Ekosystem - ekologiczny układ obejmujący organizmy żywe i nieożywione środowisko (biocenoza oraz jej biotop), w ramach którego zachodzi przepływ energii i obieg materii.
W ekosystemach tworzonych przez jeziora światło stanowi pierwszą zmienną która wpływa na pierwotną produkcje, a głębokość, na którą światło dociera w jeziorze stanowi zmienną podstawową która wpływa na zakres strefy, na obszarze zachodzi pierwotna produkcja. Woda pobiera bardzo silnie słoneczne promieniowanie. Połowa słonecznego promieniowania pochłaniana jest przez pierwszy metr wody a w tym całość promieniowania podczerwonego. W wodnych ekosystemach, intensywnością oświetlenia jest powiązana temperatura, jest ona do oceny trudna jako czynnik. Ogromna różnorodność jezior jest związana z rozmaitością ograniczających potencjalnych czynników. Roślina do wzrostu potrzebuje określonych pierwiastków. Badania dawniejsze wskazywały, iż głównymi ograniczającymi pierwiastkami w śródlądowych wodach są fosfor i azot. Jeziora, które zdominowane zostały przez zielenice i okrzemki, uległy zamianie w takie, na obszarze których główny składnik stanowią sinice. Ten proces nazywany jest eutrofizacją. Za ograniczający wytwarzanie fitoplanktonu czynnik w większej części jezior obecnie jest uważany fosfor. Fizyczne czynniki, takie jak wymiana gazowa i ruch wody, jak wydaje się, regulują stopień dostępności CO2, rzadko on staje się dla glonów ograniczającym czynnikiem.
Przybrzeżna czyli litoralna strefa - jej początek jest od ściany zwartej szuwarów. Jest to najczęściej łan trzciny, tataraku, pałki, jeziornego sitowia, zwanego jeziornym oczeretem. Po powierzchni źdźbeł należących do szuwarów nad wodą pełzają lądowe, choć wilgociolubne, ślimaki - tzw. bursztynki, a także zróżnicowane gatunki myszy oraz innych ssaków drobnych. Za pasem tworzonym przez szuwary, na wodzie głębszej rozciąga się obszar długich roślin mających ogonki z kłącza , rozrastającego się na dnie w mule. W oddaleniu od brzegu rozciągają się podwodne łąki rdestnic, ramienic kruchych które przypominają kształtem skrzypy, rogatka twardego, miękkiego wywłócznika, jak i najlepiej znanej i wszędobylskiej moczarki. Na roślinach występuje śliski, ciemnozielony nalot. Pod mikroskopem jedynie widać, iż to są glony , pierwotniaki, bakterie, wiele zwierząt mikroskopijnie małych, głównie wrotków i nicieni. Po powierzchni tych roślin pełzają różnego rodzaju gatunki pijawek, drapieżniki groźne - wypławki. Można tu spotkać larwy świtezianek, chruścików i ważek. Wśród roślin żeruje wiele ryb: leszcz, płoć, okoń oraz lin.
Wśród roślin przybrzeżnej strefy koncentruje się także życie ptaków, perkozy łyski. W jeziorach woda jest przejrzysta mało, przez co zahamowany jest dostęp światła, którego brak powoduje iż nie możliwe jest życie roślin. Na głębokości paru metrów następuje koniec zanurzonych roślin, jest to za granicą przybrzeżnej strony. W bardzo dużych oraz głębokich jeziorach litoralna strefa jest niewielka względem całości ich obszaru.
Środowisko otwartej wodnej toni, pelagiczna strefa - do strefy tej należy fitoplankton, przede wszystkim zielenice i okrzemki , eugleny i bruzdnice. Zooplankton ,czyli zwierzęcy plankton złożony jest w całości w zasadzie z wrotków oraz skorupiaków najdrobniejszych - widłonogów i wioślarek. Gatunków pelagicznych typowo jest niewiele . Tylko właściwie stynka, ukleja a także drapieżny sandacz .
