Większość żywych organizmów ma ciało, które zbudowane jest z komórek a także substancji, będącymi wytworami tych komórek. Istnienie komórek stanowi koronne świadectwo na jedność żywego świata. Patrząc na ogromną rozmaitość niepodobnych na pozór organizmów do siebie, od nieskomplikowanych bakterii aż po złożone najbardziej zwierzęta i rośliny, dostrzec można na przykład bardzo wyraźne podobieństwa na komórkowym poziomie. Komórki powstawać mogą jedynie z komórek innych, co udowodnione zostało przez R.Virchowa. Konsekwencją tego faktu stanowi to, że wszystkie komórki żywe pochodzą od żyjących w czasach zamierzchłych przodków. Pochodzenie wspólne wszystkich komórek jest z kolei wytłumaczeniem podobieństwa należących do nich podstawowych cząsteczek i struktur, które je tworzą. Komórka będąc uporządkowanym otwartym układem wymagającym napływu energii jest dla organizmów jednostką funkcji, struktury i samoodtwarzania się. W komórce zachodzą zatem różnorodne życiowe procesy. Zachodzić mogą one jedynie w warunkach określonych, z tego względu także w trakcie ewolucji komórka podawana była wielokrotnym przekształceniom, które prowadziły do wykształcenia struktur specjalistycznych, które umożliwiały lub wspomagały zachodzenie poszczególnych procesów w jak najbardziej efektywny, energooszczędny i najłatwiejszy sposób. Poznane zostały komórki, będące jednocześnie organizmami samodzielnymi wykazującymi specjalizację funkcjonalną i strukturalną na wysokim stopniu np. pantofelek. Ich rozmiary mogą być większe od drobnych wielokomórkowych organizmów. U tych ostatnich ciało zbudowane jest z wielu zróżnicowanych i wyspecjalizowanych wąsko komórek. Specjalizacja tego typu doprowadza do tego, że mimo zachowania cech budowy podstawowych, każdy z rodzajów komórek może różnić się od siebie zasadniczo. Strukturalno-funkcjonalne różnice dotyczą także dwóch rodzajów komórek, dla których podział jest uwarunkowany przede wszystkim obecnością struktur błoniastych i jądra, czyli komórek prokariotycznych i eukariotycznych. Środowisko życia tych komórek jest ogromnie szerokie. Proces zasiedlania coraz to nowych ekologicznych nisz, czyli przystosowanie do zróżnicowanych biotycznych oraz abiotycznych czynników określonego miejsca było możliwe jedynie dzięki wykształceniu określonych cech budowy, które ułatwiają organizmowi funkcjonowanie. Z tego względu poza omówieniem funkcji i budowy organelli które są wspólne dla większej części komórek stanowiących żywe organizmy należy także rozpatrzyć szczególne przypadki, którymi są komórki typowe jedynie dla części organizmów - występowanie żywej istoty mającej małą tolerancję w nieprzyjaznym lub zmiennym środowisku wymaga strukturalnych przekształceń w komórkach budujących ją. Funkcja określonej komórkowej struktury jest związana ściśle z budową.

