Bach jest kompozytorem muzyki wokalnej, wokalno- instrumentalnej i instrumentalnej. Wśród jego kompozycji na wyróżnienie zasługują:
KOMPOZYCJE WOKALNO INSTRUMENTALNE:
Około 220 kantat kościelnych i świeckich, m.in.:
- "Aus der Tiefe rufe ich",
- "Herr, zu Dir" (1707),
- "Gottes Zeit ist die allerbeste Zeit",
- "Was mir behagt" (1713),
- "Weinen, Klagen",
- "Sorgen, Zagen" (1714),
- "Ich hatte viel Bekümmernis" (ok. 1714),
- "Nun komm, der Heiden Heiland" (1714),
- "Magnificat" (1723),
- "Gelobet seist du, Jesu Christ" (1724),
- "Aus tiefer Not schrei' ich zu Dir" (1724),
- "Christ unser Herr zum Jordan kam" (1724),
- "Wie schön leuchtet der Morgenstern" (1725),
- "Wachet auf, ruft uns die Stimme" (1731),
- "Schweigt stille, plaudert nicht" - tzw. Kantata o kawie (ok. 1734-1735),
- "Mer hahn en neue Oberkeet" - tzw. Kantata chłopska (1742);
Pasje:
- "Pasja wg św. Jana" (1724),
- "Pasja wg św. Mateusza" (1727 lub 1729),
- fragment "Pasji wg św. Marka" (1731).
Msze:
- Msza h-moll (1733),
- małe Msze luterańskie.
Oratoria:
- "Weihnachts- Oratorium" (1734),
- "Himmelfahrts- Oratorium" (ok. 1735),
- "Oster-Oratorium" (1732-1735).
W skład tej grupy wchodzą też: motety, pieśni, arie, chorały wokalne.
KOMPOZYCJE INSTRUMENTALNE
Koncerty:
- koncerty, m.in. 6 Koncertów brandenburskich (1708-1721);
- koncerty skrzypcowe;
- koncerty klawesynowe;
- Koncert potrójny a-moll na flet, skrzypce, klawesyn i orkiestrę (ok. 1730);
- Koncert włoski na klawesyn solo (1734).
Sonaty:
- sonaty na skrzypce i klawesyn;
- sonaty na skrzypce i basso continuo;
- sonaty i partity na skrzypce solo;
- sonaty na flet i klawesyn;
- sonaty na flet i basso continuo.
Chorały organowe, m.in. w zbiorach:
- "Orgelbüchlein" (ok. 1708-1723),
- "Dritter Teil der Klavierübung" (wydany 1739).
Suity:
- Suity angielskie na klawesyn (1722);
- Suity francuskie na klawesyn (1722);
- suity na wiolonczelę solo.
Inne:
- wariacje organowe;
- preludia organowe;
- fantazje organowe;
- toccaty organowe;
- fugi organowe;
- sonaty organowe;
- małe preludia na klawesyn (ok. 1720);
- 48 preludiów i fug w zbiorze "Das wohltemperierte Klavier" (1744);
- wariacje klawesynowe;
- fantazje klawesynowe;
- inwencje klawesynowe;
- duety klawesynowe;
- toccaty klawesynowe;
- fugi klawesynowe;
- sonaty klawesynowe;
- partity klawesynowe;
- utwory lutniowe;
- "Musikalisches Opfer" na różne instrumenty (1747);
- "Kunst der Fuge" na różne instrumenty (1749-1750);
- uwertury orkiestrowe.