Ojcem Tomasza Judyma był ubogi szewc, który na dodatek notoryczny alkoholik, co narażało jego dzieci na obcowanie z tym nałogiem. Młodego Tomasza wzięła pod swą opiekę daleka ciotka, zresztą także zarabiająca na pokrętnych sprawach. Chłopak musiał u niej ciężko pracować, żył na co dzień w niedostatku, choć miał jednak zapewniony stały wikt i opierunek. Dzięki samozaparciu Tomasz zaczął przy tym nauki, co umożliwiła mu opiekunka. Przemógłszy trudy ciężkiej młodości i został w końcu lekarzem. Bardzo pragnął po studiach nieść pomoc potrzebującym i ubogim, a także budować nowe placówki zdrowia. Pobyt w Paryżu pozwolił mu na dalsze obserwacje i wyciąganie wniosków o tragicznej sytuacji zdrowotnej warstw niższych. W Warszawie, gdzie osiadł potem, działo się podobnie. Rodzina jego brata mieszka także w fatalnych warunkach sanitarnych. Dzieci nie mają okazji iść do szkół, całymi dniami bawią się więc w ulicznym błocie. Tomasz postanowił wprowadzić w życie swe plany - najpierw udał się do niejakiego doktora Czernisza, osoby bardzo szanowanej w światku medycznym. Podczas jednego ze spotkań lekarzy Tomasz wyrzuca otwarcie innym, że nie dbają należycie o najuboższych, i porządnie leczą tylko tych, którzy mogą zapłacić. Hermetyczne środowisko natychmiast odwróciło się od młodego doktora. Paradoksalnie - gdy Tomasz otworzył własny gabinet, doświadczył okresu stagnacji - ubodzy doń nie przychodzili , gdyż obawiali się, że będą musieć płacić za wizytę, bogaci zaś omijali go z daleka by nie stykać się z biednymi w poczekalni.
Za radą dobrego znajomego, doktora Chmielnickiego, zdecydował się wyjechać do Cisów, aby tam objąć kierownictwo uzdrowiska. Tomasz poznał tam nowe środowisko, nowe , lokalne obyczaje i kliki. Spotkał tam także swą znajomą, Joannę Podborską. W Cisach odezwały się w Tomaszu ludzkie rozterki: z jednej strony pamiętał o swym szlachetnym celu, z drugiej zaś zaczął gustować w wygodnym, salonowym życiu Cisów. Dał się porwać wirowi towarzyskiemu, zbratał się z miejscową elitą. Pewnego dnia zauważył jednak, iż kuracjusze czemuś wyjeżdżają z Cis w gorszym stanie, niż tu przybyli. Małe śledztwo odkryło, że to wina szlamu, który regularnie jest spuszczany ze stawów hodowlanych do rzeki, z której wodę piją chorzy. Judym był świadom, że grozi to epidemią malarii. Studenckie ideały obudziły się ze zdwojoną siłą - zbuntował się i przeciwstawił cisowianom, nawet kiedyś wepchnął właściciela stawów do wody. Niestety - sprawiło to wszystko, że został zmuszony do opuszczenia miejscowości. Rozważał co prawda ugodę z Cisami, choć przeszkadzała mu duma, jednak zanim do tego doszło - wyrzucono go z pracy.
Dalej Judym udał się do górniczego zagłębia. Trafił do Sosnowca za sprawą przyjaciela, inżyniera Koreckiego. Zadaniem Judyma jest leczyć górników z miejscowych kopalni. I o ile najpierw czuje do nich wstręt, o tyle potem, po raz kolejny w życiu, budzi się w nim poczucie winy, iż skoro sam kiedyś był biednym, to teraz winien jest coś tym, których pozostawił. Decyduje się nawet rozstać z Joasią, by całkowicie oddać się swej misji.
Nieszczęście w miłości i rezygnacja z dostatku osobistego to ceny, jaką Judym zapłacił za poświęcenie się swym ideałom. Bohater przedstawia postawę prometejską; jest także bardzo podobny do postaci znanych z romantyzmu. Był bowiem utopijnym pozytywistą, idealistom ponad miarę swego czasu. Nie potrafił bowiem znaleźć złotego środka i wykorzystać możliwości, które miał, aby zachować osobiste szczęście i jednocześnie kontynuować swą misję. Jego wewnętrzny dualizm, wewnętrzne rozdarcie, symbolizuje w finale powieści rozdarta sosna.