Komórka przede wszystkim musi potrafić utrzymać zawartość swą razem a także ją oddzielić od zewnętrznego środowiska. Dlatego każda komórka wytworzyła barierę specyficzną, która ją chroni przed wpływem środowiska negatywnym. Jest nią powierzchniowa błona, powszechnie znana jako komórkowa błona (cytoplazmatyczna błona, zwana u roślin też plazmolemmą). Dodatkowo komórki muszą być zdolne do gromadzenia materiałów oraz magazynowania energii, podobnie jak do wymiany z otoczeniem składników, zwykle w ściśle kontrolowany sposób. W zgodzie z modelem płynnej mozaiki, zbudowana jest błona z podwójnej, płynnej lipidowej warstwy, w której cząsteczki białek są zanurzone. Właściwości fizyczne plazmatycznej błony są uwarunkowane zwłaszcza właściwościami lipidów wchodzących w skład tych błon, gdyż one są amfipatycznymi cząsteczkami. Oznacza to, iż można wyróżnić w nich hydrofobowe i hydrofilowe rejony. Dlatego główki hydrofilowe (fosfolipidy) oddzielają układ od zewnętrznego środowiska. Charakter półpłynny błony polegający na ciągłym ruch węglowodorowych łańcuchów oraz rotacji cząsteczek fosfolipidów powoduje, że cząsteczki w niej zanurzone (np. białek) przesuwać się również mogą po powierzchni błony. Istotna również jest zdolność błony okazywania ciągłości z podobnymi innymi błonowymi strukturami oraz do fuzji. Dzięki takiemu zachowaniu się i budowie błon możliwa jest wymiana substancji pomiędzy otoczeniem i komórki wnętrzem (transport wydzielanych substancji począwszy od wydzielniczych pęcherzyków poza obszar komórki - egzocytoza a także transportowanie cząsteczek dużych z zewnętrznego środowiska do wnętrza) oraz między wewnątrzkomórkowymi przedziałami. Obecność integralnych i powierzchniowych białek w błonie wiąże się również z transportem poprzez błony a także tworzeniem przenośnikowych kanałów ; pełnią one poza tym funkcję receptorów, łączących się z sygnałowymi cząsteczkami (np. hormonami) i przekazujących informacje z zewnętrznego środowiska prowadząc do wywołania zmiany aktywności komórki. Część z nich jest elementem struktur, które wyspecjalizowane są w podtrzymywaniu łączności pomiędzy komórkami. Podwójna, płynna białkowo - lipidowa struktura umożliwia błonie komórkowej utrzymanie elastyczności oraz półstałości, a to z kolei pozwala dopasowywać jej się do komórki kształtu; dynamiczna - ze względu na to, iż w niej składniki mogą przemieszczać się; selektywna - oznacza to, że jedynie niektóre substancje przez nią są przepuszczane, oraz spolaryzowana, gdyż po każdej ze stron błony są rozmieszczone różne elektryczne ładunki a to sprzyja przesyłaniu nerwowych impulsów w fazie zmiany elektrycznego stanu - tzw. depolaryzacji. U zwierzęcych komórek przykładem specjalizacji struktury tej jest wytworzenie cienkiej ochronnej warstwy zbudowanej na powierzchni błony z węglowodanowych reszt w warunkach środowiska nieprzyjaznych dla komórki - tzw. glikokaliksu (przykład: nabłonek jelita będący narażonym na trawienne enzymy), pozwalający dodatkowo odpornościowemu układowi na wyróżnienie komórek organizmu własnego i obcych ciał, albo pellikuli u pierwotniaków.

U roślin dodatkowo obecna jest ściana komórkowa. Ma ona statyczny charakter odwrotnie jak komórkowa błona. Składnikami budulcowymi podstawowymi tej struktury są: celuloza, pektyny, lignina, hemiceluloza. Wtórna ściana powstaje ze pierwotnej ściany w wyniku: inkrustacji ligniną (wysycanie wewnątrz ściany) - nazywane lignifikacją, drewnieniem; krzemionką albo węglanem wapnia (mineralizacja); adkrustacji (odkładanie na powierzchni pierwotnej ściany związków) tłuszczowcami np. suberyną (tzw. korkowacenie) oraz kutyną albo polisacharydami. Komórkowa ściana zawiera tzw. szkieletowe składniki, które stanowią podstawę konstrukcji (tzn. celuloza - u większości roślin, chityna - u grzybów, mannoza lub ksyloza - u niektórych glonów) a także substancje zwane składnikami podłoża (pektyny, białka). Komórkowa ściana posiada także znaczną ilość wody. Taka struktura bezpośrednio jest związana z funkcjami komórkowej ściany. Tworząc sztywną, uporządkowaną warstwę po zewnętrznej części protoplastu ochrania komórkę przed mechanicznymi uszkodzeniami, jest skuteczną barierą przed bakteryjnymi infekcjami, szkodnikami, stanowi mocne rusztowanie całości rośliny. Przyleganie ścisłe do siebie przez komórki powoduje, iż komórkowe ściany leżą niedaleko od siebie. Budowa taka stanowi zabezpieczenie przed utratą nadmierną wody. W komórkowej ścianie można wyróżnić także jamki, które umożliwiają kontakt pomiędzy żywymi protoplastami przez pasemka cytoplazmy nazywane plazmodesmami przenikającymi przez nie.

