W 1572 r. zmarł król Zygmunt August. Był ostatnim przedstawicielem dynastii Jagiellonów na tronie polskim. Rzeczpospolita musiała zatem wypracować prawne procedury wyboru monarchy oraz ustalić obowiązujący porządek prawny na czas bezkrólewia. Ustalono, że w tym okresie władzę w państwie przejmie tzw. interrex (łac. - międzykról), którą to funkcje sprawował zazwyczaj prymas. Na czas bezkrólewia w poszczególnych ziemiach zawiązywane były konfederacje kapturowe, które posługując się swoimi organami sprawowały władzę w danej ziemi do czasu wyboru nowego monarchy. Funkcjonowały wtedy również tzw. sądy kapturowe. Postanowiono również, że wybór nowego monarchy będzie się odbywał w formie tzw. elekcji viritim. To znaczy, że każdy szlachcic będzie mógł oddać swój głos na kandydata, który przypadł mu do gustu.

W 1573 r. zebrał się sejm konwokacyjny - obradował bez króla, a jego głównym zadaniem było przygotowanie elekcji. Wyznaczono jej termin oraz miejsce - była to wieś Kamień pod Warszawą. Na sejmie uchwalono tzw. konfederacje warszawską, która zapewniała w Rzeczypospolitej tolerancje religijną dla różnych wyznań.

Elekcja 1573 r. dała wynik niespodziewany. Królem obrano brata króla francuskiego Henryka księcia Andegaweńskiego. Wśród możnowładców dużą popularnością cieszyła się kandydatura arcyksięcia Ernesta Habsburga, a szlachta litewska zainteresowana była z kolei kandydaturą władcy moskiewskiego cara Iwana IV Groźnego. Chociaż Henryk zamieszany był w krwawe wydarzenia niedawnej nocy św. Bartłomieja w Paryżu, kiedy doszło do wymordowania francuskich hugenotów, nawet innowiercy woleli go od Habsburga. Ponadto Iwan IV budził duże wątpliwości ze względu na jego niezwykle brutalne rządy w Rosji. W wyniku tych rozbieżność na tronie polskim zasiadł Henryk Walezy.

Przed koronacją musiał on jednak zaprzysiąc artykuły henrykowskie oraz pacta conventa. Obawiano się bowiem by nowy monarcha nie wprowadził na wzór francuski absolutyzmu do Polski. Dlatego też szlachta w formie artykułów henrykowskich spisała najważniejsze zasady ustrojowe Rzeczypospolitej, który zaprzysiężenia i dotrzymania domagano się od wszystkich następnych monarchów elekcyjnych. Arytkuły henrykowskie miały charakter norm podstawowych dla ustroju Rzeczypospolitej szlacheckiej. Zawierały zasadę powoływania królów wyłącznie w drodze wolnej elekcji. Król powinien zwoływać sejm walny co dwa lata na 6 tygodni. Bez zgody sejmu nie wolno było królowi zwoływać pospolitego ruszenia, nakładać nowych ceł i podatków. Utworzono przy boku króla specjalna radę składającą się z 16 senatorów, nazywanych rezydentami. Mieli oni przebywać przy królu stanowiąc organ zarówno doradczy jak i kontrolny. Do artykułów henrykowskich należały także postanowienia konfederacji warszawskiej, dotyczące tolerancji religijnej. W artykułach znalazło się także zastrzeżenia, że w przypadku nieprzestrzegania przez króla praw krajowych szlachta może wypowiedzieć mu posłuszeństwo.

Pacta conventa stanowiły rodzaj umowy pomiędzy monarchą, a jego wyborcami. Obejmowały osobiste zobowiązania nowo wybranego króla, które miał on zrealizować podczas swojego panowania. Podczas gdy treść artykułów henrykowskich pozostawała niezmienna, pacta conventa były przy okazji każdej elekcji inne, ponieważ każdy nowo wybrany król składał inne zobowiązania. W przypadku Henryka Walezego w pacta conventa znalazły się zobowiązania do wprowadzenia na Bałtyk eskadry floty francuskiej, dofinansowania Akademii Krakowskiej, doprowadzenie do przymierza polsko - francuskiego.

Panowanie Henryka Walezeg nie trwało długo. Na wieść o śmierci swego brata opuścił potajemnie Polskę w nocy z 18 na 19 czerwca 1574 r., aby objąć tron francuski. Po roku oczekiwania na jego powrót doszło do nowej elekcji. Obóz magnacki powrócił do kandydatury habsburskiej forsując tym razem wybór samego cesarza Maksymiliana II. Szlachta była zdecydowanie przeciwna tej kandydaturze. Postulowała elekcję Polaka - Piasta, nie znaleziono jednak odpowiedniego kandydata, który cieszyłby się odpowiednio dużym autorytetem. Wtedy szlachecki ruch egzekucyjny opowiedział się za księciem siedmiogrodzkim Stefanem Batorym. W grudniu 1575 r. doszło do podwójnej elekcji. Najpierw magnateria ogłosiła wybór Maksymiliana, a w parę dni później rzesze szlacheckie proklamowały królem siostrę Zygmunta Augusta Annę Jagielonnkę, wydając ją za mąż za Stefana Batorego. Ów przybył do Polski. Poparło go pospolite ruszeni szlacheckie zebrane pod Jędrzejowem. Batory opanował Kraków, poślubił Annę Jagiellonkę i koronował się na króla polskiego. Rychła śmierć Maksymiliana II zapobiegła groźbie wojny domowej

Bezkrólewie 1586 r., które nastąpiło po śmierci Stefana Batorego przebiegało ponownie pod znakiem wewnętrznych sporów. Obóz prohabsburski był znowu aktywny, ale w szranki stanęło aż czterech arcyksiążąt, co nie ułatwiło zadania zwolennikom Habsburga na tronie polskim. Anna Jagiellonka wysunęła kandydaturę swego siostrzeńca Zygmunta Wazy, który był następcą tronu szwedzkiego. Zygmunt znalazł poparcie w obozie szlacheckim kierowanym przez Jana Zamoyskiego, choć sam Zamoyski zachował dystans wobec tej kandydatury. W 1587 r. ponownie doszło w Rzeczypospolitej do podwójnej elekcji. Równocześnie powołano na tron polski Zygmunta Wazę oraz arcyksięcia Maksymiliana Habsburga. Tym razem podzielona elekcja doprowadziła do wojny domowej. Zamoyski wykorzystując niechęć szlachty do elekta Niemca zwołał pospolite ruszenie pod Kraków i zorganizował obronę stolicy oraz małych zameczków, które stały na trasie Maksymiliana, gdy ten przekroczył granicę ze Śląskiem i wszedł na terytorium Rzeczypospolitej. Kraków odparł atak Maksymiliana, który wycofał się za granicę Śląska. Ścigał go tam Zamoyski i rozbił doszczętnie w bitwie pod Byczyną w 1588 r., biorąc samego arcyksięcia do niewoli. Zwycięstwo to rozstrzygnęło spór o tron. Zawarty rok później traktat bytomsko - będziński ostatecznie uregulował sytuację. Zapewnił pokój pomiędzy obu stronami i przywrócił dobre stosunki z dworem habsburskim