszczanie ścieków nie usunie do końca wszystkich zanieczyszczeń, niemniej jednak przyczynia się do poprawy jakości wód. Ścieki, które po procesie oczyszczania niosą dalej toksyczne składniki, potrafią naruszyć biologiczną równowagę w morzu.
