Wszystkie komórki żywych organizmów można podzielić na dwa typy - prokariotyczne oraz eukariotyczne. Pierwsze charakteryzują takie organizmy jak: bakterie oraz sinice, natomiast drugie - stanowią podstawę budowy roślin, grzybów oraz zwierząt. Cechą, po której od razu można odróżnić oba typy komórek jest obecność lub brak jądra komórkowego. Tylko komórki eukariotyczne je posiadają - w dodatku jest ono wyraźne odgraniczone od reszty organelli komórkowych przez tzw. błonkę jądrową, która je otacza.

Generalnie komórki eukariotyczne charakteryzują się względnie większymi rozmiarami. Dzięki temu zostały odkryte dużo wcześniej, bo można je było ujrzeć już przy pomocy mikroskopu świetlnego. Z kolei komórki prokariotyczne można było obserwować dopiero po wynalezieniu mikroskopu elektronowego.

W każdej normalnej komórce roślinnej występuje protoplast - czyli bryła cytoplazmy z jądrem oraz pozostałymi organellami. Protoplast jest otoczony błoną cytoplazmatyczną, zwaną plazmalemmą, z kolei system innych błon cytoplazmatycznych ogranicza podstawowe organella od cytoplazmy (jądro, mitochondria oraz plastydy). Oczywiście najważniejszym wśród organelli jest jądro komórkowe - to ono odpowiada za kierowanie wszystkimi procesami całej komórki. W jego skład wchodzą oczywiście kwasy nukleinowe, takie jak: DNA oraz RNA, które tworzą tzw. zrąb chromatynowy. W każdym jądrze znajdują się także specjalne jąderka, które silnie załamują promienie świetlne. Otoczką dla jądra są dwie błony cytoplazmatyczne, znane pod nazwą podwójnej błony jądrowej.

Ważną różnicą, jaka występuje w komórce prokariotycznej jest kulista forma kwasu DNA występująca w cytoplazmie. Czasami może być ona otoczona za pomocą uwypukleń plazmalemmy. Materiał genetyczny w tej postaci jest o wiele mniejszy niż w jądrze komórkowym u Eukariotów - dlatego ma osobną nazwę, nukleoidu. U bakterii DNA również ma postać kulistą - w niej zawarte są geny, które warunkują płeć, oporność na antybiotyki, zdolności do katabolizowania określonych substancji czy też uodpornienie na niektóre metale ciężkie

Generalnie podwójną błonę cytoplazmatyczną u Eukariotów posiadają plastydy oraz mitochondria. Te pierwsze dzielimy na chromatofory (posiadające różnego rodzaju barwy) oraz leukoplasty (przezroczyste). Możemy je spotkać wyłącznie w komórkach roślinnych. Natomiast nie spotkamy ich nigdy w komórkach zwierząt ani grzybów. Plastydy odgrywają ważną rolę w wielu reakcjach anabolicznych. Jedną z najważniejszych jest fotosynteza, która zachodzi w szczególnym rodzaju zielonych plastydów - chloroplastach. Poza podwójną zewnętrzną otoczką, we wnętrzu plastydów występują specjalne stosy spłaszczonych pęcherzy tworzących charakterystyczne błony - tylakoidy. To właśnie tam znajdują się chlorofile będące barwnikami asymilacyjnymi.

Z kolei mitochondria są bardzo drobnymi ciałkami, ale pełnią za to istotne funkcje w komórce. Znajdują się zarówno w komórkach roślin, jak i zwierząt. Odgrywają ważną rolę w oddychaniu oraz jako tzw. centra energetyczne - będące magazynami energii dla wszelkich procesów życiowych komórki. Wewnętrzna błona otoczki jest uwypuklona - dzięki temu powierzchnia funkcjonalna jest większa.

Oba powyższe organelle tworzą się w wyniku podziału. Nie mogą powstawać od nowa, dlatego też ich zawiązki obecne są w komórkach embrionów.

Do organelli komórek eukariotycznych, które są odgraniczone od cytoplazmy tylko jedną błoną cytoplazmatyczną należą: retikulum endoplazmatyczne, czyli siateczka śródplazmatyczna, aparat Golgiego, wakuola, sferosom itp. Są one istotne dla prawidłowego funkcjonowania całej komórki - uczestniczą w transportowaniu różnych substancji, wydalaniu oraz magazynowaniu określonych składników odżywczych.

U Prokariotów natomiast nie występują żadne organella, które byłyby otoczone podwójną błoną cytoplazmatyczną. Nawet organella z pojedynczą błoną są rzadkie.

W komórkach prokariotycznych nie występują takie struktury jak: aparat Golgiego, retikulum endoplazmatyczne czy sferosomy. Bakterie niefotosyntetyzujące posiadają zaś tylko jedną błonę w postaci plazmalemmy. Jednak w tym przypadku możliwe jest występowanie uwypukleń pełniących funkcje oddechowe. Z kolei sinice posiadają w cytoplazmie na obwodzie specjalne błony przypominające tylakoidy - zawierają one barwniki potrzebne do fotosyntezy.

