Akcja powieści (bez "Epilogu") rozgrywa się w Petersburgu w latach sześćdziesiątych XIX wieku (lipiec 1865 rok), zdarzenia "Epilogu" (dopowiedzenie losów głównego bohatera) przedstawione zostały w scenerii syberyjskiej.

Część I  

Rodion Romanowicz Raskolnikow, były student prawa uniwersytetu w Petersburgu, mieszka w ubogiej dzielnicy, ma kłopoty finansowe. U Alony Iwanowny, starej lichwiarki, zastawia zegarek. Otrzymuje tylko rubla i piętnaście kopiejek, zapowiada ponowne przyjście ze srebrną papierośnicą. Rozmyśla nieustannie o nikczemności kobiety, rozgląda się, usiłuje dowiedzieć się, gdzie lichwiarka przechowuje pieniądze. 

Ma plan znacznie ważniejszy od przyczyny wizyty. Bohater spotyka Marmieładowa, który opowiada mu historię swego życia. Jest alkoholikiem. Nałóg ten doprowadził jego rodzinę do skrajnej nędzy. Jego córka, Sonia, aby utrzymać najbliższych została prostytutką. Marmieładow ma wyrzuty sumienia, nie potrafi jednak wyjść z nałogu. Raskolnikow odprowadza go do domu, a tam spotyka jego żonę, Katarzynę oraz troje dzieci. 

Rodzina mieszka w nędznym pokoju. Pani Iwanowna robi mężowi awanturę, oskarża Rodiona o współudział w przepiciu pieniędzy. Ten zostawia niepostrzeżenie na oknie kilka kopiejek. Następnego dnia Anastazja, służąca, budzi Raskolnikowa, przynosi mu list od matki. Ta pisze o zdarzeniach, które wywarły wpływ na życie jej oraz Duni, jej córki. 

Siostra Rodiona pracowała jako guwernantka. Została zwolniona za zalecanie się do Swidrygajłowa, pana domu. W rzeczywistości było odwrotnie. Kiedy żona uwodziciela dowiedziała się o tym, oskarżyła o wszystko Dunię. Jej imię okryła niesławą. Po pewnym czasie jednak Swidrygajłow przyznał się do winy. Marta Pietrowna odwołała wówczas oskarżenia i postanowiła, iż wynagrodzi Duni krzywdę. Teraz o jej rękę stara się Łużyn, bogaty kawaler, z czym matka Rodiona wiąże ogromne nadzieje.

Dzięki niemu ich sytuacja materialna mogłaby znacznie poprawić się. Pulcheria Aleksandrowna przesyła synowi 30 rubli, zapowiada też swój rychły przyjazd do Petersburga.

List wywołuje u Rodiona wzburzenie i rozpacz. Postanawia, iż za wszelką cenę zdobędzie pieniądze i w ten sposób uchroni siostrę od małżeństwa z Łużynem, w którym widzi człowieka pozbawionego zasad moralnych. Raskolnikow w parku spotyka młodą dziewczynę, którą zaczepia jakiś mężczyzna. Sytuacja ta kojarzy mu się z losem jego siostry. 

Wręcza pieniądze policjantowi i prosi go, by odwiózł dziewczynę do domu. Rodion zamierza odwiedzić kolegę z uniwersytetu, Razumichina i poprosić go o pomoc w znalezieniu pracy. Z tego zamiaru rezygnuje jednak. Zmęczony zasypia w krzakach na Wyspie Pietrowskiej. Ma straszny sen: spaceruje z ojcem i nagle dostrzega woźnicę Mikołka, który katuje na śmierć wychudzoną szkapinę. Budzi się. Jest przerażony. Podczas powrotu do domu spotyka Lizawietę, siostrę lichwiarki, która rozmawia z handlarzami. 

Dowiaduje się na podstawie tej rozmowy, iż następnego dnia o godzinie siódmej Alona Iwanowna będzie sama. Adres lichwiarki Raskolnikow otrzymał niegdyś od Pokoriewa, studenta. Wcześniej zastawił u niej pierścionek siostry. Przysłuchiwał się wówczas rozmowie na temat bezwzględności Alony i jej testamentu, w którym cały majątek przeznaczyła na potrzeby klasztoru za spokój swojego ducha. Student w rozmowie z oficerem zastanawia się nad tym, ile pożytku przyniosłoby zamordowanie tej bezużytecznej "baby". 

