Choroby zakaźne należą do najczęstszych przyczyn zgonów na świecie. Chociaż może się to wydawać dziwne w epoce powszechnie dostępnych antybiotyków i szczepień ochronnych, rocznie w skali globalnej więcej ludzi umiera z powodu bakteryjnych i wirusowych chorób zakaźnych a niżeli z powodu chorób układu sercowo-naczyniowego i nowotworów razem wziętych. W krajach ubogich do głównych przyczyn zgonów należą niedożywienie i brak higieny. W krajach bogatych natomiast: choroby przewlekłe, AIDS, alkoholizm i terapia immunosupresyjna. Chorobą zakaźną nazywamy zespół objawów związanych z uszkodzeniem tkanek lub zaburzeniem ich funkcji wskutek zakażenia drobnoustrojami chorobotwórczymi. Natomiast zakażenie (infectio) powstaje po wniknięciu drobnoustrojów chorobotwórczych (bakterii, wirusów, grzybów) do organizmu przez wrota zakażenia, którymi najczęściej są błony śluzowe i skóra. W przypadku pierwotniaków i robaków mówimy o zarażeniu. Zmiany chorobowe wywołane przez mikroorganizmy są zapaleniami. Drobnoustroje rozmnażając się w organizmie działają zapaleniotwórczo przez długi okres czasu (w przeciwieństwie do krótkotrwałego działania fizycznych i chemicznych czynników wywołujących zapalenia). Wiele chorób zakaźnych jest zaraźliwych (na przykład gruźlica, kiła), ale są też niezaraźliwe choroby zakaźne (na przykład histoplazmoza, legionelloza). Źródłem zakażenia dla człowieka mogą być owady, zwierzęta, powietrze, gleba, woda, inni ludzie, a także własna, naturalna flora bakteryjna.

Czynniki zakaźne i drobnoustroje chorobotwórcze stanowią ogromny otaczający nas mikroświat, z istnienia, którego najczęściej nie zdajemy sobie sprawy dopóki nie dojdzie do zakażenia organizmu. Mają one różne rozmiary, od cząsteczek zmodyfikowanego białka, którymi są priony aż do kilkudziesięciocentymetrowych nicieni i kilkumetrowych tasiemców. Wirusy, chlamydieriketsje rozmnażają się wewnątrzkomórkowo, mikoplazma - pozakomórkowo. Bakterie i grzyby, w zależności od gatunku, rosną na skórze i błonach śluzowych, ale mogą też rozmnażać się wewnątrz- i zewnątrzkomórkowo. Podobnie zachowują się pierwotniaki, nicienie i robaki.

Szereg odkryć w przeszłości umożliwiło zrozumienie etiologii, epidemiologii i patogenezy chorób zakaźnych i roli, jaką odgrywają mechanizmy obronne gospodarza i drobnoustroju.

Pasteur (1865) wykazał bakteryjne pochodzenie chorób zakaźnych i jednocześnie udowodnił, że wiele bakterii można zniszczyć ogrzewaniem (pasteryzacja). Koch (1882) ustalił zasady, które należy spełnić, aby udowodnić, że dany drobnoustrój wywołuje określoną chorobę. Te tak zwane postulaty Kocha wymagają, aby:

- dany drobnoustrój występował w zmianach chorobowych w każdym przypadku danej choroby,

- dany drobnoustrój nie występował w innych chorobach jako niepatogenny czynnik,

- dany drobnoustrój po wyizolowaniu ze zmian chorobowych gospodarza i hodowli na pożywce wywoływał tę samą chorobę u zwierząt doświadczalnych.

Zasady te umożliwiły rozwój patologii chorób zakaźnych. Nie zawsze jednak mogą być spełnione, ponieważ:

1) nie wszystkie czynniki są chorobotwórcze dla zwierząt doświadczalnych,

2) nie każdy czynnik może być hodowany in vitro.

