Datę urodzin Hypatii szacuje się około 370 r. Była córką matematyka, astronoma i filozofa Teona z Aleksandrii. Chociaż nie wiemy tego na pewno, można się spodziewać, że była uczona przez ojca, który chciał aby miała dobre wykształcenie. Pomagała mu również w pisaniu i wykładach z matematyki i filozofii, które ściśle się ze sobą wiązały w greckiej tradycji. W późniejszym okresie Hypatia studiowała astronomię, matematykę, sztukę i filozofię. Dużo podróżowała oraz wykładała w szkołach, miała również swoich uczniów. Była głównym myślicielem neapolitańskim w Aleksandrii oraz wybitnym nauczycielem filozofii. Była znana i szanowana w szerokich kręgach a wielu wybitnych sędziów i przywódców politycznych zasięgało u niej rady, ponieważ uważali ją za mądrą.

Hypatię pasjonowała algebra Diofantusa (z III wiek n. e.). Napisała również wiele prac z przekrojów stożka, zajęła się także filozofią i astronomią, przez co całe swoje życie oddała nauce. Nie miała męża, a o sobie sama mówiła, iż "poślubiła prawdę". Niewiele z dzieł napisanych przez Hypatię zostało do czasów obecnych. Większość prac, która się zachowała się w bibliotece w Aleksandrii, spłonęła w VII w. w pożarze.

Hypatia została pocięta muszlami ostryg przez podburzony chrześcijański tłum w marcu 415 roku. Od tego czasu jest symbolem wyklętej intelektualistki.