2 lutego 1831 roku na papieża wybrany został Bartolomeo Alberto Cappellari, który przybrał imię Grzegorza XVI. Jako głowa Kościoła katolickiego odniósł się do ówczesnych problemów polityczno-społecznych. W trakcie pontyfikatu poruszał więc zagadnienia dotyczące m.in. narodów walczących o niepodległość. W dniu 9 czerwca 1832 roku papież Grzegorz XVI wydał encyklikę "Cum primum". Napomniał w niej polskich biskupów oraz duchowieństwo. Twierdził, że powinni podporządkować się zaborcom i zachęcać do tego całe społeczeństwo. Natomiast w brewe In supremo z 3 grudnia 1839 roku uznał powstanie listopadowe (skierowane przeciwko carowi Rosji) jako część rewolucji europejskiej mającej na celu obalenie legalnej władzy.

Dla porównania jego następca - Pius IX - protestował przeciwko rosyjskiemu okrucieństwu w dławieniu powstania styczniowego. Wzywał cały Kościół katolicki na świecie do modlitw za Polskę.

Właśnie imię Piusa IX przybrał wybrany na papieża w 1846 roku Giovanni Maria Mastai Feretti. . Jego pontyfikat miał olbrzymie znaczenie dla losów rozbitego państwa włoskiego.

Najpierw papież oparł swoją politykę na stałej obecności wojsk francuskich w Rzymie. Tak więc w razie jakiejkolwiek ingerencji mógł liczyć na pomoc cesarza Napoleona III. Jednak parę lat później stosunki między Napoleonem III a papieżem uległy pogorszeniu. Wtedy rząd włoski na czele którego stał Marco Minghetti zawarł porozumienie z Francją (ostatecznie przyjęte 15 września 1864 roku). W tej tzw. konwencji wrześniowej mowa była przede wszystkim o wycofaniu wojsk francuskich z Rzymu. Miało to nastąpić dopiero wtedy, gdy papież zorganizuje swoje wojsko. Ponadto rząd włoski zobowiązywał się do obrony terytorium papieskiego w przypadku zagrożenia zewnętrznego.

Tak naprawdę konwencja wrześniowa nie była zbyt dobrym rozwiązaniem dla stron. Zgodnie z zapisami w niej zawartymi wyznaczona miała być nowa stolica Włoch. Przeniesiono ją do Florencji i niemal momentalnie wybuchły zamieszki w Turynie. Papież Pius IX uważał, że przemieszczenie stolicy do Florencji to tylko etap przed zajęciem Rzymu.

Dlatego Pius IX opublikował 8 grudnia 1864 roku encyklikę Quanta cura. Potępił w niej socjalizm oraz liberalizm. Widział w nich źródła wszelkiego zła. Ponadto do encykliki dołączył Syllabus errorum, w którym znalazło się 80 błędów, z którymi Kościół nie jest w stanie się pogodzić (m.in. rozdział Kościoła od państwa, wolność religijna, zasada suwerenności ludu). W 1869 roku Pius IX zwołał sobór do Watykanu. To właśnie na nim przyjęto dogmat o nieomylności papieża w sprawach religijnych i moralnych. Tym samym Pius IX chciał w pewien sposób zabezpieczyć swoją pozycję w Rzymie. Oznaczało to również, że włoscy liberałowie nie będą mieć sojusznika w osobie papieża. Dlatego wzrastały nastroje antypapieskie. W 1866 roku parlament podjął nawet decyzję o likwidacji niektórych zakonów, a ich majątek przejmowało państwo.

W październiku 1867 roku oddziały garybaldczyków wkroczyły do Państwa Kościelnego. Jednak marsz Garibaldiego na Rzym szybko się załamał.

Ale sytuacja międzynarodowa (wojna francusko-pruska) sprawiła, że podjęto kolejne próby zdobycia Rzymu. Ostatecznie wkroczyły do niego 20 września 1870 roku oddziały pod dowództwem generała Raffaele Cadorna. Już 2 października 1870 roku przeprowadzono w Rzymie plebiscyt. Ludność opowiedziała się za włączeniem miasta do Królestwa Włoch.

Takie wyniki wyraźnie nie spodobały się papieżowi Piusowi IX, który nie opuszczał Pałaców Watykańskich. Głowa Kościoła Katolickiego próbowała pozyskać pomoc zewnętrzną, ale bez efektu. Ponadto papież w odpowiedzi na rezultat plebiscytu wydał ekskomunikę.

