Zatoka Gdańska to obszar w Polsce szczególnie narażony na zanieczyszczenia z kilku powodów. Jest ona częścią zlewni Morza Bałtyckiego, które z kolei jest morzem płytkim, szelfowym, niedużym i przede wszystkim jest prawie pozbawione możliwości wymiany wód z oceanami gdyż jest morzem prawie zamkniętym. W związku z tym, substancje które dostaną się do zatoki zalegają w niej b. długo.
Substancje toksyczne i szkodliwe kumulują się w organizmach zamieszkujących wody morskie, a także w wodzie i podłożu. Często zakres tolerancji tych organizmów na stężenie zanieczyszczeń zostaje przekroczony, co prowadzi do ich zamierania i tym samym do zmniejszenia ilości i różnorodności gatunkowej. Równie dużym problemem są ścieki i zanieczyszczenia doprowadzane do zatoki przez zamieszkujących ten obszar ludzi. Z obszarów graniczących z zatoką spływają ogromne ilości azotu, szacowane w tonach. Od lat sześćdziesiątych XX wieku, ilość miocenów doprowadzanych do wód zatoki w zimie wzrosła trzykrotnie. Przeważająca ilość substancji azotowych które trafiają do zatoki, pochodzi z rolnictwa. Poza tym związki azotowe spływają do zlewni bałtyckiej ze ściekami bytowymi dużych miast. Często są to ścieki nie poddane żadne j obróbce w oczyszczalniach. Innym źródłem zanieczyszczeń w zatoce są odpady.
Zakłady przemysłowe, elektrownie i silniki spalinowe również emitują ogromne ilości zanieczyszczeń, zwłaszcza ciężkich. Są to skażenia PCB oraz DDT, chociaż wskutek wycofania tych substancji z użycia ich stężenie w środowisku znacznie spadło. Innym źródłem trujących substancji są farby którymi malowane są łodzie. Jak wiadomo, farby zawierają różnego rodzaju metale ciężkie, stanowiące odrębny problem w zanieczyszczeniu Zatoki Gdańskiej. Do wód zatoki wraz z zanieczyszczeniami trafiają metale ciężkie różnego rodzaju, jednak do szczególnie niebezpiecznych należą: rtęć, ołów, kadm, cynk, miedź, chrom i nikiel. Metale ciężkie kumulują się w organizmach ryb, zwłaszcza w tkance tłuszczowej. Niekiedy ich stężenie jest tak duże że uniemożliwia połowy i gospodarkę rybacką.
Do zanieczyszczeń Zatoki Gdańskiej należą jeszcze różnego rodzaju związki ropopochodne, naftowe, które trafiają tu jako resztki po płukaniu zbiorników. Pogłębia się także zanieczyszczenie na plażach, a jego rozmiary mogą obejmować nawet kilkanaście km linii brzegowej.
W ściekach komunalnych, bytowo-gospodarczych i rolniczych znajduje się bardzo niebezpieczna przede wszystkim dla człowieka flora bakteryjna, która może stanowić źródło wielu trudnych do wyleczenia i infekcji.
Najczęściej wraz ze ściekami do wód Morza Bałtyckiego dostają się bakterie z układu pokarmowego, oddechowego, oraz nerek i układu moczowego. Wirusy w wodzie morskiej mają dłuższą żywotność i możliwości chorobotwórcze od bakterii. Są to np. wirusy Heinego-Mediny, czy wirusy przewodu pokarmowego wywołujące nieżyty jelitowe. Wirusy i bakterie chorobotwórcze, które dostaną się do wody Zatoki Gdańskiej pozostają tam jakiś czas dopóki nie wyginą, a ich obecność oraz ich ilość decyduje o stanie sanitarnym kąpielisk. Często z powodu takich zanieczyszczeń są one zamykane albo nawet poddawane likwidacji.
W czasach, gdy rozwój przemysłu przetwórczego i wydobywczego był na niższym poziomie rozwoju, a liczb a ludności mniejsza, mniejsza też była eksploatacja plaż nadbałtyckich. Było ich mniej, nie były tak zatłoczone jak dzisiaj, przez co było tam przyjemniej, a takie warunki sprzyjały wypoczynkowi ludzi oraz środowisku naturalnemu. Szybki rozwój przemysłu i miast pociągnęły za sobą zmasowany napływ ludności i wszystkie te czynniki doprowadziły da zanieczyszczenia wód Zatoki Gdańskiej. Gdyby nie przedsięwzięto odpowiednich kroków prowadzących do zmniejszenia emisji szkodliwych zanieczyszczeń oraz do poprawy stanu środowiska naturalnego Bałtyku, to regeneracja obszaru Zatoki Gdańskiej mogłaby trwać przez wiele setek lat.