Klasyfikacja bakterii na podstawie ich antygenów powierzchniowych (system Lancefield) umożliwiła ściślejsze powiązanie bakterii z określonymi chorobami. Jednak nie zawsze dany patogen wywołuje te same zmiany chorobowe u wszystkich zakażonych osób. Najczęściej jest odwrotnie to znaczy ten sam patogen wywołuje różne zmiany w zależności między innymi od:

- podatności organizmu uwarunkowanej genetycznie,

- odpowiedzi immunologicznej gospodarza,

- wieku,

- innych czynników.

Na przykład wirus grypy może doprowadzić do zgonu (noworodków lub osób w podeszłym wieku), może wywołać objawy chorobowe o różnym stopniu intensywności, może spowodować zakażenie bezobjawowe.

Wirulencja, czyli zjadliwość drobnoustroju zależy od jego zakaźności, inwazyjności i toksyczności. W obrębie gatunku, zjadliwość poszczególnych szczepów drobnoustroju może być różna. Zależy ona od szeregu tak zwanych czynników zjadliwości. Odkrycie przez Miecznikowa (1884) procesu fagocytozy zapoczątkowało badania nad rolą układu odporności komórkowej w zwalczaniu zakażeń drobnoustrojami. Wreszcie dokonane w ostatnich latach zsekwencjonowanie genomu szeregu patogenów (na przykład Escherichia coli, Helicobacter pylori) umożliwia wgląd w organizację ekspresji genów oraz rodzaje produkowanych przez mikroorganizmy białek, co może umożliwić wprowadzenie nowych leków.

Niemal każdego roku odkrywane zostają nowe czynniki zakaźne - przykładowo najbardziej znane odkrycia ostatniego trzydziestolecia:

- wirus Ebola (1977) - epidemiczną gorączkę krwotoczną,

- Hantawirusy (1977) - gorączkę krwotoczną,

- Legionella pneumophila (1977) - zapalenie płuc,

- Borrelia burgdorferi (1982) - chorobę Lyme,

- Helicobacter pylori (1983) - przewlekłe zapalenie błony śluzowej żołądka i inne zmiany patologiczne,

- HIV (1983) - AIDS,

- Ehrlichia chaffeensis (1987) - ludzką erlichiozę,

- HEV (1988) i HCV (1989) - zapalenia wątroby,

- Bartonella henselae (1992) - chorobę kociego pazura.

Niektóre z tych patogenów były dotąd nieznane, ponieważ nie znano sposobów ich hodowania, inne mogą być nowymi patogenami, jeszcze inne zwróciły na siebie uwagę jako drobnoustroje oportunistyczne w związku ze wzrastającą liczbą chorych z immunosupresją. Pojawiające się w związku z aktywnością człowieka zmiany klimatyczne, lub zmiany w środowisku bytowania żywicieli pośrednich lub ostatecznych różnych patogenów skutkują zmianami częstości występowania niektórych chorób. Po zalesieniu znacznych obszarów na wschodzie USA zwiększyła się częstość występowania choroby Lyme, ponieważ wzrosła znacznie populacja zwierzyny płowej i myszy, na których żyją kleszcze przenoszące odpowiednie mikroorganizmy. Również działania profilaktyczne i lecznicze zmieniają epidemiologię i wyniki leczenia niektórych chorób zakaźnych. W związku z nieudaną akcją Światowej Organizacji Zdrowia z wykorzystaniem DDT w zwalczaniu komarów przenoszących malarię, pojawiły się szczepy zarodźca malarii oporne na leki przeciwmalaryczne, co zwiększyło śmiertelność z powodu malarii. Lekooporne prątki gruźlicy zwiększyły znacznie zapadalność na zakażenie oportunistyczne prątkiem oraz współczynniki śmiertelności u chorych z immunosupresją.

Patogeneza i przebieg chorób zakaźnych zależą nie tylko od czynników wirulencji i innych cech mikroorganizmów, ale również od cech gospodarza w tym od mechanizmów obronnych organizmu (szczególnie od odpowiedzi immunologicznej) oraz od sposobów zastosowanych przez drobnoustroje dla uniknięcia zniszczenia przez mechanizmy obronne gospodarza.