Topografia współczesnego Morza Bałtyckiego uwarunkowana jest kilkoma czynnikami, które ściśle są jednak związane ze zlodowaceniem. Należy do nich:
1) regresja (cofanie) się lądolodu- stopniowe topnienie pokrywy lodowej, która nasunęła się tutaj z Półwyspu Skandynawskiego; uwolnione w wyniku tego duże ilości wody spływały rzekami z przedpola lądolodu w stronę południową lub zachodnią wypełniając zagłębienia w terenie
2) żłobienie powierzchni przez lądolód- cała powierzchnia dna z głębokimi formami rynnowymi właściwego Morza Bałtyckiego jest dziełem lądolodu; nasunięcie się masy lodowej z północy wywołało bardzo silny nacisk na powierzchnię skorupy ziemskiej, co spowodowało mocniejsze jej zanurzenie w plastycznym podłożu tzw. zjawisko izostazji; na skutek tego zjawiska wody z otwartego morza położonego po stronie zachodniej wtargnęły na obszar współczesnego Morza Bałtyckiego; topnienie lądolodu spowodowało mniejszy jego nacisk na podłoże Półwyspu Skandynawskiego, co spowodowało kolejne pionowe ruchy izostatyczne, ale tym razem o przeciwnym zwrocie niż poprzednio- następuje wynurzanie się skorupy ziemskiej (nadal ma miejsce)
3) topnienie pokryw lodowych na półkuli północnej wyzwoliło znaczne ilości wody, w skutek czego nastąpiła transgresja morza, które zajęło zagłębienia oraz niziny na obszarze lądowym.
Takie cechy morza jak dane topograficzne, dobrze rozwinięta linia brzegowa, liczne wyspy oraz urozmaicona rzeźba dna morskiego umożliwiły wyodrębnienie w Morzu Bałtyckim trzech akwenów (basenów): południowego - Basen Bornholmski, środkowego - Basen Gotlandzki i północnego - Basen Botnicki.
Basen Bornholmski posiada dwie znaczne głębie: Głębia Arkońska sięgająca do wyspy Bornholm, której głębokość niewiele przekracza 50 m oraz Głębia Bornholmska znajdująca się po wschodniej stronie wyspy, która jest większa i rozleglejsza od poprzedniej a jej maksymalna głębokość wynosi 105 m. Obie te głębie są połączone Rynną Bornholmską znajdującą się pomiędzy Bornholmem i wybrzeżem Szwecji. Formy rynnowe będące wąskimi, wydłużonymi zagłębieniami, łączą rozległe głębie i są często spotykane na dnie Morza Bałtyckiego.
Basen Gotlandzki, jest największym i najgłębszym basenem bałtyckim. Posiada on południkowy przebieg a ogranicza go wyniosłe pasmo Wysp Alandzkich oraz szkiery fińskie, stanowiące granicę pomiędzy nim a Basenem Botnickiem. Największe zagłębienie Głębi Gotlandzkiej wynosi 250 m i znajduje się po wschodniej stronie wyspy Gotlandia. W kierunku północno-zachodnim od Gotlandii zlokalizowane jest najgłębsze miejsce Morza Bałtyckiego - Jama Landsort posiadająca głębokość 459 m. W południowej części Basenu Gotlandzkiego znajduje się Głębia Gdańska (113 m), którą Rynna Słupska łączy z Głębią Bornholmską.
Basen Bornholmski i Basen Gotlandzki uważane są za właściwą część Morza Bałtyckiego natomiast Basen Botnicki pełni rolę wielkiej zatoki. Basen dzieli grzbiet znajdujący się na jego dnie, który sięga 30-50 m pod powierzchnią wody, na dwie części: południową (głębsza, maksymalna głębokość to 294 m, tzw. Morze Botnickie) i północną (właściwa Zatoka Botnicka, maksymalna głębokość to 140 m).
Głębie i pełniące rolę połączeń między nimi rynny oraz wyniesione, piaszczysto-kamieniste ławice (Odrzana- min. głębokość wynosi 6 m, Orla 5 m, Słupska 8 m, Hobufg 12 m i Środkowa 9 m) zbudowane z utworów morenowych są dowodem przeważającego wpływu działalności lądolodu na rzeźbą dna bałtyckiego. Zatoki bałtyckie również charakteryzują się dużym zróżnicowaniem dna morskiego. Zatoka Fińska posiada wzdłuż swojej osi głęboką rynnę o średniej głębokości wynoszącej 100 m natomiast z maksymalną głębokością rzędu 123 m. Zatoka Ryska odznacza się natomiast niewielkimi głębokościami, których średnia wartość wynosi 23 m a maksymalna 62 m. Na południu Morza Bałtyckiego wyróżniane są dodatkowo dwie mniejsze zatoki: Zatoka Pomorska z maksymalną głębokością 15 m i Zatoka Gdańska, której maksymalna głębokość wynosi 116 m. Dwie ostatnie zatoki są dość szeroko połączone z Morzem Bałtyckim i mają charakter typowych zalewów przybałtyckich. Oprócz tego możemy wyróżnić Zalew Szczeciński (o powierzchni 678 km2), Zalew Wiślany (838 km2) i Zalew Kuroński (1613 km2), które odznaczają się stosunkowo dużą powierzchnią i wąskimi połączeniami z morzem.
Na Morzu Bałtyckim występuje wiele wysp a do największych z nich zaliczamy Fionię, Zelandię, Lolland, Falster i inne na Morzu Bełtów oraz Bornholm, Rugię, Gotlandię, Holandię, Saremę, Hiumę i inne w wybrzeża Estonii a także Wyspy Alandzkie i pojedyncze wyspy w Zatoce Botnickiej.
Biorąc pod uwagę powyższą topografię Morza Bałtyckiego możemy podzielić na dwie części o różnych warunkach hydrologicznych. Granicę między nimi stanowią Wyspy Alandzkie. Na północy znajduje się tak zwana część botnicką natomiast druga część obejmuje cały obszar Morza Bałtyckiego na południe od Wysp Alandzkich. Z Morza Północnego wypływa prąd przydenny, który zmierza w kierunku wschodnim przepływając przez Głębię Arkońską, Rynnę Bornholmską, Głębię Bornholmską, Rynnę Słupską, Głębię Gotlandzką oraz Głębię Gdańską. Jeśliby wzdłuż drogi jaką pokonuje ten prąd poprowadzić linię przekroju przez dno, to wyraźnie zaznaczyły by się na niej wyżej wymienione elementy dna Morza Bałtyckiego. Podział ten w dużym stopniu wpływa na świat zwierząt i roślin Bałtyku.
