- Rezerwat "Dębina"- rezerwat leśny, pow. 13, 14 ha, gmina Drwinia, ochrona starodrzewu grądowego;
- Rezerwat "Lipówka"- rezerwat leśny, pow. 24,95 ha, gmina Drwinia, ochrona pierwotnego lasu grądowego;
- Rezerwat "Wiślisko Kobyle"- pow. 6,70 ha, gmina Drwinia, ochrona fragmentu dawnego koryta Wisły;
- Rezerwat "Kamień Grzyb"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 1,83 ha, gmina Nowy Wiśnicz, ochrona skał z piaskowca ciężkowickiego;
- Rezerwat "Kamionna"- rezerwat leśny, pow. 64,04 ha, gmina Żegocina, ochrona naturalnych lasów bukowo- jodłowych;
- Rezerwat "Bukowiec"- rezerwat leśny, pow. 5,31 ha, gmina Czchów, ochrona fragmentu buczyny karpackiej ze stanowiskiem bluszczu pospolitego;
- Rezerwat "Lipowiec"- rezerwat leśny, pow. 12,44 ha, gmina Babice, ochrona fragmentu buczyny karpackiej;
- Rezerwat "Bukowica"- rezerwat leśny, pow. 22,76 ha, gmina Babice, ochrona buczyny karpackiej, liczne gatunki chronione flory
- Rezerwat "Ostra Góra"- rezerwat leśny, pow. 7, 22 ha, gmina Trzebinia, ochrona fragmentów buczyny karpackiej;
- Rezerwat "Kornuty"- rezerwat krajobrazowy, pow. 11,90 ha, gmina Sękowa, ochrona: form skałkowych, naturalnego lasu mieszanego, reliktów roślinnych, entomofauny;
- Rezerwat "Jelenia Góra"- rezerwat leśny, pow. 12, 97 ha, gmina Gorlice, ochrona jaworzyny górskiej z języcznikiem zwyczajnym;
- Rezerwat "Panieńskie Skały"- rezerwat krajobrazowy, pow. 6,41 ha, gmina Kraków, ochrona: wąwozu jurajskiego, naturalnego lasu bukowego i gradowego;
- Rezerwat "Bielańskie Skałki"- rezerwat leśny, pow. 1,73 ha, gmina Kraków, ochrona spontanicznych procesów sukcesji biocenoz leśnych;
- Rezerwat "Przegorzalskie Skałki"- rezerwat florystyczny, pow. 1,38 ha, gmina Kraków, ochrona muraw kserotermicznych i stanowiska wątrobowca;
- Rezerwat "Skołczanka"- rezerwat stepowy, pow. 36,77 ha, gmina Kraków, ochrona muraw kserotermicznych, wzgórz zrębowych;
- Rezerwat "Bonarka"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 2,29 ha, gmina Kraków, ochrona utworów jurajskich, kredowych, trzeciorzędowych;
- Rezerwat "Kajasówka"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 11,83 ha, gmina Czernichów, ochrona zrębu tektonicznego i muraw kserotermicznych;
- Rezerwat "Dolina Szklarki"- rezerwat leśny, pow. 46,69 ha, gmina Jerzmanowice- Przeginia, ochrona buczyny karpackiej i grądu wysokiego;
- Rezerwat "Dolina Racławki"- rezerwat leśny, pow. 473,92 ha, gmina Krzeszowice Zabierzów, ochrona lasu bukowego, doliny rzeki ze skałami jurajskimi, roślinności naskalnej;
- Rezerwat "Dolina Eliaszówki"- rezerwat leśny, pow. 109,57 ha, gmina Krzeszowice, ochrona buczyny karpackiej, grądu, łęgu olszowo-jesionowego;
- Rezerwat "Dolina Potoku Rudno"- rezerwat leśny, pow. 95,94 ha, gminy: Krzeszowice, Czernichów, Alwernia, ochrona łęgu olszowego, starego kamieniołomu;
- Rezerwat "Dolina Mnikowska"- rezerwat krajobrazowy, pow. 20,89 ha, gmina Liszki, ochrona wąwozu skalnego;
- Rezerwat "Cieszynianka"- rezerwat florystyczny, pow. 10,73 ha, gmina Mogilany, ochrona grądu i stanowiska cieszynianki wiosennej;
- Rezerwat "Kozie Kąty"- rezerwat leśny, pow. 24, 21 ha, gmina Skawina, ochrona ekosystemów leśnych;
- Rezerwat "Zimny Dół"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 2,22 ha, gmina Liszki, ochrona form skalnych i bluszczu pospolitego;
- Rezerwat "Dolina Kluczwody"- rezerwat leśny, pow. 35,22 ha, gmina Zabierzów, ochrona lasu grądowego i muraw kserotermicznych;