Cytoplazma wypełnia wnętrze komórki. Jest ona wielofazowym układem, zmienia łatwo własny stan skupienia, a to ma ogromne czynnościowe znaczenie. Czasami zachowuje się w taki sposób jak półpłynna substancja (zol), innym razem przypomina półstałą (żel). Proces, który pozwala przejść z zolu do żelu nazywany jest koagulacją, odwrotny proces to peptyzacja. Dzięki obojętnemu niemal pH, stanowi skupienia a także posiadania enzymów jest środowiskiem dla większości biochemicznych reakcji. Ruch hialoplazmy natomiast umożliwia transport oraz wymianę substancji pomiędzy innymi wewnątrzkomórkowymi strukturami. Cytoplazma jest strukturą nie jednorodną. Złożona jest z ośrodka bezpostaciowego nazywanego cytozolem albo matriks, podzielona jest u Eucaryota wewnątrzplazmatyczną siateczką: gładką (tzw. ERa) - nie jest połączona z rybosomami oraz szorstką (ERg), która z rybosomami jest połączona;. Mnóstwo metabolicznych reakcji, które wymagają obecności enzymów, zachodzi w komórce. Duża część tych enzymów mogłaby antagonistycznie działać a ostatecznie reakcja ta nie zaszłaby. Z tego względu rolą wewnątrzplazmatycznej siateczki jest umożliwienie uzyskania środowiska optymalnego dla różnych chemicznych reakcji. Jakakolwiek chemiczna reakcja, która wchodzi w skład danego metabolicznego szlaku, charakteryzuje się innymi warunkami optymalnymi. Siateczka odseparowuje miejsca, gdzie mają miejsce wykluczające wzajemnie reakcje. ERg ponadto ma swój udział w biosyntezie białek. Sposób w jaki zbudowane jest granularne retikulum bezpośrednio wiąże się z funkcją jego. Ponieważ białka nie mogą dyfundować poprzez błony, a jednak muszą się dostać do wnętrza jego, ta struktura jest wyposażona w specjalny czynnościowy kanał, do którego jest wciągana cząsteczka polipeptydu. Gładkie ER wspomaga natomiast syntezę steroli i lipidów, od niego mogą się odłączać pęcherzyki, które tworzą peroksysomy, sferosomy. Wewnątrzplazmatyczna siateczka również uczestniczy w kilku metabolicznych szlakach, m.in. w procesie unieczynniania toksyn (odbywa się w komórkach wątroby). W mięśniowych komórkach - sarkomerach specjalizacją tego typu organellum jest struktura zwana siateczką sarkoplazmatyczną. Ma ona swój udział w przekazie nerwowych impulsów, które warunkują skurcz mikrofibryli (aktynowych oraz miozynowych filamentów). Występują w cytoplazmie także białka mające charakter włókien, zwane. mikrofilamentami i mikrotubulami (rurki). Pierwsze z wymienionych umożliwiają ruch cytoplazmy aktywny, zaś mikrotubule tworzyć mogą kariokinetyczne wrzeciono, które obecne jest przy podziale komórkowym.

Całość wymienionych dotychczas składników stanowi środowisko komórki zamknięte, w którym zostają umieszczone komórkowe poszczególne organella, organella, które umożliwiają odpowiednią pracę komórki, która z kolei stanowi o właściwym funkcjonowaniu całości organizmu.

Aparat Golgiego w eukariotycznej komórce pełni specyficzną funkcję. Występuje on jedynie u eukariotycznych organizmów. Budują go diktiosomy, będące spłaszczonymi woreczkami mniej albo bardziej, zbudowanymi z błon biologicznych gładkich, na sobie ułożonych, oraz z wokół nich rozmieszczonych kanalików i pęcherzyków. Ze względu na to, iż często obecne są w błonowych systemach powiązanych z retikulum - tzw. GERL, mają swój udział w przekazywaniu licznych substancji na terenie komórki. Bierze udział dodatkowo w wydzielaniu licznych substancji poza teren komórkę - proces egzocytozy. Jest wykonawcą także syntezy mukosacharydów, polisacharydów a także umożliwia łączenie węglowodanów z proteinowymi cząsteczkami. Aparaty Golgiego będące strukturami rozrzuconymi bezładnie w komórce, posiadają dostęp swobodny do miejsc, gdzie ich rola jest przydatna w bardzo dużym stopniu. Mianowicie w miejscach, w których białka są przygotowywane do wydzielania w cytoplazmie, są otaczane błonami diktiosomów. Pęcherzyki pochodzące z aparatu Golgiego następnie biorą udział w przebiegu wydzielania danych białek, ponieważ ich budowa umożliwia zlewanie się z komórkową błoną.