Wywołuje to na Rodionie duże wrażenie. Rozmowa ta jest dla niego proroczą wskazówką. W głowie bohatera już wcześniej narodził się pomysł zbrodni. Następnego dnia rano Rodiona budzi Anastazja. Ten snuje plany dotyczące morderstwa. Wykonuje atrapę papierośnicy, robi pętlę potrzebną do umocowania pod płaszczem siekiery. Wychodzi z domu po godzinie siódmej. 

Przez cały czas odczuwa wewnętrzny niepokój. Alona wobec Raskolnikowa jest podejrzliwa. Ten kilkoma ciosami siekiery pozbawia ją życia, po czym przeszukuje mieszkanie. Znajduje sakiewkę i skrzynkę z biżuterią. Nagle słyszy jakiś głos. Okazuje się, iż do mieszkania wróciła Lizawieta. Rodion dokonuje drugiej zbrodni, po czym myje siekierę, czyści buty pobrudzone krwią. Kiedy zamierza opuścić mieszkanie, do drzwi pukają dwaj mężczyźni. Ten zamyka się od wewnątrz. 

Panowie są zaniepokojeni ciszą, udają się więc po stróża. Rodion wówczas wymyka się. Wraca do domu. Narzędzie zbrodni zostawia w stróżówce. Jest wycieńczony, zapada w głęboki sen.

Część II

Rodion budzi się nad ranem. Uświadamia sobie, co zrobił, traci spokój. Skradzione kosztowności ukrywa za odstającą tapetą. Zapada w sen po raz kolejny, a kiedy budzi się, próbuje zatrzeć ślady. Raskolnikow znów zasypia, tym razem zostaje obudzony przez Anastazję i stróża, który wręcza mu wezwanie na policję. 

Bohater ten wezwanie kojarzy z popełnioną zbrodnią. Rodion postanawia wszystko wyjaśnić. Kiedy jest już na miejscu, dowiaduje się, iż do sądu pozwała go gospodyni, gdyż zalega z zapłatą za wynajem pokoju. W cyrkule przypadkowo słyszy rozmowę dotyczącą morderstwa i dwu zatrzymanych w tej sprawie. Traci przytomność. 

Po wyjściu z komisariatu udaje się do domu. Jest przerażony, obawia się, że wszyscy wiedzą o jego zbrodni. Boi się rewizji. Skradzione rzeczy postanawia wrzucić do Kanału Jekateryńskiego, ostatecznie chowa pieniądze pod jakimś kamieniem.

Raskolnikow odwiedza Razumichina. Ten zwraca uwagę na dziwne zachowanie przyjaciela. Proponuje mu pracę przy tłumaczeniach z języka niemieckiego, lecz ten odmawia. Bohater zapada na dziwną, tajemniczą chorobę. Anastazja, Razumichin oraz młody lekarz opiekują się nim. Przyjaciel, za część pieniędzy przysłanych przez matkę Rodiona, kupuje mu żywność oraz ubranie. 

Zebrani rozmawiają między sobą o zabójstwie lichwiarki i jej siostry, pogłębiają w ten sposób chorobowy stan Raskolnikowa. Podejrzanym jest Mikołaj, malarz pokojowy. Policja nie wierzy jego wyjaśnieniom. W mieszkaniu Rodiona pojawia się Piotr Pietrowicz Łużyn, który wzbudza niechęć zebranych. Raskolnikow lekceważy go, zarzuca mu brak szacunku wobec Duni. 

Obrażony Piotr opuszcza mieszkanie, zaraz potem pozostali goście wychodzą. Raskolnikow wędruje ulicami, zamierza kupić dziennik, w którym znajdzie informacje o zabójstwie. Spotyka Zamiotowa, sekretarza cyrkułu. Prawie przyznaje się do winy, lecz zostaje potraktowany jak człowiek chory psychicznie. Niedługo potem zauważa Razumichina. Ten zaprasza go na spotkanie z okazji wynajęcia nowego pokoju. Rodion udaje się na miejsce zbrodni, pyta stróża o kałużę krwi. Ten przepędza go. 