- Rezerwat "Wąwóz Bolechowicki"- rezerwat krajobrazowy, pow. 22,44 ha, gmina Zabierzów, ochrona doliny przełomowej potoku, skał jurajskich i zbiorowisk nieleśnych;
- Rezerwat "Skała Kmity"- rezerwat krajobrazowy, pow. 19, 36 ha, gmina Zabierzów, ochrona przełomu rzeki i zespołów grądowych;
- Rezerwat "Kostrza"- rezerwat leśny, pow. 38,56 ha, gminy: Jodłownik, Limanowa, ochrona starodrzewu buczyny karpackiej i jaworzyny górskiej, stanowiska języcznika zwyczajnego;
- Rezerwat "Śnieżnica"- rezerwat leśny, pow. 8,57 ha, gmina Dobra, ochrona pierwotnego lasu bukowego;
- Rezerwat "Luboń Wielki"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 11,80 ha, gmina Mszana Dolna, ochrona osuwiska fliszowego;
- Rezerwat "Kępie na Wyżynie Miechowskiej"- rezerwat leśny, pow. 40,51 ha, gmina Kozłów, ochrona lasu grądowego
- Rezerwat "Biała Góra"- rezerwat stepowy, pow. 11,25 ha, gmina Kozłów, ochrona roślinności stepowej;
- Rezerwat "Lipny Dół koło Książa Wielkiego"- rezerwat leśny, pow. 20,23 ha, gmina Książ Wielki, ochrona lasu grądowego;
- Rezerwat "Kwiatówka"- rezerwat leśny, pow. 11,25 ha, gmina Książ Wielki, ochrona zespołu dąbrowy świetlistej;
- Rezerwat "Złota Góra"- rezerwat stepowy, pow. 4,40 ha, gmina Miechów, ochrona murawy kserotermicznego;
- Rezerwat "Opalonki"- rezerwat stepowy, pow. 2,23 ha, gmina Racławice, ochrona muraw kserotermicznych;
- Rezerwat "Dąbie"- rezerwat stepowy, pow. 2,61 ha, gmina Racławice, ochrona muraw kserotermicznych;
- Rezerwat "Sterczów- Ścianka"- rezerwat stepowy, pow. 3,04 ha, gmina Racławice, ochrona muraw kserotermicznych;
- Rezerwat "Wały"- rezerwat florystyczny, pow. 5,81 ha, gmina Racławice, ochrona roślinności stepowej i stanowiska dziewięćsiła popłocholistnego;
- Rezerwat "Zamczysko nad Rabą"- rezerwat krajobrazowy, pow. 1,35 ha, gmina Myślenice, ochrona lasu mieszanego z ruinami zamku;
- Rezerwat "Na Policy"- rezerwat leśny, pow. 13,21 ha, gmina Myślenice, ochrona górnoreglowego boru świerkowego i zwierzyny;
- Rezerwat " Las Gościbia"- rezerwat leśny, pow. 282,46 ha, gmina Sułkowice, ochrona ekosystemów leśnych nad źródliskowym potokiem górskim;
- Rezerwat "Okopy Konfederackie"- rezerwat krajobrazowy, pow. 2,62 ha, gmina Krynica, ochrona okopów wzniesionych przez Konfederatów Barskich;
- Rezerwat "Cisy w Mogilnie"- rezerwat leśny, pow. 35,67 ha, gmina Korzenna, ochrona buczyny karpackiej i stanowiska cisa;
- Rezerwat "Białowodzka Góra nad Dunajcem"- rezerwat leśny, pow. 67,69 ha, gmina Łososina Dolna, ochrona buczyny karpackiej, grądu i roślinności naskalnej;
- Rezerwat "Diable Skały"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 16,07 ha, gmina Korzenna, ochrona grup skalnych piaskowca ciężkowickiego i jaskini szczelinowej;
- Rezerwat "Barnowiec"- rezerwat leśny, pow. 44,57 ha, gmina Łabowa, ochrona lasu regla dolnego
- Rezerwat "Łabowiec"- rezerwat leśny, pow. 53,85 ha, gmina Łabowa, ochrona lasu regla dolnego
- Rezerwat "Łosie im. Prof. Czai"- rezerwat leśny, pow. 2,13 ha, gmina Łabowa, ochrona lasu regla dolnego
- Rezerwat "Uchryń"- rezerwat leśny, pow. 11,57 ha, gmina Łabowa, ochrona pierwotnego lasu bukowo-jodłowego;
- Rezerwat "Żebracze"- rezerwat leśny, pow. 44,67 ha, gmina Muszyna, ochrona buczyny karpackiej
- Rezerwat "Las Lipowy Obrożyska"- rezerwat leśny, pow. 98,67 ha, gmina Muszyna, ochrona pierwotnego lasu modrzewiowo- lipowy;
- Rezerwat "Hajnik"- rezerwat leśny, pow. 16,63 ha, gmina Muszyna, ochrona jodłowej puszczy karpackiej;
