Powieść Bułhakowa jest bardzo skomplikowana i znajdziemy w niej wiele wątków. Z jednej strony ona zajmuje się analizą systemu totalitarnego i pokazuje powszechne zepsucie społeczeństwa rosyjskiego. W tym zgodny jest autor z konkluzjami innych pisarzy radzieckich. Tak jak oni przeciwstawia się zastanej rzeczywistości, w której nie ma miejsca dla ludzkiej wolności. Tak mocna wymowa antypaństwowa sprawiła, że Bułhakow został zepchnięty na margines ówczesnego życia kulturalnego i środowiska literackiego. Jego problematyka nie podobała się wielu prominentnym ludziom.
W "Mistrzu i Małgorzacie" z jednej strony znajdziemy chociażby wcielenie zła - Wolanda, który przybywa do Moskwy wraz ze swoja świtą: Korowiowem, Asasello, Hellą i nieodłącznym kotem Behemotem na zabawę. To jest coroczny bal urządzany na cześć diabła. Z drugiej strony widzimy różnych mieszkańców stolicy, którzy muszą zmagać się ze swoimi problemami. Najgorzej wygląda życie najbiedniejszych. Znacznie lepiej wiedzie się uprzywilejowanej elicie. Ci prominenci robią zakupy w sklepach z luksusowymi towarami i mieszkają w komfortowych, doskonałych warunkach. Nie muszą przy tym liczyć się z pieniędzmi, bo są zamożni. Swą znaczącą pozycje zdobyli dzięki legitymacji partyjnej, układom, czy protekcji. Nie cofali się nawet przed nieuczciwością. O rozkładzie moralnym świadczy również rozpowszechnienie się łapownictwa i donosicielstwa. Wszyscy upijają się wręcz do nieprzytomności. Biedni z kolei chcą się tylko najeść, napić i jakoś przeżyć następny dzień. Bułhakow wręcz rysuje pesymistyczny obraz kraju. W takiej rzeczywistości człowiek nie reprezentuje żadnej wartości. Nawet nie istnieje poszanowanie godności. Władza poprzez działania policji i cenzora łamie prawo do prywatności, intymności.
W powieści pojawiają się postacie wzorowane na biblijnych. Odpowiednikiem Chrystusa jest Jeszua Ha-Nocri, który jest słaby, niepewny i pełen pokory. Wprowadzony zostaje również Poncjusz Piłat. Bułhakow wyznaczył inne role tym osobom niż mówi o tym tradycja. Nawet szatan przysparza kłopotów przedstawicielom systemu, ale pomaga bohaterom pozytywnym, a zwłaszcza Mistrzowi i Małgorzacie. Sam Mistrz posiada złożony charakter i pragnie zostać wierny ideałom. Walczy z systemem, jest niezepsuty moralnie i w końcu osiąga wieczny spokój - czego pragnął najbardziej.
