Gatunki bakterii wywołujące choroby stanowią niewielki procent wśród wszystkich bakterii żyjących na kuli ziemskiej. Wiele gatunków bakteryjnych żyje w organizmie ludzkim, nie powodując żadnych szkód, a wręcz pomagając mu np. poprzez produkcję witamin, trawienie składników pokarmowych, których on sam nie jest w stanie strawić. W organizmie człowieka żyje o wiele więcej bakterii, niż komórek ludzkich. Często bywa tak, że bakterie symbiotyczne (żyjące "w zgodzie" ze swoim żywicielem) zaczynają atakować organizm człowieka, ale dzieje się to najczęściej, gdy jest on osłabiony i ma obniżoną odporność. Ponad dwieście gatunków bakterii wywołuje choroby roślin, objawiające się gniciem, więdnięciem, obumieraniem organów, powstawaniem patologicznych narośli (rakowaceniem). Choroby zwierząt i ludzi są wywoływane często przez bardzo podobne bakterie, a niekiedy wręcz takie same, choć są też oczywiście mikroorganizmy, które atakują tylko jeden gatunek żywicieli. Bakterie chorobotwórcze po wniknięciu do organizmu człowieka czy zwierzęcia namnażają się i wydzielają substancje toksyczne (jady), dające objawy chorobowe. Toksyny dzielimy na dwa rodzaje: endotoksyny, uwalniane z zainfekowanej komórki po jej rozpadzie, który następuje w wyniku namnażania się bakterii oraz egzotoksyny - wydzielane na zewnątrz komórki. toksyny wędrujące wraz z krwią i wywołujące zaburzenia w funkcjonowaniu różnych narządów (np. porażenie mózgu). Rozwój medycyny, a zwłaszcza mikrobiologii (nauki zajmującej się mikroorganizmami, czyli bakteriami, wirusami, grzybami, pierwotniakami oraz pasożytami) doprowadził do poznania wielu bakterii i sposobów ich identyfikowania, a także walczenia z nimi. Wiele groźnych chorób, które niegdyś dziesiątkowały ludność świata, już dziś nikomu nie zagraża, ponieważ istnieją obecnie szczepienia ochronne (zapobiegające rozwojowi chorób) oraz substancje chemiczne (antybiotyki, sulfonamidy), które skutecznie zabijają bakterie w organizmie człowieka. Najczęściej spotykanymi chorobami bakteryjnymi człowieka są: borelioza (bakterie Borrelia burgdorferii wywołujące tą chorobę przenoszone są przez kleszcze), angina (ból gardła nie zawsze oznacza anginę, dlatego też należy wstrzymać się z pochopnym przyjmowaniem antybiotyków, które zawsze szkodzą organizmowi człowieka), rzeżączka i kiła (są to choroby weneryczne, a więc przenoszone drogą płciową), cholera, trąd (obecnie coraz rzadziej spotykane), dur brzuszny, czerwonka bakteryjna, szkarlatyna, krztusiec, zapalenie opon mózgowych (może być też wywołane przez wirusy czy grzyby, dlatego osobie chorej na zapalenie opon mózgowych wykonuje się punkcję, podczas której pobiera się płyn mózgowo-rdzeniowy zawierający mikroorganizmy chorobotwórcze, które następnie identyfikuje się i rozróżnia w laboratorium mikrobiologicznym), gruźlica (która uaktywnia się coraz bardziej w ostatnich latach). Często spotykanymi chorobami są zatrucia pokarmowe wywołane spożyciem żywności zawierającej groźne bakterie lub ich toksyny. Przykładem jest laseczka jadu kiełbasianego (Clostridium botulinum). Toksyna przez nią wydzielana wywołuje silne zatrucie organizmu. Bakteria ta występuje w nieświeżej żywności. Salmonella również wywołuje silne zatrucia pokarmowe. Bardzo niebezpieczna jest laseczka tężca wywołująca chorobę o tej samej nazwie (tężec). Zatrucie jej jadem prowadzi w pięćdziesięciu procentach przypadków do śmierci. Bakteria ta występuje często w glebie, dlatego należy myć ręce przed posiłkiem i zawsze dezynfekować ranę, zwłaszcza zanieczyszczoną ziemią.
