Cytoplazma jest całością protoplastu z wyjątkiem jądra, jest substancją o strukturze galaretowatej, o lepkich właściwościach i przeźroczystej barwie. Składa się z wody, białek, cukrów, tłuszczy i substancji mineralnych. Zachodzi w niej wiele różnych reakcji chemicznych. Charakteryzuje się trzema ruchami: rotacyjnymi, cyrkulacyjnymi i pulsacyjnymi.
Błona komórkowa otacza protoplast komórki, w jej skład wchodzą w 60% białka, a w 40% tłuszcze. Jest żywym i elastycznym elementem komórki. Posiada własności błony półprzepuszczalnej, tzn. przepuszcza jedynie wybrane substancje. Woda jest roztworem, który przechodzi swobodnie przez błonę. Obecność błony w komórce pozwala na utrzymanie jej kształtu a także na selektywną wymianę substancji między komórkami.
Retikulum endoplazmatyczne stanowi układ cystern, kanalików i pęcherzyków zbudowanych z błon elementarnych. Jego funkcją jest transport substancji w obrębie komórki oraz proces syntezy białek. Retikulum występuje w dwóch formach: szorstkiej i gładkiej.
Rybosomy to organella komórkowa biorąca udział w syntezie białek. Rybosomy budują dwie jednostki: duża oraz mała. Występują w komórce w postaci wolnych grup lub w połączeniu z retikulum endoplazmatycznym (ER szorstkie).
Aparat Golgiego jest błoniastą organellą zbudowaną ze spłaszczonych cystern- pęcherzyków, pełniących funkcję przeróbki białek przed wydzieleniem, a także wydzielniczą.
Mitochondrium jest organellą o kulistym lub owalnym kształcie. Mitochondrium otoczone jest błoną, zaś w środku posiada silnie pofałdowaną, tworzącą grzebienie błonę wewnętrzną. Wewnątrz tej organelli znajduje się płynna substancja zwaną matriks mitochondrialną. Funkcją Mitochondrium jest gromadzenie energii w postaci ATP.
Jądro komórkowe występuje w każdej komórce eukariotycznej. W przypadku komórki, która posiada większą liczbę jąder nazywamy ją komórczakiem. Jądro jest otoczone podwójną jądrową błoną posiadającą pory. Jądro wypełnione jest sokiem jądrowym, na które składa się chromatyna oraz jąderko. Jądro pełni funkcję generatywną przechowując materiał genetyczny w postaci DNA, przekazując informację genetyczną komórkom potomnym. Pełni także funkcje wegetatywne odpowiadając za metabolizm komórki.
Wakuola (wodniczka) otoczona pojedynczą błona u roślin zwaną tonoplastem ma zwykle różne rozmiary. Zazwyczaj jednak w komórkach roślin występuje jedna duża wakuola. Zawiera ona wydaliny, jak np.: szczawian wapnia, czy krzemionka, często także gromadzi substancje zapasowe, jak białka w postaci aleuronowych ziaren, czy tłuszcze.
Plastydy są organellami występującymi wyłącznie w komórkach roślinnych. Posiadają własne DNA, RNA i rybosomy. Spośród plastydów wyróżnić można m.in. chloroplasty posiadające barwniki fotosyntetyczne, jak np. zielony chlorofil, pełniący zasadniczą rolę w procesie fotosyntezy.
Ściana komórkowa stanowi otoczkę komórek roślinnych. Zbudowana jest głownie z celulozy budując łańcuchy. W przypadku, gdy komórka jest młoda i rośnie ściana komórkowa jest jeszcze stosunkowo cienka i elastyczna- pierwotna ściana komórkowa. Wraz ze wzrostem komórki ściana grubieje poprzez nakładanie się jej tworząc w konsekwencji stabilną wtórną ścianę komórkową. Funkcją ściany komórki jest jej ochrona przed uszkodzeniami, ogranicza możliwość ruchu, czy pobierania pokarmu z zewnątrz. Częstym zjawiskiem dotyczącym ściany komórkowej jest inkrustacja i adkrustacja, czyli odkładanie się różnych substancji chemicznych na zewnętrznych lub wewnętrznych stronach ściany.
