Jan Kochanowski w przeciwieństwie do innych swoich kolegów po piórze, jak na przykład Mikołaj rej, do końca życia pozostał wierny religii katolickiej. Jednak w swojej młodości przyjaźnił się z księciem Albrechtem i pobierał nauki w Królewieckim Uniwersytecie, który był wówczas jednym z najważniejszych europejskich ośrodków myśli protestanckiej. Tam najprawdopodobniej umacnia się w nim dużą tolerancja dla protestantów i pisze w tamtejszym duchu, w kilka lat później jeden ze swoich najpiękniejszych i najwcześniejszych wierszy, "Hymn. Czego chcesz od nas Panie...". Ukazuje się on wraz z biblijnym poematem "Zuzanna" w roku 1562. "Hymn" zawiera wielką pochwale stworzenia i Boga, który jest w tym ujęciu doskonałym architektem. Jego istota znajduje właśnie odbicie w harmonijnym układzie przestrzeni ziemskiej, w następstwie pór roku. Wszystko to się łączy i dopełnia w sobie, nic w świecie nie ma przypadkowego czy psującego ten obraz. Ta wielka afirmacja łączy się z początkiem renesansu, gdzie podchodzono z ufnością i optymizmem do natury i praw rządzących ziemia. Dopiero z czasem ten obraz został zaburzony. Kochanowski jednak jeszcze nie widzi niczego złego we własnym otoczeniu, wręcz zachłystując się życiem pisze z uwielbieniem i radością:

"Tyś pan wszystkiego świata, Tyś niebo zbudował

I złotymi gwiazdami ślicznieś uchaftował;

Tyś fundamet założył nieobeszłej ziemi

I przykryłeś jej nagość zioły rozlicznemi.

Za twoim rozkazaniem w brzegach morze stoi,

A zamierzonych granic przeskoczyć się boi;

Rzeki wód nieprzebranych wielką hojność mają.

Biały dzień a noc ciemna swoje czasy znają".

Wedle takiego ujęcia całe stworzenie świata Bóg przeznaczył dla radości człowieka i z myślą o jego szczęściu. Każda przypadłość ludzka jest określona przez opatrzność i miłosierdzie Stwórcy, który nie jest już groźnym i dalekim sędzią, jakim widziano do w czasach średniowiecza, lecz bliskim i żywym ojcem. Należy zaznaczyć, że wiersz ten mówi o Bogu uniwersalnym niejako, wszystkich ludzi, nie zawężą jego pojęcia tylko i wyłącznie do wiary katolickiej, stąd tez ten "Hymn" śpiewany jest do dzisiaj zarówno w kościołach katolickich jak i protestanckich. Kochanowski wszak wyraźnie pisze:

":Kościół Cię nie ogarnie, wszędy pełno Ciebie,

I w otchłaniach, i w morzu, na ziemi, na niebie".

Wiele tez tutaj występuje określeń Boga, zacytowanych powyżej, które pozwalają widzieć w nim najwyższego artystę, mistrza nad mistrzami. To od niego, poprzez łaskę płynie cały talent i umiejętności poetycki Kochanowskiego, wiec i z tej choćby racji wiedzie on tę chwalebna modlitwę, jaka staje się ten hymn. To pochwała Boga - Ojca, obecnego w każdej chwili ludzkiego życia, będącego miłością sprawiedliwa i najwyższą. Pojawia się tez u Kochanowskiego swoisty laicyzm ujęcia Boga gdy nazywa świat w swojej twórczości "Boskim widowiskiem mistrzyni natury". Jednak nie oznacza to żadnego ateizmu, a jedynie wolność człowieka który może wielbić Boga, niejako poza doktrynami określanymi przez Kościół katolicki. Wiele w tym hymnie starożytnych myśli i ujęcia władcy świata. Badacze dopatrywali się między innymi wpływy Cycerona, jego słów, jak: "Mechanizmem świata kieruje artysta stwórca, który zarazem istnieje w swych doskonałych dziełach i przejawia się przez ich byt". Należy także wspomnieć o aspekcie twórczym boga, który w tym wierszu Kochanowskiego urasta na najwyższego artystę, moc z której może czerpać każda ludzka twórczość. To stary motyw Deus Faber.

