Jednym z najważniejszych dzieł malarskich Rafaela Santi, był on bowiem i architektem pracującym przy budowie nowej bazyliki świętego Piotra w Rzymie, jest "Szkoła ateńska", fresk w prywatnych apartamentach papieskich. Młody malarz dostał od papież Juliusza II zlecenie namalowania fresków w szeregu Stanz, czego podjął się wraz ze swoimi pomocnikami. Jednak ten akurat fresk zrealizował w pełni samodzielnie. Na czterech ścianach wedle życzenia papieża miały być przedstawione alegoryczne ujęcia Prawdy, Dobra i Piękna. Przy czym Prawda miała być ukazana w rozdzieleniu teologiczną, czyli wynikająca z objawienia, oraz naprawdę w ujęciu racjonalnym, czym właśnie jest ten fresk. Warto zauważyć, że filozofowie pomieszczeni na tym malowidle znajdują się w pomieszczeniu przypominającym budowana wówczas bazylikę watykańska. Na rzeźbach w niej się znajdujących malarz umieścił opiekunów sztuk Apollona i Minerwę. "Szkoła Ateńska" jest alegorycznym ujęciem filozofii. Na środku stoi Platon trzymający swój dialog "Timaios" mówiący o ideach, zaś palcem drugiej ręki wskazuje świat poza ziemski, które te idee twarzą. Z kolei Arystoteles, jego uczeń trzyma "Etykę", i w przeciwieństwie do swojego mistrza wskazuje na ziemie, na byt realny. Wedle niego byt składał się zarówno z formy, platońskiej idei, jak i materii, która była jej ukształtowaniem. Jest więc to alegoryczne ujęcie dwóch dróg jakie podejmowała filozofia idealnej i materialistycznej. Na tym fresku dostrzegamy tez i innych filozofów. U stóp wspomnianych, na schodach leży Sokrates, zaś na pierwszym planie widzimy Euklidesa i Heraklita, poprzedników wielkich filozofów. Za wielkim geometrą antyku znajdują się Zoroastra z globusem nieba, oraz Ptolemeusz z ziemskim globem. W tym także towarzystwie możemy dostrzec samego autora fresku, młodzieńca który wychyla się spoza ich ramion i dumnie spogląda na widza. Wydaje mi się jednak, ze najpiękniejszym malowidłem Rafaela w pokojach papieskich jest o wiele mniej przeładowany postaciami i ciemniejszy w barwie fresk "Msza Boleńska"> Przedstawia on cud, który wydarzył się w trzynastym wieku we wsi Bolsena. Otóż w rękach niedowierzającego kapłana hostia przemieniła się w rzeczywiste ciało Chrystusa zroszone krwią. To wydarzenie dało tez początek ustanowieniu święta bożego Ciała. W centrum fresku, namalowanego ponad drzwiami, po dwóch stronach ołtarza widzimy właśnie księdza który doświadcza cudu i modlącego się papieża w którym Rafael sportretował swojego zleceniodawcę. Inne znane freski z tego cyklu to "Wypędzenie Heliodora ze świątyni", "Parnas", czy "Uwolnienie świętego Piotra z okowów".