Postaciami pierwszego planu "potopu" są bohaterowie fikcyjni. Ludzie, których znamy z kart historii, jak Jan Kazimierz, Karol Gustaw, książę Radziwiłł, hetman Czarniecki, czy ksiądz Korecki, pojawiają się zazwyczaj jako osoby drugoplanowe, mają decydujący wpływ na bieg wypadków, lecz nie nimi zajmuje się pisarz. Najważniejszy jest Andrzej Kmicic, postać częściowo istniejąca realnie w siedemnastowiecznej Polsce. Taki sposób ukształtowania fabuły, pokazania losów fikcyjnych postaci na tle ważnych wydarzeń historycznych, możemy odnaleźć w powieściach mistrza tego gatunku - angielskiego pisarza Waltera Scotta. Podobnie rzecz ma się w powieściach Aleksandra Dumasa ojca, jak na przykład "Trzej muszkieterowie". Sienkiewicz po mistrzowsku odnosił się po polskich realiów. Ni ma tez u niego miejsca na szablonową powtarzalność. Wiele u niego wspaniałych potyczek, pościgów i ucieczek, bohaterowie a często więzieni i są wyswabadzani w ostatniej chwili. W "Potopie" jednak nawet miłość jest podporządkowana służbie ojczyźnie i honorowi rycerskiemu. Oleńka Billewiczówna, jest zdolna wyjść za mąż za Kmicica tylko w takim przypadku, jeżeli nad szczęcie prywatne przedłoży on powinność rycerza, obrońcy ojczyzny i odzyska utracone wśród szlachty dobre imię.
Kicica poznajemy jako zwykłego watażkę, który nie zasługuje na rękę Oleńki. Ma jednak w sobie wiele uroku, tak wygląda scena ich poznania się: "Jam jest Andrzej Kmicic. Oczy panny Aleksandry spoczęły błyskawicą na twarzy Kmicica, a potem znów wbiły się w ziemię; przez ten czas jednak zdołała panienka dojrzeć płową jak żyto, mocno podgoloną czuprynę, smagłą cerę, siwe oczy bystro przed się patrzące, ciemny wąs i twarz młodą, orlikowatą, a wesołą i junacką". Przyjeżdża on do Wodoktów, dziedzicznego majątku Billewiczów, ze swoją kompanią, na którą składają się sami zawadiacy, dawni przestępcy. Szybko zostają oni znienawidzeni przez okolice i po tym jak Kmicic napada na jedna z wiosek, okoliczna szlachta morduje jego kompanów. Andrzej musi uciekać przed ich gniewem, zaś w pożegnaniu z Oleńką dowiaduje się, że ta wyjdzie za niego tylko w przypadku, jeżeli Butrymowicze mu wybaczą. Tak zaczyna się "Potop". Następnie przenosimy się na arenę historyczna dziejów ówczesnej polski i widzimy jak w granicę Rzeczpospolitej wchodzą Szwedzi. Na początkowo czynią to bezkrwawo gdyż przerażeni szlachcice pod Ujściem podpisują kapitulację. Kmicic zaś trafia na dwór księcia Radziwiłła, który w końcu okazuje się zdrajca. Jednak Kmicic nie może porzucić służby u niego, gdyż poświadczył mu swoja wierność słowem honoru. Wołodyjowski i Zagłoba wraz z wojskiem zostają uwięzieni, jednak dzięki fortelom tego ostatniego udaje im się uciec. Kmicic dalej rozdarty pomiędzy miłość do Polski i nienawiść Szwedów, a służbę Radziwiłłom, ostatecznie uświadamia sobie swój błędny wybór po rozmowie z Bogusławem Radziwiłłem, bratem Janusza. Po tej rozmowie dochodzi do wniosku, że najważniejsze dla nich są tylko pieniądze i władza królewska. W Kmicicu zachodzi wielki przełom duchowy. Pisze ostry list z gorzkimi wyrzutami do księcia Janusza "Wypowiadam służbę W.X. Mości, bo zdrajcom i zaprzańcom nie chcę dłużej służyć. A żem przysiągł na krucyfiksie, że W. X. Mości nie opuszczę, to mnie Bóg z tego rozgrzeszy - choćby zasię i potępił, wolę gorzeć za błąd mój niżeli za jawną i rozmyślną zdradę ojczyzny i Pana mego". Zmienia on swoje nazwisko na Babinicz, by nie być poznanym przez nikogo i postanawia udać się na Śląsk do służby u boku króla Jana Kazimierza. "Pan Andrzej nie chciał kłaść pod listem własnego nazwiska, sądził bowiem, że ono w każdym musi wzbudzić wstręt, a zwłaszcza nieufność. Jeżeli rozumieją (myślał sobie), że lepiej im będzie wymykać się przed hetmanem niż kupą mu zajść drogę, tedy obaczywszy moje nazwisko, zaraz będą podejrzewali, że umyślnie w kupę ich chcę zebrać, aby hetman jednym zamachem mógł z nimi skończyć; pomyślą, że to nowa sztuka, a od jakiegoś Babinicza prędzej przyjmą przestrogę".
