Do zanieczyszczeń wody zalicza się przede wszystkim substancje chemiczne i mikroorganizmy występujące w wodzie w większej ilości niż naturalnie oraz naturalnie niewystępujące w zbiornikach wodnych. Substancje chemiczne pochodzenia organicznego jak i nieorganicznego znajdują się w wodach pod postacią roztworów, koloidów oraz zawiesin. Na skład zanieczyszczeń wpływają czynniki pochodzenia naturalnego takie jak: wymywanie składników gleb czy skał, cykle życiowymi wodnych organizmów, a także czynniki spowodowane działalnością człowieka. Zanieczyszczenia pochodzenia antropogenicznego przyczyniające się do skażenia wód powierzchniowych to: pestycydy stosowane w rolnictwie, substancje ropopochodne i powierzchniowo czynne, chlorowcopochodne bifenylu, fenole i metale ciężkie, a szczególności należące do nich ołów, kadm, cynk, miedź, chrom czy rtęć. Zanieczyszczenia termiczne, do których należą wody podgrzane, są w szczególności groźne, gdy wpływają do wód o niewielkim przepływie czy też wód stojących. Zanieczyszczenia wytwarzane przez człowieka w większości toksycznie wpływają na organizmy zamieszkujące środowisko wodne. Substancje reakcyjne to trwałe zanieczyszczenia, które z trudem ulegają jakimkolwiek procesom biochemicznym. Na skażenie wody mają także wpływ stosowane w rolnictwie nawozy sztuczne oraz pestycydy, transport lądowy jak i wodny a także odpady komunalne i pochodzące z przemysłu. Eutrofizacja, czyli proces zarastania zbiorników wodnych, także przyczynia się do pogorszenia się jakości wód.
Do wód zanieczyszczenia dostają się przede wszystkim wraz ze ściekami. Ze względu na sposób, w jaki substancje szkodliwe dostają się do zbiorników wodnych można wyróżnić zanieczyszczenia punktowe - głównie ścieki wpływające do wód w pewnych punktach oraz zanieczyszczenia obszarowe - uwidacznia się to w rolnictwie gdzie środki chemiczne przenikają do wód na dużym obszarze.
Zanieczyszczenia oceanów i mórz.
Szczątki martwych organizmów opadają na dno gdzie do ich rozkładu używany jest tlen znajdujący się w wodzie. Zapasy tego pierwiastka nie wyczerpują się, jeżeli obumarłych cząstek jest niedużo. Jednak odżywcze związki obecne w ściekach stają się przyczyną wzrostu liczebności dużej liczby, szczególnie niewielkich organizmów. Rozkładając się wyczerpują one zapasy tlenu, w związku z czym wydziela się toksyczny siarkowodór. Powoduje to zanikanie życia na dnie zbiorników wodnych.