Organellami obecnymi zarówno u Prokariotów, jak i Eukariotów, niezależnie od stopnia organizacji, są rybosomy. Charakteryzują się one kulistym kształtem i niewielkimi rozmiarami i odgrywają ważną rolę w produkcji białek (są centrami ich syntezy). Ponadto w obu typach komórek możemy spotkać także różnego typu substancje zmagazynowane oraz wydaliny.

U roślin zewnętrzną błonę cytoplazmatyczną pokrywa dodatkowo ściana komórkowa - jest to wytwór cytoplazmatyczny. Niewiele komórek roślin nie posiada ścian - należą tu np.: gamety, pływki oraz komórki ameboidalne występujące u niższych roślin. Ścianę najczęściej buduje celuloza, jednak niekiedy mogą to być inne związki chemiczne (zwłaszcza u prymitywnych roślin). Ściana komórkowa ma istotne znaczenie w utrzymaniu kształtu komórki oraz zapewnieniu ochrony przed różnymi czynnikami mechanicznymi. Jeśli organizm składa się z wielu komórek, to ich ściany komórkowe posiadają specjalne otworki - przez nie przechodzą plazmodesmy (pasma cytoplazmy), które stanowią kontakt pomiędzy żywymi komórkami tego samego organizmu.

Bakterie z kolei otoczone są śluzem, który może mieć różną grubość. Śluz ten jest bardzo istotny, gdyż pełni funkcje ochronne. Do poruszania się niektórych bakterii służą specjalne rzęski, które mogą się kurczyć. Ściana komórkowa licznych bakterii może zawierać też specjalne krótkie wyrostki - tzw. fimbrie. Pełnią one ważne funkcje, np. jako receptory bakteriofagów bądź przeciwciał czy też umożliwiają bakteriom adhezję do innych organizmów. Z kolei fimbrie płciowe - służą bakteriom w czasie koniugowania celem przekazania materiału genetycznego.

Kształt komórki u roślin zależy od wielu czynników - m.in. od roli, jaką musi pełnić czy części rośliny, w której występuje. U organizmów jednokomórkowych kształt komórki jest najczęściej kulisty - najbardziej opływowy. Ale już komórki zawierające więcej niż jedno jądro komórkowe zmieniają kształt na nitkowaty. Z kolei w tkankach różnorodność kształtów jest większa. Na przykład miękisz charakteryzuje się komórkami wielościennymi, zazwyczaj równowymiarowymi. W tkance przewodzącej z kolei komórki są długie o klinowatych zwężeniach. Jeśli komórka ma równe 3 wymiary - to jest nazywana izometryczną bądź parenchymatyczną, natomiast jeśli jest wydłużona - to prozenchymatyczną.

Wśród bakterii komórki są raczej podobne. Występują jako pojedyncze lub w postaci kolonii złożonych z więcej niż jednej komórki. Takie kolonie mogą jednak już mieć różnorodne kształty. Bakterie mogą być kulistego kształtu - wtedy nazywa się je ziarniakami. Mogą występować samotnie bądź w większych grupach. Skupiska komórek tworzą między innymi dwoinki zapalenia płuc oraz gronkowce złociste. Kolejnym kształtem komórek bakterii są walce - tu wyróżniamy pałeczki oraz laseczki. Przykładami tego typu bakterii są: pałeczki okrężnicy, Salmonelli i tężca, a także laseczki jadu kiełbasianego. Następnym kształtem bakterii może być spirala. Taki kształt posiadają m.in.: przecinkowce cholery, krętka bladego oraz bakterie kiły. Jeszcze inny kształt mają promieniowce - bakterie żyjące w glebie.

Komórki roślin są rzędu mikrometrów. Jedynie Prokarioty mogą przybierać mniejsze rozmiary.

Z kolei długie włókna są u takich roślin jak: len (do 6,5 cm), pokrzywa (do 7,5 cm). Jednak gigantem w tej kategorii jest ramia, której włókno może mieć długość nawet 50 cm. Z kolei wielkie komórki mogą posiadać także glony. Na przykład ramienica w swojej plesze zawiera komórki międzywęźli dochodzące do 8 cm dł., a z kolei Acetabularia (zbudowana z 1 komórki) może osiągać 6 cm.

W komórce łatwo jest dostrzec pod mikroskopem ścianę komórkową, jednak inne organelle są mało widoczne, gdyż są zazwyczaj bezbarwne. Stąd w cytologii używa się specjalnych metod do utrwalania i barwienia preparatów z komórek. Daleko posunięte techniki mikroskopowe umożliwiają niekiedy też badanie komórek bez ich utrwalania (bez uśmiercania). Takimi metodami są: stosowanie specjalnych barwników, oświetlenie dwufazowe, ciemne pole czy luminescencja. Dobre efekty daje także znakowanie niektórych pierwiastków i rejestracja ruchów na specjalnym filmie. Wszystko to umożliwiło nie tylko poznanie konkretnych organelli komórkowych, ale także roli, jaką pełnią określone składniki w komórce.