Z ujęcia Boga jako wszelkiego dobra i miłosierdzia pochodzi wielka ufność ludzka, jaka renesansowi ludzie w Nim pokładali. Wierzono, że zawsze można się do niego uciec i w nim znaleźć pomoc i spokój. Tak właśnie mogą być rozumiane słowa "Psalmu XCI" dobrze bytujące w kontekście powyższego "Hymnu":

"Kto się w opiekę poda Panu swemu,

A całym sercem szczerze ufa Jemu,

Śmielej rzec może: "Mam obrońcę Boga,

Nie będzie u mnie straszna żadna trwoga".

Tłumaczenie "psałterza dawidowego" jest uznawane za mistrzowskie i stanowi cykl najpiękniejszych polskich wierszy okresu renesansu. Kochanowski i w tym dziele stara się pokazać boga, jako ogarniającego wszystkie wyznania, niejako uniwersalnego zarówno w swojej naturze i jak i miłości obejmującej bez wyjątku wszystkich ludzi. Jeden z badaczy twórczości Mistrza z Czarnolasu tak określał mistrzostwo ujęcia Boga w tłumaczeniu "Psałterza Dawidowego": "Kochanowski świetnie wczuł się w bogactwo liryki religijnej psalmów, a modlitwy które stworzył na podstawie biblijnej, są jego, wyrażają potęgę i moc Boga".

W innych, późniejszych wierszach, czy pieśniach Mistrza z Czarnolasu możemy tez zapoznać się z zagadnieniem boskiego kierownictwa ludzkimi rzeczami, a także ze stosunkiem Stwórcy do człowieka. Ten bowiem nie zawsze może przeniknąć swoim umysłem "przyszłe rzeczy" i czasami waży się na śmieszność w swoich zapędach. Należy właśnie "szczerze ufać" bogu, a nie starać się dochodzić sposobu Jego działania. Oto kilka cytatów z różnych pieśni Jana Kochanowskiego, które świetnie potwierdzają ten sąd:

"Prózno ma mieć na pieczy śmiertelne wietrzne rzeczy"

"Przypadków dalszych żaden z nas nie zgadnie

I prózno myśleć o tym

Co z nami będzie potym

W godzinie Bóg wywróci wszystko".

"Siła Bóg może wywrócić w godzinie,

A kto mu kolwiek ufa nie zginie".

Kochanowskiego nie zajmowało jednak tylko zagadnienie boskiego ładu na świecie i jego opatrzności, zastanawia się tez często nad innym Jego przymiotem jakim jest sprawiedliwość. Nie zawsze bowiem człowiek otrzymuje to co mu się należy, a przynajmniej tak by mu się wydawało, wiele w świecie jest zagadek, także cierpienie i ból mogą prowadzić ludzi do zwątpienia w sprawiedliwość boską. W "Odprawie posłów greckich" Helena wypowiada wszak słowa:

"Prze Bóg, więcejci złego na tym świecie

Niźli dobrego. Patrzaj naprzód, jako

Jedenże tylko sposób człowiekowi

Jest urodzić się, a zginąć tak wiele

Dróg jest, że tego niepodobno zgadnąć.

Także i zdrowie nie ma, jeno jedno.

Człowiek śmiertelny".

Poeta zastanawia się nad zaskakującym wobec boskiej sprawiedliwości faktem, że często ludzie cnotliwi i dobrzy cierpią więcej nieszczęść w życiu doczesnym, niż ci źli i występni. Nie można jednak wedle niego popadać w zwątpienie i niewiarę, Bóg w swojej tajemnicy prowadzi ścieżki ludzkie, i na ziemi wcale nie musi człowiek mieć "wedle zasług". Prawdziwa wszak nagroda czeka na niego po śmierci, w niebie, gdzie będzie "żył wiek nieprzeżyty" w szczęśliwości i spokoju. Potwierdzają to na przykład takie słowa poety: "Panie jako bardzo błądzą, którzy cię niedbałym sądzą".