W omawianych już systemach GERL występują lizosomy, podobnie jak w aparatów Golgiego oraz endoplazmatycznej siateczce. Są one tworami charakterystycznymi jedynie dla Eukariota, mając na względzie biochemiczne różnice u roślin nazywane są sferosomami. Lizosomy wytwarzane są poprzez aparaty Golgiego, charakteryzują się nieskomplikowaną budową - są pęcherzykami, które otacza biologiczna błoną, w ich wnętrzu obecna jest grupa hydrolitycznych enzymów. Przez to możliwe jest utlenianie substratów, które uczestniczą w procesie mobilizacji tłuszczowych rezerw. Poza tym współdziałają także w fotooddychaniu. Tworzą one wtórny lizosom wraz z fagosomami (mają udział w endocytozie). Obecne w nich enzymy charakteryzuje stan latencji, a zatem stan, gdy są nieaktywne na skutek związanie chemicznego z pęcherzyka błoną. Jedynie przy pęknięciu i procesie degradacji błony enzymy te ulegają aktywacji. Stanowi to następny dowód potwierdzający związek funkcji i budowy określonego organellum: lizosomy posiadają zdolność do trawienia zdecydowanej większości organicznych związków. Po pęknięciu powodują oddzieleni oraz trawienie zbędnych pozakomórkowych substancji. Konieczność fagocytozy i pinocytozy nie występuje u roślin co wynika z obecności komórkowej ściany oraz autotrofizmu, choć lizosomy są wykorzystywane w postaci obrony przeciwko infekcji. Nieaktywność litycznych enzymów natomiast gwarantuje komórce bezpieczeństwo - stanowi ochronę przed samostrawieniem. W przypadku, gdy niedożywiona jest komórka, lizosomy umożliwiają jej odżywianie się bezpiecznie stosunkowo ich kosztem, w razie uszkodzenia komórki czy starzenia się powodują trawienie zbędnych składników komórki przez co umożliwiają przebudowę i regenerację. Wyróżniająca cecha dla innych trawiących ciałek - mikrociałek to posiadanie ciągu enzymów należących do grupy L- oraz D-aminokwasowych oksydaz (peroksysomy) a także enzymów β-oksydacji (glioksysomy). Istotną rolę w trakcie rozkładu nadtlenku wodoru toksycznego dla komórki pełnią peroksysomy. Funkcje mikrociałek polegają na udziale w procesach fotooddychania oraz utlenianiu różnych organicznych substratów. Obecność enzymów L-aminokwasowych oksydaz w peroksysomach to pewnego rodzaju ewolucyjna skamieniałość. Te enzymy nie pełnią obecnie już jakiejkolwiek roli w życiowych procesach, ponieważ wszystkie organizmy żywe mają jedynie D-aminokwasy. D-aminokwasy kiedyś najprawdopodobniej były obecne obok L- i prawdopodobnie stąd pochodzi owa pozostałość pod postacią enzymów.

