Początek XIV wieku był zwiastunek nadchodzącego kryzysu w państwie kościelnym. Bo za takie można uznać strukturę organizacyjna kościoła średniowiecznego o potężnych wpływach w całej europie. Zapoczątkował go spor pomiędzy cesarzem Fryderykiem Barbarossa a papieżem Innocentym III, w którego efekcie papież skazany był na zmianę swojej siedziby z rzymskiej na Awinion we Francji. Kryzys ten stal się przyczyna zmian i zapoczątkował reformy w otoczeniu papieża, zwłaszcza wobec zaistniałej schizmy, wielkiego podziału w kościele, który miał miejsce na przełomie lat 1378-1449. Do tego dochodziły jeszcze ruchy heretyków, które zyskiwały na popularności, osłabiając pozycje kościoła. Sam konflikt zainicjował w XII wieku nowy cesarz niemiecki Fryderyk Barbarossa, który wspólnie ze swoimi zaufanymi sługami w tym jego prawa ręka kanclerzem Rejnoldem z Dassed, próbował podważyć autorytet papieża w owym czasie. Stworzyli oni wykładnie prawa rzymskiego, na mocy, której to cesarz niemiecki miał być pierwszy po Bogu a jego władza miałaby być wyższa, nadrzędną względem papieża. Jednak śmierć cesarza, pozostawia nierozwiązaną kwestie zwierzchnictwa władzy, po śmierci Barbarossy w Niemczech toczą się wewnętrzne walki o władzę.
Czas chaosu w Niemczech wykorzystuje papież Innocenty III, by odbudować pozycje kościoła i samego papieża w Europie. Papież wymagał od innych państw złożenia mu czci, co było równoznaczne ze jego władza jest wyżej niż cesarza niemieckiego, takie zapytanie wystosowano m.in. do polski, która uznała zwierzchnictwo głowy kościoła. Ponadto Innocenty III stworzył teokratyczny program władzy papieża, nazywając siebie namiestnikiem Chrystusa na ziemi. Wydarzenia z XIII i XIV wieku zmieniają sytuacje polityczna w europie, miejsce dotychczas dominującego cesarstwa niemieckiego zajmuje Francja. Lecz nie zmieniło to dążenia obu nowych władców do walki o władzę zwierzchnia. Król francuski Filip IV Piękny dążył do zwierzchnictwa nad papieżem Bonifacym VIII, w walce tej król Francji uderzył w duchowieństwo francuskie nakładając na nie wysokie podatki i wstrzymując przekazywanie funduszy z kościoła francuskiego na rzecz stolicy apostolskiej. W 1302 roku dzięki poparciu dla swojej polityki przez zgromadzenie reprezentantów, a także zmianie na tronie w Niemczech, gdzie nowym cesarzem został Klemens V, król francuski mógł poczuć się zwycięzcą w sporze z papieżem.
Efektem tej polityki było przeniesienie siedziby papieża z Rzymu do Awinion, co powoduje pewne uzależnienie się władzy kościelnej od królów francuskich. Kościół przezywa jeden z trudniejszych okresów w swych dziejach, jest gnębiony wysokimi podatkami, odbieraniem przywilejów politycznych, a ponadto traci autorytet ideologiczny. Kościół podjął się reform we własnym otoczeniu, strukturze, reformowano kurie rzymska, której odnawianie zapoczątkowały tzw. Reformy gregoriańskie. Stworzono instytucje inkwizycji do walki z wszelkimi heretykami. Zmianie uległa administracja kościelna, zaostrzono nadzór nad zbieraniem finansów.
Powolna odbudowa struktur i siły kościoła, doprowadza do podjęcia ryzykownej decyzji przez papieża Grzegorza XI, mianowicie namawiany przez mistyczkę Katarzynę decyduje powrócić się do Rzymu w 1378 roku. Jednak po jego śmierci, kościół zostaje podzielony, dochodzi do podziału wśród kolegium biskupów, które ma wybrać następcę Grzegorza XI, część z nich pozostanie w Rzymie a część z nich powróci do Awinion, okres nazwany był jako wielka schizma zachodnia. Mimo licznych prób rozwiązania pasowej sytuacji, miedzy innymi chciano konklawe przenieść do Pizzy, nie udało się wykreować sensownego rozwiązania z sytuacji, sprawa zajął się sobór. Jednak kościołowi zagrażały nie tylko wewnętrzne spory, ale już wkrótce miał walczyć z nowymi ruchami reformacji i ruchami heretyków, które będą atakować kościół i jego naukę. Do najbardziej znanych ruchów heretyckich tego okresu należeli husyci, którzy głosili sprzeciw wobec bogactw i majątków kościelnych, inna grypa byli anglikanie, którzy uważali ze podstawowym źródłem wiary jest pismo święte.
