Trawienie jest to enzymatyczny rozkład wielkocząsteczkowych substancji pokarmowych na substancje drobnoczasteczkowe rozpuszczalne w odzie i wchłaniane przez błonę komórkową. Trawienie odbywa się poza obrębem wewnętrznego środowiska organizmu. Niestrawione resztki nie są produktami przemiany materii, bo nigdy w niej nie uczestniczyły, nigdy nie weszły do wnętrza środowiska organizmu. Trawienie białek rozpoczyna się w żołądku pod wpływem enzymów proteolitycznych, do których należy pepsyna. Następnie kontynuowane są w dwunastnicy pod wpływem enzymów wydzielanych z sokiem trzustkowym np. Trypsyna i chymoptrypsyna. Tylko u ssaków występuje enzym renina, w przemyśle serowarskim zwana podpuszką, zamienia ona kazeiną na nierozpuszczalny parakazeinian wapnia. Występuje ona u osobników młodych i dzięki niej mleko zamieniane jest na ser i organizm korzysta z dużej ilości wapnia.
Węglowodany trawione są pod wpływem enzymów amylolitycznych, które rozrywają wiązania glikozydowe. Wielocukry trawione są w jamie ustnej pod wpływem amylazy ślinowej, następnie w dwunastnicy pod wpływem amylaz wytwarzanych przez trzustkę. Pod wpływem enzymów soku jelitowego następuje ostateczny rozkład polisacharydów. Powstałe dwucukry są rozkładane na cukry proste monosacharydy pod wpływem disacharydaz. Zwierzęta i ludzie nie mają enzymu do trawienia celulozy. Celulozę umieją tylko trawić niektóre bakterie i pierwotniaki. Najdoskonalsi roślinożercy- przeżuwacze weszły w oryginalną symbiozę z bakteriami i pierwotniakami. Celulozę mogą także trawić termity.
Trawienie tłuszczów zachodzi pod wpływem enzymów lipolitycznych są to lipazy produkowane prze trzustkę i wraz z sokiem trzustkowym przedostają się do dwunastnicy. Trawienie tłuszczów zachodzi w dwunastnicy i jelicie cienkim. Rozrywane są wiązania estrowe. Tłuszcze nie rozpuszczają się w wodzie, natomiast lipazy są rozpuszczalne, przed działaniem lipa potrzebna jest obecność kwasów żółciowych produkowanych w wątrobie gromadzonych w woreczku żółciowym i wydzielanych do dwunastnicy. Żółć obniża napięcie powierzchniowe między tłuszczami a roztworem wodnym, jest naturalnym detergentem. Tłuszcz pod wpływem działania żółci przechodzi w emulsje, dzięki czemu zwiększa się jego powierzchnia wystawiona na działanie lipaz.
Trawienie kwasów nukleinowych
Trawione są przy pomocy enzymów zwanych nukleazami do nukleotydów. Rozrywane jest wiązanie fosfodwuestrowe.