W powieści mamy do czynienia z dwoma planami akcji. Jednym z nich jest współczesna autorowi Moskwa, drugim Jerozolima w czasach sądu nad Chrystusem. Autor swobodnie przenosi czytelnika to w jedno, to w drugie miejsce,.

Opowieść zaczyna się w XX wiecznej Moskwie. Pod wieczór na Patriarszych Prudach, spotykają się ze sobą dwaj przyjaciele. Obaj należą do rosyjskiej elity literackiej i razem dyskutują nad sprawami związanymi z twórczością. Nagle ich rozmowę przerywa tajemniczy przechodzień. Żaden z mężczyzn nie widział go wcześniej, ale ten i tak zwraca się do nich po nazwisku. Wie kim są i czym się zajmują. Przybysz oświadcza też, że jest mistrzem czarnej magii i pokazuje Michałowi Aleksandrowiczowi Berliozowi i Iwanowi Nikołajewiczowi Ponyriowi (pseudonim Bezdomny) swój paszport. Niestety mężczyźni nie dostrzegają nazwiska. Wiedzą jedynie, że zaczyna się na ,,W". Nieznajomy przyznaje, że słyszał dyskusje panów na temat Jezusa. Z ich rozmowy wynikało, że nie wierzą oni w istnienie Chrystusa. Tajemniczy nieznajomy przekonywał ich, że Jezus istnieje, a on sam był świadkiem jego ukrzyżowania. Dodatkowo przepowiada Berliozowi śmierć mówiąc, że jeszcze tego samego dnia kobieta utnie mu głowę. Tajemniczy jegomość zaczyna swa opowieść. Akcja przenosi się do Jerozolimy. Przed oblicze Poncjusza Piłata został doprowadzony szerzący niewygodne dla władzy poglądy - Jeszua Ha - Nocri. Więzień tłumaczy się, że jest niewinny i to tylko Mateusz Lewita chodził za nim i spisywał słowa, których on nie wypowiedział. Piłata bardzo bolała głowa i chciał jak najszybciej zakończyć przesłuchanie. Zaintrygowały go jednak pewne zdolności Jeszuy. Niestety w jego akcie oskarżenia znajduje stwierdzenie, że więzień bluźnił przeciwko władzy. Jeszua przyznał, że uważa iż nadchodzi czas, kiedy na świecie nie będzie cesarzy ani innych władców. Za to został skazany na śmierć. Sam Piłat był zachwycony inteligencją Jeszuy, jednak musiał spełnić swój obowiązek i wydać na więźnia wyrok śmierci. Chciał go jeszcze ułaskawić ze względu na święto, ale Kajfasz kategorycznie zażądał wykonania wyroku.

Akcja wraca na Patriarsze Prudy. Po opowiedzeniu historii profesor odchodzi. Rosyjscy literaci nie wierzą w słowa obcokrajowca, uznają go za szalonego, żegnają się i rozchodzą. Niestety przepowiednia profesora ,,W" szybko się sprawdza. Berlizow wchodzi na plamę oleju, ślizga się i upada wprost pod koła nadjeżdżającego tramwaju. Motorniczy (kobieta) nie ma możliwości wyhamować i rozpędzona maszyna obcina głowę Berliozowi.

Iwan Bezdomny rozpoczyna pościg za profesorem. Po drodze zauważa jeszcze dwie dziwne postaci. Jedną z nich jest dziwnie ubrany jegomość Korowiow, drugą olbrzymi, chodzący na dwóch łapach czarny kot Behemot. Iwan ściga całą trójkę, ale wszystkim udaje się uciec.

Kontynuując pościg Iwan zabiera świecę i święty obrazek, ale w dziwnych okolicznościach traci ubranie. W końcu w samych kalesonach i koszuli, ze świecą i obrazkiem, wpada do restauracji, w której mają prawo przebywać jedynie osoby ze środowiska literackiego. Zgromadzonym tam gościom opowiada o tym, co go dzisiaj spotkało. Nikt jednak nie chce uwierzyć w opowieści Iwana. Wszyscy są przekonani, że mówi tak pod wpływem wstrząsu, jaki wywołała śmierć przyjaciela. Łapią go, związują i odsyłają do szpitala psychiatrycznego.