Przed domem dostrzega tłum. Okazuje się, iż pod koła powozu wpadł Marmieładow. Raskolnikow podaje jego dane, a następnie pomaga go przenieść do domu. Katarzyna, żona rannego wpada w rozpacz, posyła po Sonię. Marmieładow prosi o wybaczenie, umiera w objęciach córki. Rodion wychodzi. Zostawia rodzinie zmarłego pieniądze. Wstępuje do Razumichina, dziwnie się zachowuje, więc ten odprowadza go do domu. W pokoju czekają na niego matka i siostra.

Część III

Matka i Dunia są zaniepokojone stanem zdrowia Rodiona. Razumichin obiecuje, iż zaopiekuje się przyjacielem. Następnego dnia Raskolnikow czuje się znacznie lepiej. Tłumaczy rodzinie i Razumichinowi, iż zamążpójście siostry traktuje jako poświęcenie się dla niego, nie chce na to pozwolić. Dunia robi wrażenia na przyjacielu Rodiona. 

W domu Raskolnikowa pojawia się Sonia. Zaprasza go na pogrzeb i stypę, a przy tym wywiera na nim duże wrażenie. Rodion wraz z przyjacielem udaje się do śledczego Porfirego Pietrowicza, który prowadzi sprawę zbrodni dokonanej na lichwiarce i jej siostrze. Mężczyzna chce odzyskać pozostawione u zamordowanej kobiety przedmioty. 

Pietrowicz zachowuje się tak, jakby wiedział, kto jest prawdziwym zabójcą. Interesuje się tym, co Rodion robił przez ostatnie dni. W czasie rozmowy na temat wpływu środowiska na jednostkę śledczy nawiązuje do jego artykułu, w którym snuł rozważania na temat stanu psychicznego mordercy ( interesuje go szczególnie kwestia podziału ludzi na "zwykłych" i "niezwykłych"; ci ostatni mają prawo nawet do zbrodni). Porfiry zadaje mnóstwo podchwytliwych pytań. Rodion wychodzi z przekonaniem, iż jest podejrzanym. 

O bohatera pyta jakiś tajemniczy człowiek, nazywa go mordercą. Raskolnikow rozmyśla nad tym, co zrobił, zastanawia się nad swoją sytuacją. Stwierdza też, iż jest słabym człowiekiem. Zapada w sen. Budzi go Arkadiusz Swidrygajłow.

Część IV

Dawny uwodziciel Duni pragnie przekazać dziewczynie dziesięć tysięcy rubli, lecz Rodion w imieniu siostry stanowczo odmawia. Swidrygajłow informuje go o śmierci swej żony oraz o tym, iż zapisała ona Duni w testamencie trzy tysiące rubli. Opowiada też historię swojego małżeństwa, jest wobec siebie krytyczny. Raskolnikow wraz z Razumichinem udaje się do matki i siostry. 

Dunia, po rozmowie Łużyna z Rodionem, zrywa z nim zaręczyny. Przyjaciel brata dziewczyny proponuje wspólny interes - założenie wydawnictwa. Zachęca panie do pozostania w Petersburgu. Raskolnikow udaje się do Soni. Rozmawiają o jej życiu, o przyszłości jej rodzeństwa. Dziewczyna opowiada o Bogu, w którym pokłada nadzieję. 

Rodion całuje ją w nogę. Mówi, iż w ten sposób składa pokłon całemu ludzkiemu cierpieniu. Sonia na jego prośbę czyta fragment Ewangelii o wskrzeszeniu Łazarza. Raskolnikow jest poruszony. Sugeruje, iż to on jest mordercą. Rozmowę podsłuchuje Swidrygajłow. Rodion udaje się do komisariatu. Nawiązuje do rozmowy o zabójstwie. 

Dyskutują ze śledczym o psychologii zbrodni. Pragnie dowiedzieć się, czy jest podejrzany o zabójstwo. Kiedy chce wyjść, śledczy obiecuje mu niespodziankę. Nagle, niespodziewanie pojawia się Mikołaj. Przyznaje się do zamordowania kobiet. Raskolnikow czuje się bezpiecznie. Bohater spotyka tajemniczego mężczyznę, który niegdyś nazwał go mordercą, a teraz przeprasza go za posądzenie o zbrodnię.

