Gatunki należące do pajęczaków różnią się między sobą, zarówno morfologią, jak i zachowaniem. Jednak posiadają również pewne podobieństwa, pozwalające na umieszczenie ich wszystkich razem w jednej grupie (pajęczaków). Ciało zbudowane jest z głowotułowia i odwłoka. U pająków głowotułów jest połączony z odwłokiem, ale nie jest całkowicie z nim zrośnięty. Natomiast może tworzyć całość z głowotułowiem, co ma miejsce u roztoczy.
Pajęczaki charakteryzują się tym, że posiadają dwanaście odnóży, w tym cztery pary to odnóża kroczne. Wszystkie odnóża znajdują się na głowotułowiu. Dwie pary odnóży znajdujące się na przedzie nie są związane z chodzeniem. Pierwsza z nich - szczękoczułki - ma ścisły związek z aparatem gębowym. Z ich pomocą pajęczaki pobierają pożywienie. Natomiast druga para - nogogłaszczki - oprócz tej samej funkcji, co szczękoczułki, pełni także rolę przy kontakcie z otoczeniem - za pomocą zmysłu dotyku. Na odwłoku nie występują żadne odnóża, aczkolwiek wielu naukowców uważa, że kądziołki u pająków są ich modyfikacją.
Ciało okryte jest oskórkiem zbudowanym z chityny. Gdzieniegdzie może mieć on postać twardej i grubej płyty - np. u pająków.
Pajęczaki w większości wykazują drapieżczy tryb życia, polując na inne zwierzęta, głównie owady. Choć może też występować kanibalizm. Ofiarę najczęściej trawią na zewnątrz, poprzez wstrzykiwanie do ich wnętrza soków trawiennych. Strawiony pokarm następnie wciągają do środka za pomocą tzw. aparatu ssącego, w którego skład wchodzi gardziel i dalsza część przewodu pokarmowego. U pajęczaków możliwe jest także pasożytnictwo. Wtedy osobniki te wysysają płyn z roślin lub zwierząt bez ich zabijania (m.in. kleszcze).
U pajęczaków wymiana gazowa zachodzi w tchawkach bądź w płucotchawkach. Tylko gatunki niedużych rozmiarach oraz pasożyty nie posiadają w ogóle narządów oddechowych, oddychając przez powłoki ciała. Budowa systemu krwionośnego w głównej mierze zależy od typu narządów oddechowych. Układ krążenia jest prawie całkowicie zredukowany u tych pajęczaków, u których występują tchawki. Tchawki bowiem rozchodzą się po całym ciele dostarczając wszędzie tam dostateczne ilości tlenu. Wtedy układ krwionośny składa się tylko z serca i tętnicy. Z kolei u niewielkich osobników często w ogóle nie ma układu krwionośnego.
Narządami wydalniczymi u pajęczaków są cewki Malpighiego, które występują parzyście. Ponadto mogą także występować gruczoły biodrowe, które są odpowiednikami metanefrydiów u pierścienic.
W układzie nerwowym wśród pajęczaków również występują znaczne różnice, związane ze sposobem życia, polowania itp.
Głównymi zmysłami u pajęczaków są: narząd wzroku i dotyku. Liczba oczu waha się od jednego do ośmiu. Natomiast funkcje dotykowe pełnią włoski, którymi pokryte jest całe ciało. Służą one m.in. do odbierania drgań pajęczyny lub powietrza.
U pająków i skorpionów ważną rolę odgrywają gruczoły jadowe. U tych pierwszych mają one ujścia w szczękoczułkach, natomiast u skorpionów na końcu specjalnego kolca jadowego. Innym rodzajem gruczołów są kądziołki u pająków, zaleszczotek i niektórych gatunków roztoczy. Produkują one nici, które są używane do owijania kokonów, domków czy polowania.
Układ rozrodczy składa się z parzystych gonad z ujściem na końcu odwłoka. Niekiedy występują także narządy kopulacyjne. Samica jest zwykle większa od samca. Rozwój jest tutaj prosty.