Tymczasem Woland, bo tak nazywa się tajemniczy profesor czarnej magii i jego dwaj towarzysze zamieszkują w mieszkaniu dyrektora teatru ,,Varietes". Właściciela mieszkania Stiopa Lichodiejewa, Woland za pomocą czarcich sztuczek przeniósł do Jałty. Natomiast Korowiow zajął się usunięciem dozorcy budynku Nikanora Iwanowicza Bosego. Ponieważ nie chciał on wierzyć w słowa Wolanda i podejrzewał jakiś spisek, wierny sługa profesora spowodował, że dozorcę aresztowano.

W samym teatrze tajemnicze zniknięcie dyrektora wywołuje wielkie zamieszanie. Nikt nie wie, co ma robić. Woland daje występ podczas którego widownia zostaje obsypana pieniędzmi, a damy mogą nabyć piękne toalety.

Iwan Bezdomny jest pacjentem kliniki psychiatrycznej. Próbuje on wyjaśnić doktorowi, że nie oszalał i wszystkie wydarzenia rzeczywiście miały miejsce. Oczywiście nikt mu nie wierzy. Iwan próbuje napisać zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa, które mógłby złożyć na milicji, ale nie wiedzieć czemu nie udaje mu się to. Nagle zauważa tajemnicza postać na balkonie. Wpuszcza mężczyznę do swojej sali. Okazuje się, że tajemniczy przybysz też jest pacjentem tejże kliniki, znalazł się tu z powodu podobnych wydarzeń i jako jedyny daje wiarę w każde słowo Iwana. Mężczyzna nie wyjawia swojego nazwiska, każe tytułować się mistrzem, ale chętnie opowiada swoją historię. Otóż jest on pisarzem. Rok temu ukończył pisanie dzieła swojego życia - powieści o Poncjuszu Piłacie. Natchnieniem i pomocą była mu jego kochanka Małgorzata. To ona pomagała mu w najgorszych momentach. Ona tez była świadkiem jego klęski. Powieści mistrza nikt nie chciał wydać. Do tego ukazały się złe recenzje w prasie. Zrozpaczony mistrz chciał spalić rękopis, ale powstrzymała go właśnie Małgorzata. Kobieta obiecała mu, że już go nie opuści, że rozejdzie się z mężem i zaczną wspólnie nowe, lepsze życie. Niestety zaraz po tym jak wyszła, do mieszkania mistrza wytargnęli dziwni osobnicy, on sam znalazł się na ulicy, a następnie w klinice psychiatrycznej. Mistrz skończył swoja opowieść i balkonem wrócił do swojej sali.

Tej nocy, również dyrektor finansowy teatru Rimski jest świadkiem niezwykłych wydarzeń.. Po zakończonym spektaklu siedzi on w swoim gabinecie. Na ulicy panuje wielkie zamieszanie. Pieniądze, które widownia otrzymała od Wolanda, nagle zniknęły. Zdematerializowały się również nowe toalety dam i na ulicach można obserwować panie paradujące w samej bieliźnie. Sytuacja początkowo bawi Rimskiego, ale w chwilę później i on staje się ofiara czarnej magii. Do jego gabinetu wlatuje rozkładająca się, naga kobieta. Próbuje ona dosięgnąć Rimskiego, ale na szczęście kogut zaczyna piać i czarownica odlatuje. Rimski wybiega z teatru. Przerażony biegnie na pociąg, wsiada do niego i wyjeżdża niewiadomo dokąd.

Rano w klinice psychiatrycznej zjawia się jeszcze jeden pacjent. Jest to dozorca mieszkania zajętego przez Wolanda i jego towarzyszy. Próbuje on wyjaśnić milicji co się stało, ale jego słowa nie zostają potwierdzone. Kiedy komisarz chce sprawdzić tajemnicze mieszkanie, okazuje się, że jest ono puste.

