Protokooperacja to jeden z rodzajów interakcji międzygatunkowych polegający na współżyciu dwóch gatunków, które odnoszą obustronne korzyści. Oba gatunki żyjąc ze sobą w symbiozie zwiększają swoje dostosowanie do środowiska, ale nie jest to warunek konieczny do przeżycia. Dzięki współpracy zwiększają własne szanse na przeżycie i rozmnażanie się.
Uczniowie często mylą protokooperację z mutualizmem. W związku mutualistycznym jeden gatunek jest zależny od drugiego i nie jest w stanie bez niego żyć, natomiast w protokooperacji oba gatunki nie są od siebie uzależnione. Potrafią prawidłowo funkcjonować bez siebie.
Przykładem protokooperacji jest symbioza nosorożca i bąkojada. Bąkojad wyjada ze skóry nosorożca larwy much. Dzięki temu ma zapewniony pokarm natomiast nosorożec, nie tylko pozbywa się pasożytów, ale również ostrzegany jest przed niebezpieczeństwem. Ptak alarmuje go w chwili zagrożenia. Oba gatunki są w stanie poradzić sobie same.
Tego rodzaju współpraca między organizmami występuje również u raka pustelnika i ukwiała. Skorupiak ten charakteryzuje się tym, że posiada miękki odwłok. W ciągu życia zajmuje porzucone muszle ślimaków i tam się chroni. Muszla zastępuje mu pancerz, a dodatkową ochronę dla niego stanowi ukwiał, który bardzo często żyje z nim w symbiozie, przytwierdzony do muszli. Dzięki temu rak chroniony jest przez parzydełka tego koralowca, a ukwiał nie tylko ma możliwość przemieszczania się po morskim dnie, ale zwiększa swoje szanse na zdobycie pokarmu.
