Ekosystem jest to jednostka biosfery obejmująca wszystkie gatunki zwierząt i roślin oraz ich otoczenie wraz z materią nieożywioną. W strukturze tej zachodzi wymiana i przepływ energii.
Jednym z takich układów jest ekosystem jezior.
W jeziorze głównym czynnikiem regulującym przyrost biomasy jest światło. Promienie słoneczne przenikają do wody ale do pewnej głębokości. Ta głębokość określa zakres w którym występuje produkcja pierwotna. W obszarach gdzie nie docierają promienie słoneczne rośliny wodne nie są w stanie przeprowadzać fotosyntezy i produkować biomasy. Dostępność światła określ się czynnikiem ograniczającym przyrost biomasy. Z ilością promieniowania jakie przenika do wody związana jest temperatura. Jednak trudno określić jaki ma ona wpływ na produkcję materii organicznej. Różnorodność gatunkowa w ekosystemie jeziora jest skorelowana z dostępnością ważnych pierwiastków biogennych takich jak fosfor i azot. W niektórych jeziorach z powodu dużej zawartości azotu i fosforu dochodzi do intensywnego namnażania się fitoplanktonu (sinic, zielenice). Zjawisko takie określane jest jako eutrofizacja. Ważnym czynnikiem w produkcji biomasy jest dostępność dwutlenku węgla, który rośliny wykorzystują w czasie fotosyntezy. Na zmienną zawartość tego gazu w wodzie wpływa wiatr który wywołując fale powoduje wymianę gazów między wodą a powietrzem.
Strefy jeziora.
W strefie przybrzeżnej (litoralnej ) występują najczęściej rośliny takie jak :sitowie jeziorne, pałka wodna i tatarak tworząc "ścianę" ogradzającą jezioro. Rośliny te są często miejscem bytowania ślimaków preferujących wilgotne środowisko np. bursztynków , oraz drobnych ssaków np. myszy. W dalszej strefie jeziora żyją rośliny o długich łodygach, które przytwierdzona są do podłoża rozgałęzionymi kłączami. W strefie najbardziej odległej od brzegu jeziora występują typowe rośliny wodne takie jak: rogatka, wywłócznik , rdestnice , moczarka kanadyjska czy przypominające skrzypy- ramienice. Na liściach wielu roślin można zaobserwować delikatny, zielony nalot , który pod mikroskopem okazuje się ogromną ilością glonów (zielenice, eugleny), pierwotniaków ( wrotki, nicienie) i bakterii. Występują tu również drapieżnice pijawki i pasożytnicze wypławki. Wody jezior pełne są larw owadów takich jak chruściki, jętki, ważki i komary. W jeziorach występuje duża liczba gatunków ryb, m.in.: lin, leszcz, płoć, okoń. W okolicy strefy litoralnej żyją także niektóre gatunki ptaków takie jak perkozy i łyski.
Strefa przybrzeżna charakteryzuje się największą produkcją biomasy, jest najmniej przejrzysta. W tej części jeziora bujnie rozkwita flora i fauna wodna. W przypadku jezior dużych i głębokich strefa przybrzeżna stanowi niewielką część całego zbiornika. Strefa litoralu kończy się na głębokości kilku metrów.
Kolejna strefą ekosystemu jeziora jest strefa pelagiczna- inaczej zwana strefą otwartej toni wodnej. W strefie tej dominuje przede wszystkim plankton, zarówno zwierzęcy jak i roślinny. Do fitoplanktonu pelagicznego zalicza się przede wszystkim bruzdnice, zielenice, eugleny i okrzemki. Do mikroskopijnych zwierząt ,czyli zooplanktonu należą wrotki i należące do skorupiaków widłonogi i wioślarki. Nie ma gatunków ryb typowych dla strefy pelagicznej, występuje tu przede wszystkim ukleja, sandacz , stynka.
Najgłębszą strefą jeziora jest strefa profundalna. Strefa ta obejmuje obszar wody, gdzie dociera niewielka ilość promieni słonecznych. Ta ilość promieniowania nie jest wystarczająca do tego by rośliny mogły prowadzić fotosyntezę. Z tego powodu strefa profundalna jest najbardziej uboga w materię organiczną oraz tlen.
Dno jeziora określane jest jako bentos. W mulistych dnach jezior nagromadzone są ogromne ilości martwej materii organicznej. Jest ona wykorzystywana jako źródło pokarmu przez organizmy zwane saprobiontami. Należą do nich mułożerne tubifeksy, budową przypominające dżdżownicę. Występują tu także larwy ochotek i małże.