Mitochondria są jednymi z ważniejszych komórkowych organelli. Obecne są zarówno w roślinnej komórce jak i zwierzęcej. Należą do autonomicznych organelli, samoreplikujących się ze względu na to, iż posiadają DNA własny tzw. mitochondrialny a także rybosomy. Otocza je podwójna błona. Między błonami obecna jest perymitochondrialna przestrzeń. Błona wewnętrzna uwypuklona jest do wnętrza i tworzy mitochondrialne grzebienie, na których zachodzi fosforylacja oksydacyjna. Dlatego też mitochondrium charakterystyczne jest dla eukariotycznej komórki tlenowej. Ilość grzebieni jest niestała, wykazuje przy tym tendencję wyraźną do wzrostu gdy rośnie poziom wewnątrzkomórkowego oddychania. Jest to dowód tego, iż budowa organellum posiada związek ścisły z funkcją przez nie pełnioną. Obecność oksysomów (enzymatycznych kompleksów) to także potwierdza. Wewnętrzna część mitochondrium, często porównywana do komórkowej elektrowni, wypełniona jest przez tzw. mitochondrialny matrix. W tym roztworze są rozpuszczone enzymy, które katalizują przebieg np. cyklu Krebsa oraz szlaku b-oksydacji. Mitochondrium ma zdolność ruchu co wynika z konieczności dostarczania energii przez nie do miejsc w komórce, będące miejscem zachodzenia metabolicznych procesów. W prokariotycznych komórkach odpowiednikami tej struktury są mezosomy, czyli pofałdowane wpuklenia komórkowej błony.

Przy opisie właściwości mitochondrium, a więc odpowiedzialność za etapy tlenowe pozyskiwania użytecznej biologicznie energii trzeba opisać inne organellum, które transformuje energię - chloroplast. Występują one jedynie u eukariota autotroficznych. Prokariota fotoautotroficzne wyposażone są w prosty lamelarny system który tworzą pęcherzyki spłaszczone - tylakoidy. System takich błon u bakterii stanowi tzw. chromatofory. Organella te analogiczne są do plastydów. Do grupy szerszej plastydów, które pełnią różnorakie funkcje u roślin, należą chloroplasty. Struktury te są wyposażone we własny DNA a także translacyjny aparat. Większość z nich także posiada system wewnętrznych błon rozbudowany, który w stromie jest zanurzony. Każdy z rodzajów plastydów powstaje ze struktur zwanych proplastydami, poddany jest także różnicowaniu pod wpływem środowiskowych oddziaływań i pod wpływem tkanki, której są częścią. Rola organellum uzależniona jest tu od środowiska, co z kolei bezpośrednio wpływa na strukturę lub zawartość plastydu. Wszelkie zatem plastydy barwne: chloroplasty (posiadające barwnik chlorofil), chromoplasty (obecne u nich karotenoidowe barwniki) są w stanie się przekształcić w etioplasty bezbarwne, wtedy gdy zostaną pozbawione dopływu światła. Funkcję zapasowych organelli mogą sprawować plastydy. Leukoplasty, które mają rozwinięty słabo system wewnętrznych błon gromadzą skrobię w swym wnętrzu. Gdy zostaną całkowicie wypełnione skrobią ulegają przemianie w amyloplast. Obecne są w korzeniach, jednak mogą pod działaniem światła ulec przemianie w chloroplasty. Dodatkowo są w stanie gromadzić zapasowe białka zamiast skrobi, wtedy nazywa się je proteinoplastami. Za wytwarzanie energii w fotosyntezie, koniecznej w celu funkcjonowania komórki, odpowiedzialne są chloroplasty. Wskutek fotosyntetycznej fosforylacji energia jest gromadzona w ATP. Proces ten zlokalizowany jest w granach chloropalstów na powierzchni tylakoidowych błon - struktury zwane kwantosomami. Te błony posiadają kompleksy barwników, które umożliwiają konwersję świetlnej energii na chemiczną.

