Francją przełomu XIII i XIV wieku rządził Filip IV Piękny, pochodzący z dynastii Kapetyngów, syn Filipa Śmiałego. Rozpoczął on tworzenie scentralizowanego państwa narodowego, domenę powiększył o Nawarrę, Szampanię i Burgundię, wzmocnił władzę królewską, zlikwidował zakon templariuszy we Francji i pomimo początkowych niepowodzeń podporządkował sobie Flandrię (atrakcyjną szczególnie ze względu na wspaniale prosperujący w niej przemysł sukienniczy). Był więc władcą prężnym i zdecydowanym, ale jego polityka była bardzo kosztowna i wymagała dużych nakładów finansowych. Król obłożył więc podatkiem dotychczas wolne od niego posiadłości kościelne. Duchowni skierowali skargę do papieża. Papież Bonifacy VIII, postępowanie króla uznał za naruszenie prerogatyw władzy duchownej i zagroził mu klątwą. W odpowiedzi Filip IV Piękny zwołał w 1302 roku do Paryża stany generalne (przedstawicieli duchowieństwa, rycerstwa i mieszczan). Zgromadzenie stanów generalnych poparło politykę króla. Filip IV Piękny uwięził więc papieża w Anagni (po trzech dniach mieszkańcy miasta go uwolnili) i w 1309 roku doprowadził do wyboru Klemensa V – pierwszego papieża doby niewoli awiniońskiej. Zamach w Anagni był w istocie kolejnym etapem walki o inwestyturę i uważa się go za koniec średniowiecznego zwierzchnictwa władzy duchownej nad władzą świecką.
Tak zwana „niewola awiniońska papieży” trwała potem przez kolejne siedem dekad (do 1377 roku). Papiestwo stało się w tym czasie bardziej strukturą administracyjną, niż ustanowionym dla wiernych Kościołem powszechnym. Rozwinęło sprawny aparat fiskalno - - podatkowy, a we wszelkich sporach posługiwało się groźbą ekskomuniki.
W tym czasie w Europie rozpętała się dyskusja, jak daleko powinna sięgać władza papieska – trzeba było określić, czy (i w jakim zakresie) papież ma sprawować władzę świecką. Debaty nad zakresem kompetencji władz duchowych i świeckich prowadzili przede wszystkim filozofowie – Wilhelm Ockham i Marsyliusz z Padwy.
Wilhelm Ockham (znany też pod imieniem Williama) był franciszkaninem i filozofem pochodzenia angielskiego. W swoich teoriach poznanie ludzkie ograniczał do stwierdzenia istnienia rzeczy doznawanych i do posługiwania się pojęciami. Głosił nieograniczoną wszechmoc Boga i negował wszelkie próby przyczynowo – skutkowego wyjaśniania rzeczywistości. Świat podzielił na dwie rzeczywistości: przyrodzoną i nadprzyrodzoną. Stwierdził, że człowiek rozumem jest w stanie ogarnąć tylko przyrodzoną część rzeczywistości (czyli świat przyrody). Rzeczywistość nadprzyrodzona, której nigdy nie da się ogarnąć rozumem, miała pozostać przedmiotem poznania teologii. Tezy te miały konsekwentne przełożenie na sprawy Kościoła i państwa - światem przyrodzonym i racjonalnym rządzi władca świecki, a światem nadprzyrodzonym – władca duchowny. Światy te nie przenikają się nawzajem, nie ma więc potrzeby, by kompetencje władzy świeckiej i duchowej miały zachodzić na siebie. W dziedzinie stosunków na linii państwo - – kościół Ockham sprzeciwiał się więc świeckiej władzy papieża i występował jako rzecznik praw cesarskich.
Podobnie wypowiadał się Marsyliusz z Padwy - włoski filozof, polityk i doradca cesarza Ludwika Bawarskiego. W swoim traktacie „Defensor pacis” ogłosił postulat rozdzielenia państwa (rządzonego przez władców, zgodnie z radami filozofów) od Kościoła, (w którym kapłani mają troszczyć się tylko o przyszłe życie wieczne, a władców ziemskich zachęcać do życia cnotliwego). Marsyliusz z Padwy, podkreślając rozdzielność i suwerenność władz duchowej i świeckiej, zakładał tylko jeden, wyjątkowych przypadek, gdy mogą one nawzajem ingerować w swoje strefy wpływów – papież, gdyby władca był tyranem, a władca, gdyby papież był heretykiem.