Część V

Łużyn postanawia odzyskać Dunię. Wzywa też do siebie Sonię i wręcza jej pieniądze dla matki, obiecuje zorganizować pomoc. Na stypie oskarża dziewczynę o kradzież stu rubli. Scenę tę przerywa pojawienie się Liebieziatnikowa, który oświadcza, iż sam widział, jak Pietrowicz wsunął banknot do jej kieszeni. Łużyn chciał w ten sposób zrobić na złość Raskolnikowi, poniżyć dziewczynę, udowodnić, iż jest nie tylko prostytutką, ale też złodziejką.

Między Katarzyną Iwanowną a Amalią Iwanowną dochodzi do awantury. Ta druga nakazuje wdowie i jej dzieciom, aby wyprowadzili się z mieszkania. Jest bezwzględna. Rodion wyznaje prawdę Soni. Dziewczyna obiecuje, że go nie opuści. Zachęca, aby przyznał się do winy. Wskazuje mu drogę pokuty. Uświadamia, iż powinien przyjąć karę z pokorą. Cierpienia bowiem posiada oczyszczającą moc. 

Rozmowę tych dwojga przerywa Lebieziatnikow. Mówi o dziwnym zachowaniu Katarzyny Iwanowny, która wpadła w obłęd. Dunia odwiedza brata, oświadcza mu, iż zawsze będzie przy nim. 

Tymczasem Katarzyna zachowuje się jak szalona. Nagle wycieńczona upada i umiera. Przed śmiercią przeprasza Sonię. Swidrygajłow deklaruje pomoc. Postanawia pokryć koszty pogrzebu, umieścić dzieci w dobrych sierocińcach oraz zadbać o ich przyszłość. Pragnie w ten sposób pomóc Soni.

Część VI

Rodion postanawia przyznać się do winy. Razumichinowi powierza opiekę nad siostrą. Udaje się następnie do Swidrygajłowa, a ten opowiada mu o swoim życiu. Rodion uważa go za człowieka pozbawionego jakichkolwiek wartości, czuje do niego odrazę, niechęć. Orientuje się także, iż mężczyzna knuje coś, spieszy się gdzieś.

Spotyka się z Dunią i wyjawia, co usłyszał przez ścianę dzielącą jego mieszkanie z mieszkaniem Soni. Proponuje, iż pomoże jej bratu, namawia ją też do porzucenia Razumichina. Dunia nie zgadza się na tę propozycję.Swidrygajłow odwiedza Sonię. Informuje ją o swoich postanowieniach dotyczących jej rodzeństwa, ofiaruje jej obligacje na trzy tysiące rubli. Składa też wizytę narzeczonej. Oświadcza, iż wyjeżdża do Petersburga. Zostawia jej obligacje na piętnaście tysięcy rubli. Niedługo potem popełnia samobójstwo, strzela sobie w skroń. 

Raskolnikow żegna się z matką. Mówi, iż musi wyjechać. Rozmawia z Dunią, a następnie udaje się do Soni. Dziewczyna ofiaruje mu cyprysowy krzyżyk. Rodion wychodzi. W biurze dowiaduje się o samobójstwie Swidrygajłowa, czuje się bardzo słabo. Chwilę później przyznaje się do zabójstwa.

 "Epilog"

 Akcja rozgrywa się na Syberii. Raskolnikow przebywa tam od dziewięciu miesięcy. Otrzymał za popełnioną zbrodnię osiem lat katorgi, wyrok niezwykle łagodny. Matka Rodiona zachorowała. Dunia poślubiła Razumichina, Sonia natomiast wyjechała za ukochanym na Syberię. Narrator w tej części ukazuje etap przemiany bohatera. Rodion nie jest darzony sympatią przez więźniów. 

Nie potrafi przestać myśleć o swej teorii, nie widzi sensu swego życia. Sonia natomiast przez więźniów jest bardzo szanowana, to powiernica dla ich najbliższych, zawsze służy pomocą. Kiedy pewnego dnia nie przychodzi, Rodion uświadamia sobie, jak bardzo ją kocha. Zmienia swój stosunek do niej. Jest wobec niej bardziej czuły, martwi się o jej zdrowie. Postanawiają, iż zaczną nowe, wspólne życie.