Morze Bałtyckie to małe, płytkie morze stanowiące 0,001 część wszechoceanu. Średnia głębokość morza wynosi około 55 m. Jest to morze szelfowe. Wokół Bałtyku koncentrują się państwa o intensywnym przemyśle i rozwiniętej gospodarce, co nie pozostaje bez znaczenia na stan czystości jego wód i obszarów przybrzeżnych. Na brzegach morskich rozwinęło się około 60 dużych miast z przemysłem rafineryjnym, chemicznym a także z ośrodkami rekreacyjno-wypoczynkowymi. Bałtyk jest morzem śródlądowym, co tworzy go zlewnią dla dużych rzek, nad którymi również rozwinięte są różne gałęzie przemysłu. To powoduje, że wszelkie zanieczyszczenia tych rzek, są deponowane w zlewisku morza. Problem ten potęgowany jest przez fakt, że Morze Bałtyckie jest morzem zamkniętym i wymiana wód pomiędzy morzem a oceanami jest mała.

Dużym niebezpieczeństwem jest zanieczyszczenie rzek substancjami chemicznymi różnego rodzaju oraz solami mineralnymi fosforu i azotu, które spływają do Bałtyku. Jest ich coraz więcej, i w ciągu 100 lat poziom soli azotu wzrósł o około 800%, natomiast poziom soli fosforu o około 400%. Dużym źródłem dla soli mineralnych w Bałtyku jest powietrze atmosferyczne i jest ono często lekceważone.

Spływające do Bałtyku substancje chemiczne oraz nie oczyszczone lub oczyszczone w niewielkim stopniu ścieki bytowe, gospodarcze i przemysłowe z terenów samej tylko Polski rodzi problem niedostatecznie rozwiniętego systemu oczyszczania tych ścieków. Oczyszczalnie ścieków nie nadążają z oczyszczaniem narastających ilości ścieków, a ich budowa i modernizacja nie nadąża za wzrostem potrzeb. Również gospodarka nawozami min. W Polsce pozostawia wiele do życzenia. W 1975 roku z Polski odprowadzano rozlewni Bałtyku około 1480000 m3 ścieków na dobę, a około 200000 m3 z tej ilości stanowiły ścieki zakładowe i z miast.

Wskutek odprowadzania takiej ilości ścieków do morza, rośnie poziom jego eutrofizacji. Początek XX wieku to czas, kiedy morze było słabo użyźnione - oligotroficzne. Wzrost żyzności wód morskich powoduje rozwój glonów, co prowadzi do zmniejszenia zawartości tlenu w wodzie, maleje przezroczystość wody i tym samym ubożeje mikroflora na dnie morskim, oraz zmniejsza się zasięg roślinności żyjącej na dnie. Dla przykładu - na początku XX wieku w Zatoce Gdańskiej do głębokości około 15 metrów dno porastały zielenice, a obecnie ich zasięg kończy się na głębokości zaledwie 4 m. Brunatnice i krasnorosty porastały dno do wysokości 25 m, a obecnie sięgają wysokości około 8 m. Z biegiem czasu w wodach Bałtyku wzrasta ilość martwej materii organicznej, co powoduje również wzrost zawartości siarkowodoru - pochodzącego z jej rozkładu. W związku z tym w strefach zatrutych siarkowodorem zamiera życie. Zwłaszcza zagrożone są tarliska dorsza występujące na głębokości 60 do 70 m. Ratunkiem jest występujące co pewien czas odświeżanie wód Bałtyku przez wlewy wody oceanicznej.

Innym problemem stanowiącym zagrożenie dla Morza Bałtyckiego jest nagromadzenie się związków toksycznych, takich jak sole metali ciężkich, węglowodory i pestycydy. Co roku z terenów polskich spływa i powoduje wzrost zwłaszcza w strefie przybrzeżnej Bałtyku około 1290,8 ton cynku; 66,5 tony rtęci oraz 275,4 tony ołowiu. Substancje te kumulowane są w tkankach ryb, zwłaszcza w tkankach tłuszczowych. W sposób ciągły wzrasta zanieczyszczenie związkami ropopochodnymi, które są jednym z najpoważniejszych zagrożeń ekosystemów morskich.

Znacznie zmalał stan sanitarny wód bałtyckich, wskutek odprowadzania do nich słabo oczyszczonych ścieków komunalnych. Badania potwierdziły możliwość wystąpienia infekcji bakteryjnych i wirusowych, chorób pasożytniczych, oraz różnego rodzaju trudnych do wyleczenia grzybic skórnych. Prowadzi to nie tylko do zagrożeń dla zdrowia ludzi, ale także do zmniejszenia znaczenia rekreacyjnego dla Morza Bałtyckiego. Oczywiście jest to także zagrożenie dla zdrowia i życia ryb.

Dzięki temu, że morza odznaczają się dużą pojemnością, degradacja ekosystemów morskich zachodzi długo i jest skomplikowanym procesem. Jednakże regeneracja zniszczonego środowiska morskiego i przywrócenie jego pierwotnej równowagi jest równie trudnym i żmudnym procesem.

Na zagrożenie Bałtyku wzrostem zanieczyszczeń, zwrócona została uwaga na arenie międzynarodowej. W celu ochrony środowiska morskiego w 1973 roku podpisano Konwencję Gdańską. Jest to konwencja międzynarodowa, której inicjatorem jest Polska i mobilizuje do ochrony, racjonalnej eksploatacji a także odtwarzania zasobów Bałtyku. W rok później podpisano Konwencję Helsińską, która stanowi najważniejszy dokument o ochronie M. Bałtyckiego. Jednakże weszła ona w życie dopiero od 1980 roku, ponieważ 6 lat trwała jej ratyfikacja. W dokumencie tym zawarte są wszystkie zagadnienia dotyczące ochrony Morza Bałtyckiego przez wszystkimi zanieczyszczeniami oraz przed jego degradacją. Konwencja ma również na celu mobilizację wszystkich krajów nadbałtyckich do działań prowadzących do przywrócenia równowagi ekologicznej w morzu.

W procesie przywracania równowagi biologicznej muszą zostać uruchomione mechanizmy prawodawstwa, zarządzania, badań naukowych i kontrolnych, wymiany informacji, planowania przestrzennego oraz współpracy międzynarodowej. Do ochrony Środowiska M. Bałtyckiego potrzeba budowy oraz instalacji a także prawidłowego użytkowania oczyszczalni zarówno na statkach jak i we wszystkich dorzeczach.

Aby stan środowiska Bałtyku powrócił do równowagi potrzeba wielu wysiłków i czasu, jednak działania prowadzone w tym celu dają nadzieję na poprawę środowiska morskiego które daje możliwość życia i wypoczynku.