Bułhakow pisał swoje dzieło przez 12 lat. Inspirację dla niego stanowiła doskonale znana w historii literatury opowieść o średniowiecznym alchemiku doktorze nauk Faustusie, która to historia była tematem wielu dzieł: m.in. "Fausta" W. Goethego. Istnieje faktyczny związek między bohaterami obu tekstów, jednak problem intertekstualności nie sprowadza się do naśladownictwa. Mistrz będzie Faustem, ale swoich czasów, bo choć motyw marzenie człowieka o wiecznej młodości i nieśmiertelności jest uniwersalny, to jednak w innych czasach pragnienie co innego będzie oznaczało.
Mistrz i Faust poddali się romansowi z kobietami o imieniu Małgorzata. Kochanki oddane są mężczyznom całkowicie, uwielbiają ich i szanują.
Obaj bohaterowie pragną poznać świat, zgłębić jego tajniki, by zapanować nad jego naturą. Kwestie docierania do prawdy są zasadnicze z moralnego i poznawczego punktu widzenia.
Faust i Mistrz chcą dla siebie wiedzy i władzy, by móc pomagać innym, jednak często ich działania odbierane są przez otoczenie z wrogością. U Goethego, ludzie przepędzają alchemika oskarżonego o uprawianie czarnej magii, u Bułhakowa, krytycy literaccy wymuszają na Mistrzu spalenie rękopisu powieści.
Pojawia się oczywiście w opowieści o Fauście motyw szatana, dzięki któremu marzenia bohaterów mogą zostać zrealizowane. Faust zawiera pakt z diabłem, Mistrz zaś nie bezpośrednio, to Małgorzata kontaktuje się w Wolandem.
Pakt okazuje jednak zgubny dla Fausta, ratunek nadchodzi ze strony Boga. W dziele Goethego anioły ratują duszę nawróconego alchemika, u Bułhakowa chór upadłych aniołów, z Jego polecenia, umożliwiają Mistrzowi dokończenie swej powieści i uwolnienie Piłata.
O ile ogólny zarys opowieści, większość jej kluczowych punktów znalazła swe odbicie w warstwie zdarzeń obu tekstów, to już kreacje samych bohaterów są i nie są jednocześnie do siebie podobne. Bułhakow podkreślił, że świat totalitarnej władzy w Rosji jest już sam w sobie wypaczeniem i deformacja, szatan zamieszkał w Moskwie na długo przed przybyciem Wolanda. Faust XX wieku musi się zmierzyć z innym światem i innym Mefistofelesem.