Parlament włoski uchwalił w dniu 13 maja 1871 roku prawo o gwarancjach. Mowa w nim była o swobodach przysługujących papieżowi w pełnieniu funkcji głowy Kościoła. Jednak w dwa dni później Pius IX odrzucił te postanowienia encykliką i uznał się za więźnia Watykanu. Ponadto dynastia sabaudzka oraz parlament włoski obłożeni zostali ekskomuniką. Papież zakazał też katolikom aktywnie uczestniczyć w politycznym życiu państwa.

Wydawało się, że Pius IX swoimi decyzjami może w pewien sposób zahamować proces jednoczenia Włoch, w którym aktywnością wykazywała się przecież ludność katolicka i duchowieństwo. Jednak już w lipcu 1871 roku król Wiktor Emanuel przeniósł stolicę do Rzymu i uznaje się to za koniec zjednoczenia państwa włoskiego.

Ów proces był dokładnie obserwowany w Niemczech. Wtedy wyrażano głosy poparcia dla włoskiego ruchu narodowego, bowiem dostrzegano podobieństwo do ruchu niemieckiego. Sam papież pozytywnie wyrażał się na temat procesu jednoczenia Niemiec. Były nawet projekty, aby siedziba papiestwa została przeniesiona właśnie do Niemiec, ale nic z tego nie wyszło. W ten sposób Otto von Bismarck chciał podporządkować Kościół swoim wpływom. Właśnie katolicy i stronnictwo Centrum szybko stali się największymi przeciwnikami Bismarcka.

Właśnie członkowie Centrum w trakcie obrad Reichstagu złożyli wniosek sugerujący możliwość interwencji Niemiec we Włoszech na korzyść papieża. Ponadto politycy zażądali umieszczenia w konstytucji zapisów gwarantujących niezależność Kościoła od państwa. Ale Reichstag nie przyjął tych propozycji.

Jednak już 8 lipca 1871 roku zreorganizowano Ministerstwo Wyznań likwidując wydziały katolicki i protestancki. Taki podział istniał od 1841 roku, kiedy ustanowił go król Fryderyk Wilhelm IV. W historiografii nie brakuje głosów, że właśnie tak właśnie rozpoczęła się sławna "walka o kulturę" (z niemieckiego Kulturkampf). Wkrótce po tym, bo w styczniu 1872 roku na stanowisko ministra wyznań powołany został Adalbert Falk. Zasłynął on jako inicjator wielu ustaw o charakterze antykościelnym w Prusach. W tym samym roku Reichstag uchwalił ustawę o zakazie działalności jezuitów. W 1875 roku pojawił się zapis o obowiązkowym ślubie cywilnym. Również w 1875 roku, ale jedynie w Prusach wprowadzono zapis o likwidacji wszystkich zakonów, oprócz tych niosących pomoc chorym.

Pod nieobecność Bismarcka uchwalone zostały słynne ustawy majowe (z 1873 roku). Mówiły o wymaganiach wobec kandydatów na stanowiska kościelne. I tak musieli oni ukończyć państwowe gimnazjum, studiować teologię oraz zdać egzamin państwowy z filozofii, historii i literatury niemieckiej. Zapisy te były więc przeciwne kształceniu duchownych w seminariach kościelnych oraz studiowaniu teologii w Rzymie. Ponadto na mocy ustaw majowych władze państwowe mogły sprzeciwiać się mianowaniu poszczególnych osób na dane stanowisko kościelne. Była to więc złamanie zasady rozdziału Kościoła i państwa.

Ostatecznie jednak Kulturkampf zakończył się w Niemczech sukcesem Kościoła katolickiego. Dzięki temu umocnił on swoją pozycję. Okres znoszenia lub łagodzenia ustaw Kulturkampfu miał miejsce w latach 1880-1887. Utrzymano m.in. śluby cywilne oraz wyłączną kontrolę państwa nad szkolnictwem. Ponadto rząd pruski mógł sprzeciwić się kandydaturze na proboszcza. Niezwykle doniosłe znaczenie miało przywrócenie zakonów, ale jezuici czekali aż do 1917 roku na zniesienie zakazu.

Czynnikiem ułatwiającym porozumienie Bismarcka z Kościołem katolickim była śmierć Piusa IX. Jego następcą został Gioacchino Vincenzo Raphaelo Aloisio Pecci, który przybrał imię Leona XIII (1878-1903). Papież ten był gotowy do zawarcia kompromisu z Bismarckiem. Co więcej głowa Kościoła katolickiego dwa razy wywierała nacisk na Centrum (w 1880 i 1887 roku), aby politycy głosowali za siedmioletnim budżetem wojskowym. Wówczas członkowie Centrum podkreślili, że podejmują decyzje w sprawach politycznych niezależnie od sugestii papieskich.