Wszystkie żywe organizmy wymagają białek obok energii. Budulcowych, strukturalnych, enzymatycznych itd. Budowanie tego rodzaju makrocząsteczek stanowi złożony i skomplikowany proces. Do powstania białka konieczne są struktury nazywane rybosomami w dużej ilości, produkujące proteiny. Właśnie one poprzez przeprowadzenie procesu translacji, wytwarzają gotowe produkty, dla których schemat budowy zapisany został w DNA. Wyróżnia się dwa typy rybosomów: małe (stała sedymentacji równa 70S) - obecne u procariota i w autonomicznych organellach, które posiadają własne DNA (plastydy i mitochondria); duże (stała sedymentacji równa 80S) - charakterystyczne są jedynie dla jądrowych komórek. Każdy rybosom, bez względu na rodzaj, ma w swej budowie dwie jednostki: mniejszą i większą. W rybosomie nieczynnym te podjednostki występują oddzielnie. Jednak gdy występuje konieczność uruchomienia translacyjnego aparatu te podjednostki ulegają połączeniu i tworzą jedną całość. To połączenie warunkuje właściwą ilość jonów Mg+. W skład rybosomów wchodzą dwa typy białek: kwaśne - pełnią enzymatyczną funkcje oraz zasadowe - o funkcji strukturalnej. Sam rybosom jednak nie warunkuje właściwego przebiegu translacji. On "współpracuje" jedynie z cząsteczkami jednego z rodzajów RNA - tRNA, odpowiedzialnego za zaopatrzeni rybosomu w odpowiednie aminokwasy. Cząsteczki tRNA wyposażone są w tzw. antykodonową pętlę, która umożliwia odróżnienie właściwych nukleotydów oraz dopasowanie aminokwasów odpowiednich. W rybosomie, w zgodzie z regułą komplementarności, cząsteczka tRNA ulega połączeniu z szeregiem mRNA. W dużej podjednostce występuje miejsce dla dwóch cząsteczek tRNA. Gdy każdy z "doków" zostanie zapełniony przez enzym, który wchodzi w skład jednostki dużej, katalizowane jest między aminokwasami wytworzenie peptydowego wiązania. Niebawem pierwsza cząstka tRNA ulega odłączeniu od "własnego" aminokwasu oraz uwalniana jest do cytoplazmy. Druga cząsteczka tRNA łącznie z dołączonym, dla tego przypadku, wówczas dipeptydem, ulega przesunięciu na miejsce pierwszego, podczas gdy zwolnione miejsce jest zajmowane przez następną cząsteczkę tRNA wraz z następnym aminokwasem. Kolejne peptydowe wiązanie wytwarza się między aminokwasami sąsiadującymi. Ten proces zachodzi do zrealizowania całości programu zakodowanego w mRNA, a więc aż do pojawienia się nonsensownej trójki (UUA, UAG, UGA) i nazywany jest translacyjną elongacją. Struktura rybosomu (rozdział na podjednostki), wytępowanie kieszeni dla tRNA warunkuje łączenie się polisomów z mRNA a także przyłączenie aminokwasów. Stanowi to przykład wyraźny korelacji funkcji i budowy komórkowej struktury.

Najbardziej charakterystycznym elementem komórki eukariotycznej jest jądro komórkowe (w niektórych przypadkach na skutek specjalizacji komórek jądro ulega zanikowi). Występuje to m.in. w komórkach transportujących, np. erytrocyty, rurki sitowe. Umożliwia to znaczne ograniczenie metabolizmu komórki. W przypadku komórek sitowych brak jądra umożliwia łatwiejszy ruch cytoplazmy transportującej asymilaty. Stanowią one osobną grupę komórek bezjądrzastych).Właściwie posiadanie jądra stanowi podstawowy element wyróżniający i pozwalający klasyfikowanie organizmów. Podstawą klasyfikacji jest podział na organizmy bezjądrowe - Procariota, będące organizmami jednokomórkowymi i znacznie prostszymi w budowie oraz organizmy posiadające jądro - Eucariota, charakteryzujące się znacznie bardziej złożoną budową. Organizmy eukariotyczne w toku ewolucji zdominowały zarówno świat roślin jak i zwierząt. Ich różnorodność jest zdumiewająca. Od prostych jednokomórkowych organizmów glonów, do tak skomplikowanych jak gromada ssaków. Wykształcenie jądra było krokiem koniecznym. To ono stanowi swoiste centrum dowodzenia i kontroli procesów życiowych. Oddziela ono od cytoplazmy główny zasób informacji genetycznej komórki. Materiał genetyczny zawarty w jądrze jest zbiorem informacji, programem, który jest realizowany przez poszczególne jednostki funkcjonalne wchodzące w skład komórki. Większa komplikacja organizmów wiązała się ze zwiększoną ilością DNA, które musiało zmieścić się w takiej samej, jeśli nie mniejszej objętości. Upakowanie w postaci luźnej nici chromatynowej okazało się niewystarczające. Poza tym, specjalizacja komórek w obrębie organizmu, tworzenie tkanek, wymagało wykorzystywania tylko nieznacznego fragmentu DNA, przez poszczególne komórki. U prokariota cały DNA zorganizowany jest w jedną kulistą cząsteczkę, tzw. chromosom bakteryjny. U eukariota helisa DNA zostaje nawinięta na specjalne białka, tzw. oktamery histonowe. Białek histonowych jest 5 rodzajów. Cztery z nich występują w parach tworząc oktamer, piąty występuje oddzielnie i pełni funkcje stabilizujące. Fragment taki nosi nazwę nukleosomu. Fragmenty te zwinięte są w spiralę i tworzą solenoid, który z kolei w całości skręca się tworząc domeny, które spinane są białkami niehistonowymi. Cała ta struktura tworzy osobne twory tzw. chromosomy. U zdrowego człowieka występuje ich aż 46. Tak upakowany materiał genetyczny wchodzi w skład jądra.