- Rezerwat "Baniska"- rezerwat leśny, pow. 55,52 ha, gmina Rytro, ochrona drzewostanów jodłowo- bukowych
- Rezerwat "Lembarczek"- rezerwat leśny, pow. 47,16 ha, gmina Piwniczna, ochrona drzewostanów jodłowo- bukowych
- Rezerwat "Wierchomla"- rezerwat leśny, pow. 25,37 ha, gmina Piwniczna, ochrona drzewostanów jodłowo- bukowych;
- Rezerwat "Modrzewie"- rezerwat leśny, pow. 10,43 ha, gmina Czorsztyn, ochrona drzewostanu modrzewiowego;
- Rezerwat "Niebieska Dolina"- rezerwat leśny, pow. 22,03 ha, gmina Łapsze Niżne, ochrona buczyny karpackiej;
- Rezerwat "Bembeńskie"- rezerwat leśny, pow. 38,14 ha, gmina Jabłonka, ochrona świerszczyny bagiennej i olszy, gatunków ziołoroślowych;
- Rezerwat "Skałka Rogoźnicka"- rezerwat przyrody nieożywionej, pow. 0,26 ha, gmina Nowy Targ, ochrona skały wapiennej;
- Rezerwat "Bór nad Czerwonem"- rezerwat torfowiskowy, pow. 114,66 ha, gmina Nowy Targ, ochrona torfowiska wysokiego;
- Rezerwat "Przełom Białki pod Krempachami"- rezerwat krajobrazowy, pow. 8,51 ha, gmina Nowy Targ, ochrona przełomu rzeki Białki z reliktowym borem sosnowym;
- Rezerwat "Kłodne nad Dunajcem"- rezerwat krajobrazowy, pow. 79.51 ha, gmina Ochotnica Dolna, ochrona przełomu Dunajca z buczyną karpacką;
- Rezerwat "Pusta Wielka"- rezerwat leśny, pow. 2,58 ha, gmina Ochotnica Dolna, ochrona lasu górskiego regla dolnego ze stanowiskiem reliktowym sosny;
- Rezerwat "Wąwóz Homole"- rezerwat krajobrazowy, pow. 58,64 ha, gmina Szczawnica, ochrona muraw kserotermicznych, wąwozu i zbiorowisk naskalnych, górskich;
- Rezerwat "Wysokie Skałki"- rezerwat krajobrazowy, pow. 10,91 ha, gmina Szczawnica, ochrona wąwozu i miejsc lęgowych ptaków chronionych;
- Rezerwat "Zaskalskie-Bodnarówka"- rezerwat faunistyczny, pow. 19,02 ha, gmina Szczawnica, ochrona miejsc lęgowych i wąwozu;
- Rezerwat "Biała Woda"- rezerwat krajobrazowy, pow. 33,71 ha, gmina Szczawnica, ochrona wąwozu, muraw kserotermicznych i lasu;
- Rezerwat "Nad Kotelniczym Potokiem"- rezerwat leśny, pow. 26,50 ha, gmina Szczawnica, ochrana buczyny karpackiej;
- Rezerwat "Michałowiec"- rezerwat florystyczny, pow. 12,12 ha, gmina Trzyciąż, ochrona buczyny karpackiej
- Rezerwat "Przeciszów"- rezerwat leśny, pow. 85, 13 ha, gmina Przeciszów, ochrona wielogatunkowego lasu grądowego;
- Rezerwat "Żaki"- rezerwat leśny, pow. 17,52 ha, gmina Oświęcim, ochrona starodrzewu lipowego i zespołu grądowego;
- Rezerwat "Na Policy im. Z. Klemensiewicza"- rezerwat leśny, pow. 58,73 ha, gmina Zawoja i Jordanów, ochrona boru świerkowego
- Rezerwat "Debrza"- rezerwat leśny, pow. 9,50 ha, gmina Tarnów, ochrona grądu subkontynentalnego;
- Rezerwat "Skamieniałe Miasto"- rezerwat krajobrazowy, pow. 15,01 ha, gmina Ciężkowice, ochrona skał z piaskowca ciężkowickiego;
- Rezerwat "Styr"- rezerwat leśny, pow. 97, 83 ha, gmina Zakiczyn, ochrona naturalnego zbiorowisk leśnych Pogórza;
- Rezerwat "Lasy Rydłowskie"- rezerwat forystyczny, pow. 30,99 ha, gmina Wierzchosławice
- Rezerwat "Panieńska Góra"- rezerwat leśny, pow. 63, 23 ha, gmina Wojnicz, ochrona storczyków;
- Rezerwat "Madohora"- rezerwat leśny, pow. 71,81 ha, gmina Andrychów, ochrona zespołu regla dolnego;
- Rezerwat "Groty Kryształowe"- rezerwat geologiczny, pow. 1,04 ha, gmina Wieliczka;
- Rezerwat "Długosz królewski"- rezerwat florystyczny, pow. 24,20 ha, gmina Kłaj, ochrona długosza królewskiego;
- Rezerwat "Gibiel"- rezerwat leśny, pow. 28,51 ha, gmina Kłaj, ochrona lasu pierwotnego;
- Rezerwat "Koło"- rezerwat leśny, pow. 3,13 ha, Niepołomice, ochrona grądu.