W drodze jednak udaje mu się podsłuchać rozmowę o planowanym przez Szwedów ataku na Jasną Górę, gdzie w klasztorze nikt nie podejrzewa tego, gdyż dotychczas nikt jeszcze nie podniósł ręki na te świętość. Z tą wiadomością idzie do ojca Kordeckiego przeora paulinów, jemu też powiada się ze swoich poprzednich czynów i uzyskuje zaufanie zakonnika. Tak rozpoczyna się tez oblężenie Częstochowy, będące najciekawsza częścią "potopu", gdzie jesteśmy świadkami wielu potyczek, przemyślanych podchodów. Wreszcie wobec przeważającej siły Szwedów, Kmicic postanawia nocą wysadzić jedno z największych ich dział. "Ej, czy ja nie za blisko? - rzekł sobie i strach go zdjął. Puścił się znowu całym pędem; nagle trafił na kamień - upadł. Wtem huk straszliwy rozdarł powietrze; ziemia zakolebała się, rozrzucone szczątki drzewa i żelaza, kamienie, bryły lodu, ziemi zaświstały mu koło uszu i tu skończyły się jego wrażenia. Potem rozległy się nowe, kolejne wybuchy. To jaszcze z prochem, stojące w pobliżu kolubryny, eksplodowały od pierwszego wstrząśnienia. Lecz pan Kmicic już tego nie słyszał, leżał bowiem jak martwy w rowie". Tak tez dostaje się do niewoli gdzie jest torturowany okrutnie przez Kulinowskiego, jednak jego dawni towarzysze Kiemlicze wyswabadzają go i jest on w stanie przedostać się do arami, którą król Jan Kazimierz zbiera dla pomocy Rzeczpospolitej. W czasie powrotu Kmicic broni króla w wąwozie i zostaje bardzo ciężko ranny. PO ozdrowieniu i wyznaniu przed królem swojego prawdziwego nazwiska uzyskuje on dowództwo nad oddziałem Tatarów, by z nimi bronić granic ojczyzny. W tym czasie coraz bardziej pogarsza się sytuacja Szwedów w Polsce i zdrajców. Umiera Radziwiłł a jego brat Bogusław jest otoczony w widłach Sanu. Cały czas więzi on jednak w Taurogach Oleńkę. Próbuje on zdobyć ją w najprzeróżniejsze sposoby, ta jednak potrafi dać mu bohaterski wręcz opór. Jednak Oleńka z Anusia w końcu uciekają z Taurogów i zatrzymują się w Wołmontowiczach. Tę wieś w końcu wyswabadza Kmicic, nie jest mu jednak dane spotkać się z ukochaną, gdyż otrzymuje natychmiastowy rozkaz, by odeprzeć wojska Rakoczego, który zaatakował Polskę od południa. Dopiero po roku przywożą go ciężko rannego do Oleńki. Ta jednak nie wie że bohaterski Babinicz jest Kmicicem. Nadal żywi do niego odrazę za dawne wydarzenia. "Panna Aleksandra posłała hojne ofiary na mszę dziękczynną do Upity, ale od owego dnia przestali chodzić posłańcy, i dziwna rzecz! w sercu dziewczyny, razem z uspokojeniem, począł się budzić dawny żal do pana Andrzeja. Winy jego przychodziły jej znowu co chwila do myśli, tak ciężkie, że nie do odpuszczenia. Śmierć jedynie mogła je pokryć niepamięcią... Gdy wracał do zdrowia, ciążyły znów nad nim... A jednak wszystko, co było można przytoczyć na jego obronę, powtarzała sobie co dzień biedna Oleńka". Dopiero gdy w czasie mszy w Upicie ksiądz odczytuje list pochwalny króla Jana Kazimierza dotyczący Kmicica sprawa łatwo się wyjaśnia, a Oleńka prosi ukochanego o wybaczenie. "Ona zaś obsunęła mu się nagle do kolan.- Jędruś! ran twoich niegodnam całować! Ale w tej chwili wyczerpane siły wróciły rycerzowi, więc porwał ją z ziemi jak piórko i do piersi przycisnął". W ten sposób wraz ze spokojem w Rzeczpospolitej bohaterowie "Potopu" odnajdują szczęście i miłość.