Budowa chromosomu to następny dowód tego, iż budowa ta powiązana jest z wykorzystaniem chromosomu. W komórkowych podziałach chromosom ulega podziałowi na części równe, co możliwe jest jedynie dzięki właściwemu, precyzyjnemu ułożeniu genetycznego materiału.

Od pozostałej części komórki jądro jest odgrodzone barierą poprzez tzw. jądrową błonę. Jądrowa błona jest gładka od wewnątrz, często od zewnątrz przechodzi w szorstkie ER. W jądrowej błonie obecne są liczne pory, a ich wielkość oraz ilość uzależniona jest od poziomu komórkowego metabolizmu. Im wyższy on jest tym większe i liczniejsze są pory. To umożliwia wydostawanie się sprawniejsze mRNA z terenu jądra. Należy jeszcze tu zaznaczyć, że w przeciwieństwie bezjądrowych organizmów u eukariota transkrypcja oddzielona jest od translacji. Pierwszy z procesów ma miejsce wewnątrz jądra, drugi proces przebiega na terenie cytoplazmy. Wewnętrzna część jądra jest wypełnione przez tzw. kariolimfę. Stanowi ona wodny białkowy roztwór, który zawiera enzymy w tym polimerazę DNA oraz RNA.

Komórki mają pierwotną umiejętność do dzielenia się. Poprzez mitozę z komórki powstać mogą dwie, takie same pod względem DNA w nich zawartego. Ten podział umożliwia rozwój oraz rozrost organizmu. U jednokomórkowych organizmów ponadto umożliwia rozmnażanie wydajne i szybkie. Założeniami podstawowymi mitotycznego procesu jest niezmienność struktury DNA i jego ilości w potomnych komórkach w stosunku do macierzystej komórki. Mitoza warunkuje w organizmie jego wzrost. Mejoza to proces, który warunkuje u organizmów różnicowanie się. W wyniku mejozy tworzone są cztery potomne komórki mające zredukowaną dwukrotnie ilość genetycznej informacji. Proces te zachodzi w macierzystych komórkach rozrodczych komórek. Ten rodzaj podziału jest istotny bardzo z punktu widzenia ewolucyjnego, zwłaszcza mając na uwadze segregację niezależną chromosomów i proces crossing-over. Poprzez ten proces umożliwione zostaje w drodze naturalnego doboru, przystosowanie się do nowych środowiskowych warunków, co pociąga za sobą ciągły ich rozwój. Mejozie umożliwia zachowanie liczby chromosomów na stałym poziomie, charakterystycznym dla określonego gatunku.

Występuje dodatkowo jeden typ komórkowego podziału. Jednak nie posiada on tak ważnego znaczenia jak mitoza czy mejoza. Proces ten polega na podziale komórkowego jądra bezpośrednim - nazywany amitozą. Nie jest procesem dokładnym, jeśli analizuje się zachowanie zgodności genetycznej informacji potomnych komórek z rodzicielską komórką. Ma miejsce w jądrach, które posiadają DNA w wielu kopiach - poliploidalnych. Jest on charakterystyczny m.in. dla orzęsków (obecny tzw. makronukleus). Ma miejsce także w starych i zmutowanych komórkach.