Akcja ponownie przenosi się do Jerozolimy. Mateusz Lewita próbuje ocalić Jeszuę od męczeńskiej śmierci. Niestety nie udaje mu się to i Jeszua umiera na krzyżu. Nagle na ziemie spada ulewny deszcz i wszyscy oprawcy uciekają. Mateusz Lewita ściąga z krzyża ciało swojego nauczyciela.

Ponownie wracamy do Moskwy, gdzie za sprawą obecności Wolanda maja miejsce kolejne tajemnicze zdarzenia. Na kolejny spektakl mistrza czarnej magii chcą się dostać całe tłumy ludzi. Sprawa zaczyna interesować się milicja. Niestety funkcjonariuszom nie udaje się niczego ustalić. Znikają wszystkie afisze i dokumenty mogące świadczyć o wczorajszym przedstawieniu. W dodatku, niewiadomo w jaki sposób, w kasie teatru znajduje się sporo obcej waluty. Nie było też kierownika, a na jego miejscu znajdował się sam garnitur. Zdezorientowani milicjanci aresztowali księgowego i opuścili teatr.

CZĘŚĆ 2

Ukochana mistrza - Małgorzata rozpacza z powodu odejścia ukochanego. Nie wie gdzie jest jej mistrz i coo się z nim dzieje. Pewnego dnia podchodzi do niej na ulicy tajemniczy jegomość. Jest nim Azazello, kolejny sługa Wolanda. Wręcza on rozpaczającej dziewczynie krem i każe się nim wieczorem nasmarować. Kobieta początkowo nie chce go słuchać, ale gdy ten zaczyna deklamować fragmenty powieści mistrza, Małgorzata przyjmuje słoiczek i obiecuje spełnić polecenie.

Wieczorem Małgorzata naciera się kremem i zmienia się w prawdziwa wiedźmę. Naga wylatuje przez okno na miotle i pędzi za miasto. Towarzyszy jej służąca, która również skorzystała z magicznej mikstury. Kiedy kobiety docierają w umówione miejsce, spotykają się z Azazzelem. Ten zaprasza je do wspaniałego samochodu i wiezie do mieszkania Wolanda. Okazuje się, że profesor ma zamiar wydać doroczny wielki bal. Tym razem chce go urządzić w Moskwie. Potrzebuje jednak gospodyni. Prosi Małgorzatę o to, by zgodziła się pełnić tę funkcję. Kobieta ulega Wolandowi i przez całą noc spełnia obowiązki gospodyni na balu gdzie gośćmi są diabły, wiedźmy, wampiry i inne zmory.

Po skończonej, makabrycznej uroczystości, Małgorzata może wybrać sobie nagrodę za to, ze wiernie służyła Wolandowi przez całą noc. Kobieta prosi, żeby ten zwrócił jej mistrza. Na prośbę Małgorzaty, mistrz zjawia się w mieszkaniu. Chwilę rozmawiają z Wolandem na temat powieści o Piłacie i wracają do swojego mieszkania.

Tu Małgorzata odczytuje kolejny fragment opowieści.

Piłata nadal męczy ból głowy. Jest zły z powodu zaistniałych wypadków. Nie jest pewny, czy dobrze zrobił skazując Jeszuę na ukrzyżowanie. Ponadto dręczy go myśl, że Juda z Kiriatu, zdrajca Jeszuy może zostać zgładzony przez jego obrońców. Stara się temu zapobiec, ale nie jest w stanie.

Woland i jego towarzysze szykują się do opuszczenie Moskwy. Przed tym jednak palą kamienice w której mieszkali. Ze świata żywych odchodzą również Mistrz i Małgorzata. Za sprawa czarodziejskiego napoju znajdują się najpierw na księżycu i rozmawiają z uwięzionym tam Piłatem. Mistrz uwalnia Piłata i pozwala mu dokończyć rozmowę z Jeszuą. Następnie kochankowie odchodzą do przygotowanego specjalnie dla nich domku, gdzie będę mogli żyć razem całą wieczność.