Wygląd dzisiejszego Bałtyku jest efektem wielu procesów zachodzących na przestrzeni lat i następujących po sobie w określonej kolejności a głównie jest wynikiem ogółu procesów, związanych ze zjawiskiem zlodowacenia. Te procesy to:

  • Proces cofania się lądolodu, nasuwającego się ze Skandynawii i jego topnienie. Ogromne masy wody spływające wtedy na przedpole lądolodu w kierunku południa lub na zachód, wypełniając zagłębienia terenu.
  • Żłobiąca działalność lodowca, w wyniku której powstał Bałtyk właściwy i jego rynny. Nasuwający się lodowiec powodował nacisk skorupy ziemskiej i jej zagłębianie się w plastyczną astenosferę. Nastąpiło obniżenie się terenu ku zachodowi i wdarcie się na te tereny morza. Cofanie się lądolodu spowodowało zachwianie równowagi izostatycznej i trwający do dziś ruch pionowy podnoszący teren do góry w kierunku przeciwnym do poprzedniego.
  • Transgresja morza na ląd wywołana topnieniem lodów na obszarze północnej półkuli i spływem ogromnych mas wody, zalewające obszary nizinne i depresyjne.

Wnioskując z położenia topograficznego, dobrze rozwiniętej linii brzegowej, obecności licznych wysp i urozmaiconej rzeźby dna można dokonać podziału obszaru morza na trzy baseny - akweny:

1. Basen Bornholmski na południu

2. Basen Gotlandzki w środkowej części

3. Basen Botnicki z północy.

Basen Bornholmski posiada na swym obszarze Głebię Arkonską o głębokości 50 metrów sięgającą wyspy Bornholm oraz drugą, rozleglejszą Głębie Bornholmską o głębokości 105 metrów, po wschodniej stronie wyspy. Obie głębie połączone są Rynną Bornholmską. Jest ona jedna z wielu rynien tak charakterystycznych dla ukształtowania dna morskiego Bałtyku, łączących coraz to rozleglejsze głębie.

Basen Gotlandzki jest najrozleglejszym i najgłębszym ze wszystkich basenów, przebiega południkowo sięgając po wyniosłe rejony pasm Wysp Alandzkich i szkierów fińskich, które oddzielają go od Basenu Botnickiego. Posiada na swym obszarze rozległą Głębię Gotlandzką, o maksymalnej głębokości 250 m, leżącą na wschód od wyspy Gotlandii, w kierunku północno-zachodnim, pomiędzy Gotlandią a Sztokholmem zaś występuje największa głębia Bałtyku - Jama Landsort o głębokości 459 m. Na południu Basenu Gotlandzkiego położona jest polska Głębia Gdańska o głębokości 113 a z Głębią Bornholmską łączy ją Rynna Słupska.

Basen Botnicki jest raczej wielkich rozmiarów zatoką, przedzieloną grzbietem biegnącym na dnie, wznoszącym się na 30-50 m p.p.m., na dwa obszary: południowy, o maksymalnej głębokości 294 m, jest to tzw. Morze Botnickie i północny - czyli właściwy obszar Zatoki Botnickiej, o maksymalnej głębokości jedynie do 140 m.

Wpływy działalności lądolodu widoczne są nie tylko poprzez świadectwo występowania rynien, ale również poprzez istnienie piaszczysto -kamienistych ławic:

  • Odrzańskiej - 6m głębokości
  • Orlej - 5m głębokości
  • Słupskiej - 8m głębokości
  • Hobufg o głębokości 12m
  • Środkowej o głębokości 9m

czyli pozostałości dawnych moren. Na tej podstawie właśnie dokonano regionalizacji Bałtyku.

Zatoki Morza Bałtyckiego jak poprzednie baseny posiadają dno urozmaicone. W Zatoce Fińskiej, osiowo biegnie głęboka rynna o średniej głębokości 100 m a maksymalnej 123 m. Zatoka Ryska zaś jest akwenem płytszym o średniej głębokości 23 m i maksymalnej głębokości w centrum akwenu, dochodzącej do 62 m. Na obszarze Południowego Bałtyku można wyodrębnić jeszcze dwie mniejsze zatoki:

  • Pomorską o głębokości maksymalnej 15 m
  • Gdańską o głębokości maksymalnej 116 m

Obie zatoki posiadają dość szerokie połączenie z Bałtykiem oraz występują tam charakterystyczne zalewy przybałtyckie - o głębokości rzędu kilku metrów a więc o stosunkowo małej głębokości, ale zajmujące stosunkowo dużą powierzchnię i posiadające wąskie połączenie z morzem. Są to:

  • Zalew Szczeciński o powierzchni 678 km2,
  • Zalew Wiślany o powierzchni 838 km2
  • Zalew Kuroński o powierzchni 1613 km2.

Morze Bałtyckie posiada dużą ilość wysp i wysepek, największymi z nich są:

  • Fionia,
  • Zelandia,
  • Lolland,
  • Falster i wiele innych w Morzu Bełtów
  • Bornholm,
  • Rugia,
  • Gotlandia,
  • Olandia,
  • Sarema,
  • Hiuma i inne u brzegów Estonii
  • Wyspy Alandzkie
  • pojedyncze wyspy w Zatoce Botnickiej.

Pod względem tejże topografii Bałtyk dzielimy na dwa zasadniczo różniące się pod względem warunków hydrologicznych fragmenty, odseparowane wzajemnie barierą Wysp Alandzkich - na północy - botnicka i południu obejmującą pozostały obszar Bałtyku. W czasie gdy wpływający z Morza Północnego prąd przydenny kieruje się z zachodu w kierunku wschodnim, płynie w rzeczywistości od Głębi Arkońskiej poprzez Rynnę Bornholmską aż do Głębi Bornholmskiej, a stamtąd pokonując Rynnę Słupską kieruje się do Głębi Gotlandzkiej i Gdańskiej. Prowadzony po tejże linii przekrój dna określa wyraźnie naturalny podział Morza Bałtyckiego na omawiane baseny. Podział ten odgrywa podstawowe znaczenie w życiu w jego głębinach.