Strefa głębszych wód, czyli profundalna - granica górna tej strefy wyznaczona jest przez dostępność światła . Jej początek jest tam, dokąd dociera za mało światła, by rozwijać się mogły rośliny oraz by rozwijać się mógł fitoplankton .W głębszych wodach odróżnić należy dwa środowiska w którym bytują zwierzęta. W pelagicznym środowisku spotkać można zwierzęcy plankton ,a w czystych głębokich jeziorach sieję i sielawę. Denne środowisko zasiedlone jest przez zespół, jest określone bentosem. Dno zawierające duże ilości martwej organicznej materii jest muliste. Występują tam tubifeksy, są to miniaturki dżdżownic, groszówki - małże i larwy ochotek. Zwierzęta te znaleźć można również na dnie przybrzeżnej strefy .
Przekrój przez strefę jeziornego litoralu
Podczas jesiennej oraz wiosennej cyrkulacji głębinowe i powierzchniowe warstwy jeziora głębokiego naszej klimatycznej strefy całkowicie mieszają się ze sobą.
Rzeki.
Nieustanny ruch wody płynącej wywołuje jej mieszanie oraz napowietrzenie . Woda zawsze jest dobrze natleniona , zawartość biogenów i temperatura wszędzie jest identyczna. Przy dnie nawet nie występuje wytwarzanie siarkowodoru czy brak tlenu. W biegu górnym górskich wód woda jest czysta, chłodna i silnie natleniona, w niej żyją pstrągi, łososie przybywają z morza. Występują także liczne bezkręgowce: wielooczka rogata i wypławek alpejski. W biegu dolnym rzek ich życie jest podobne do życia jezior. Rzeki stanowią czynnik kształtujący krajobraz, powodują podcinanie brzegów w urwiska malownicze, z gruntu zabranego usypują wyspy w korycie, na których rozpoczyna się niezwłocznie sukcesja. Ona nie doprowadza do powstania zrównoważonego ekosystemu, ponieważ zanim stanie się to, rzeka powoduje zniszczenie wyspy a usypuje gdzieś nową.
Potoki i rzeki są ekosystemami płynących wód.
Rzeczny ekosystem ulega zmianom drastycznym od źródeł jego aż do ujścia. Każdy potok jest płytki i wąski, a woda jego bardzo zimna i natleniona bardzo dobrze. Rzeka w biegu dolnym staje się głęboka i szeroka, wody jej są ciepłe i odtlenione. Mieszkańcy potoków bystrych charakteryzują się odpowiednimi przystosowaniami które służą do tego by przeciwstawić się siłom wody szybko płynącej. To mogą być przyssawki najrozmaitsze które umożliwiają przylgnięcie do kamieni omywanych prądem, także ciała silne spłaszczenie które umożliwiają wejście pod kamienie. Żyjące w rzekach wolno płynących organizmy nie potrzebują takich adaptacji, chociaż większa część gatunków zachowuje swoje kształty aerodynamiczne ciała ułatwiające ruch w wodnym środowisku. W biegu dolnym rzeki grupy organizmów ulegają upodobnieniu do tych, które spotyka się w stawach i jeziorach. Obecność prądu to nie jedyna cecha odróżniająca rzeczne ekosystemy od ekosystemów stojących wód. Cechą drugą jest "cudzożywność" rzecznych ekosystemów, w których pierwotna produkcja jest niewielka, lecz jest duża ilość organicznej materii. W potokach bystrych nawet 99% energii która wykorzystywana jest przez heterotroficzne organizmy z zewnątrz dopływa w formie zwiewanych poprzez wiatr liści oraz szczątków organicznych z lądu spłukiwanych. Autotroficzne organizmy występują w biegu niższym rzeki, a heterotroficzne organizmy korzystają z pierwotnej produkcji "własnego" ekosystemu.