Struktur, będąca charakterystyczną dla eukariotycznej roślinnej komórki, jest także wakuola, która będąc przestrzenią oddzieloną błoną od pozostałej części komórki, posiada zdolność regulowania turgoru komórki oraz utrzymania jej w uwodnieniu. Wnętrze tonoplastu - jest wypełnione wakuolarnym sokiem, który składa się głównie z wody (90%). Jony różnego rodzaju są rozpuszczone w niej. Mogą także występować nieorganiczne związki, które z roztwory wytrąciły się (przykład: kryształy szczawianu wapnia). Tutaj także gromadzą się metabolity (garbniki, alkaloidy, glikozydy) a także białka, organiczne kwasy, aminokwasy. Wakuola ze względu na zawartość barwników we wnętrzu, jest w stanie nadawać kolor m.in. owocom, kwiatom przez co one pełnią wabiące funkcje. Natomiast, gdy jest wypełniona całkowicie przez białko ulec może przekształceniu w aleuronowe ziarno. Ze względu na rodzaj składników, które gromadzone są w wakuoli można rozróżnić funkcje przez nią pełnione. Tak np. woda zgromadzona w niej pozwala utrzymać odpowiednie uwodnienie komórki. Metabolity - magazynowanie produktów przemiany materii będących zbędnymi dla komórki. Wodniczka u zwierząt może być odpowiedzialna za pozbywanie się nadmiaru wody, która w organizmie gromadzi się wskutek osmozy. U pierwotniaków w odżywianiu istotną rolę odgrywają pokarmowe wodniczki, które tworzą wtórny lizosom po złączeniu się z lizosomami.

Mmimo licznych różnic pomiędzy organizacją prokariotycznych oraz eukariotycznych, roślinnych czy zwierzęcych komórek, należy dostrzec wspólną jedną, potwierdzającą się w przykładach wyżej wymienionych, regułę - budowa określonej struktury posiada związek ścisły z funkcją przez nią pełniona. Można to zaobserwować bez trudu biorąc za przykład komórkową błonę, której chemiczne składniki jak oraz ich samo przestrzenne ułożenie powiązane są z przepuszczalnością, lub elastycznością; albo także przy analizie cech komórkowej ściany, której wiele przystosowań do środowiska takich jak odkładanie substancji w niej i na jej powierzchni, czy sztywność zapewniają stabilizację i ochronę. Badanie cech cytoplazmy, w tym jej ruchu, składu, stanu skupienia umożliwiły sformułowanie wyraźnego wniosku, że związane są one z jej główną rolą, która polega na ustanowieniu środowiska dla biochemicznych reakcji komórki. Poznanie szczegółów budowy poszczególnych składowych elementów systemu GERL, a więc retikulum aparatów, Golgiego wraz z rybosomami miało swój udział w wykazaniu tego, że każdy element musi mieć budowę odpowiednią względem pełnionej roli w komórce. Z tego względu plazmatyczna siateczka wyposażona jest m.in. w kanaliki, którymi łańcuchy polipeptydowe przenikają. Na powierzchni siateczki osadzone są rybosomy, a te dzięki posiadaniu dwóch podjednostek są w stanie łączyć się z mRNA oraz przyjmować tRNA wraz z aminokwasami do szczególnych kieszeni. Lizosomy z kolei są tworami, które maja lityczne zdolności poprzez ich specyficzną zawartość oraz powiązanie jej z biologicznymi błonami. Niezwykle znaczącą funkcją jest także zaopatrzenie żywej komórki w energię potrzebną w przeprowadzaniu wielu analiz, syntez. Funkcję tę mogą pełnić mitochondria oraz plastydy dzięki szczególnej organizacji. Pierwsze z nich mają np. ciekawe rozwiązanie powiększenia powierzchni gdzie zachodzi fosforylacji poprzez tworzenie oksysomów i grzebieni, drugie - w warunkach utrudnionych transformacja energii wobec obecności zróżnicowanych barwników. W końcu komórkowe jądro to najlepszy dowód na to, iż jedynie wyspecjalizowana postać upakowania genetycznej informacji jaka tworzona jest przez wielopoziomową oraz skomplikowaną budowę chromosomu, umożliwia jej ekspresję czy też replikację. Każdy z omówionych wyżej organelli stanowi dowód niezbity na to, że na komórkowym poziomie stwierdza się wysoką współzależność funkcji i struktury.