Jednak wiara ludzka kształtuje się przez całe człowiecze życie i wystawiana jest niczym ta hiobowa na najróżniejsze doświadczenia. Jeżeli człowiek tylko je zniesie umacniał go one w wierze i miłości do Stwórcy. Kryzys światopoglądu Kochanowskiego nadszedł na kilka lat przed jego śmiercią i spowodowany był obserwacją świata, który coraz bardziej różnił się od jego ujęcia w "Hymnie", na treść "Trenów" wpłynęła bez wątpienia i śmierć jego córeczki Urszulki. W słynnym "Trenie V" Bóg jest ukazany przez Kochanowskiego jako nieostrożny ogrodnik, który przez pomyłkę obciął młoda gałązkę. Czyli w tym ujęciu Stwórca może popełniać omyłki i działać w sposób nieuporządkowany, co było sprzeczne zarówno z wcześniejszymi wierszami Kochanowskiego jak i z cała wiarą chrześcijańską:

"Sama tylko dopiro szczupłym prątkiem wschodząc:

Tę jesli, ostre ciernie lub rodne pokrzywy

Uprzątając, sadownik podciął ukwapliwy,

Mdleje zaraz, a zbywszy siły przyrodzonej".

W tym cyklu wierszy, w których Kochanowski obnażą swoje zwątpienie i niemoc zrozumienia świata pojawiają się i słowa negujące w ogóle obecność Boga, jego istnienie, a przez to wszelkie jego pozytywne przymioty. W "Trenie X" poeta rozważą gdzie podziała się dusza jego córeczki,. Już samo to że nie ma pewności w istnienie konkretnych boskich zaświatów, pokazuje jego zwątpienie, Kochanowski posuwa się jednak dalej i dopuszcza możliwość nieistnienia jakiegokolwiek życia duszy ludzkiej po śmierci:

"Czyś po śmierci tam poszła, kędyś pierwej była,

Niżeś się na mą ciężką żałość urodziła?

Gdziekolwiek jest, jeśliś jest, lituj mej żałości...".

Dopiero pod koniec tego cyklu przychodzi uspokojenie i ukojenie myśli poety. Sam dostrzega ze jego strach i samotność zrodziły się nie z racji boga, lecz przez to ze sam odrzucił go i starał się zawierzyć świeckim filozofom stoickim. Przez to okazał się słabym, jak każdy człowiek bez Boga. "Tren XVIII" przynosi kolejną pochwałę Boga, czyniona już jednak nie z wysokiej pozycji doskonałego człowieka, lecz z postawy błagalnej i przepraszającej za poprzednie bluźnierstwa: "Wielkie są przed tobą występki moje, lecz miłosierdzie twoje przewyższa wszystkie złości, użyj dziś Panie nade mną litości". W ostatnim trenie pojawia się matka Kochanowskiego, przychodzi do niego we śnie, co może być symbolem powrotu wiary piszącego do momentu dzieciństwa, do ślepej ufności w sprawiedliwość, dobroć i miłość Boga dla człowieka. Wszak wcześniej określał siebie poeta jako nierozumne dziecko pisząc:

"My, nieposłuszne, Panie, dzieci Twoje,

W szczęśliwe czasy swoje

Rzadko Cię wspominamy,

Tylko rozkoszy zwykłych używamy".

Po wszystkich ciężkich doświadczeniach zdaje sobie sprawę, ze bez Boga może tylko jeszcze bardziej cierpieć, tak więc w każdej chwili swojego życia musi zachować dla Niego jak największe przywiązanie i ufność w jego mądrość postępowania z ludzkim życiem. Wszak jak mu to przypomina matka w "Trenie XIX. Sen": "jeden jest pan smutku i nagrody".

Na koniec warto zaznaczyć, że Kochanowski Boga widzi raczej w postaci Starotestamentowej, jako Ojca i Stworzyciela, tylko raz pojawia się w jednej z jego fraszek Jezus Chrystus.