W Europie tego okresu trwała angielsko – francuska wojna stuletnia (1337 - 1453), wywołana dążeniami Francji do przejęcia posiadłości Plantagenetów (królów Anglii o francuskim pochodzeniu). Klęski, jakie Francja poniosła w tej wojnie (bitwy pod Crecy, Poitiers i Azincourt) zmusiły ją do ustępstw terytorialnych i do przyznania praw do tronu francuskiego Henrykowi V Lancasterowi. Osoba Joanny d’Arc i wzrost antyangielskich nastrojów patriotycznych spowodowały jednak zwrot w wojnie na korzyść Francji. Pokonana Anglia została zmuszona do wycofania się z kontynentu (utrzymała tylko Calais). Wojna stuletnia, która wyczerpała obu przeciwników, Francji przyniosła więc jednak zakończenie procesu centralizacji państwa.
Jednym z ważniejszych wydarzeń czternastowiecznej Europy była też epidemia dżumy (zwanej „czarną śmiercią”). Ogromna ilość zachorowań i ofiar śmiertelnych w zachodniej Europie spowodowała falę religijności. Ludzie skłonni byli wierzyć, że choroba jest boską karą za występne życie zarówno ludzi świeckich, jak i kleru.
Tymczasem „niewola awiniońska”, (która w istocie nie była niewolą, bo przez królów francuskich papieże do pozostania w Awinionie nie byli wcale zmuszani) przedłużała się również ze względu na sytuację panująca w Rzymie, gdzie dochodziło do bardzo ostrej rywalizacji pomiędzy rzymskimi rodami.
Dopiero w 1377 roku zdający sobie sprawę z upadku autorytetu swej władzy papież Grzegorz XI postanowił zakończyć „niewolę awiniońską” i przenieść stolicę apostolską z powrotem do Rzymu. Po śmierci Grzegorza XI (w 1378 roku) kolegium złożone z kilkunastu kardynałów na nowego papieża wybrało Urbana VI, który jednak swoim zachowaniem i nadużyciami władzy zawiódł ich zaufanie. Kardynałowie zebrali się więc ponownie w Fondi i wybrali innego papieża, z pochodzenia Francuza, który po wyborze przyjął imię Klemensa VII. Urban VI tymczasem wcale nie zamierzał rezygnować ze stanowiska. Tym samym pojawiło się równocześnie dwóch papieży i problem: który z nich jest legalny, skoro obaj zostali wybrani przez to samo zgromadzenie i według tej samej procedury. Pikanterii sprawie dodawał dogmat, w myśl którego kolegium wybiera papieża pod wpływem Ducha świętego. Skoro pierwszy wybór nie był dobry, oznaczałoby to, że Duch św. kardynałów opuścił.
Wybory papieża Urbana VI (rezydującego w Rzymie) i antypapieża Klemensa VII (mającego siedzibę w Awinionie), zapoczątkowały w Kościele tzw. „wielką schizmę zachodnią” trwającą do 1417 roku. Cała Europa podzieliła się na dwa rejony. Władzę (tzw. „obediencję”) Klemensa VII uznały: Francja, Aragonia, Neapol, Burgundia, Sabaudia, kraje iberyjskie, Cypr i Szkocja. Wiernym Rzymowi pozostały natomiast: Cesarstwo, Anglia i kraje słowiańskie.
Początkowo spór próbowano rozwiązać polubownie (nakłaniając papieży do dobrowolnego ustąpienia). Wkrótce jednak stało się jasne, że żaden z nich ustąpić nie zamierza. Co więcej – obaj mianowali swoich następców. Skutkiem tego, przez ponad trzydzieści lat w Europie istniały dwa papiestwa.
Aby zakończyć papieską dwuwładzę, w 1409 roku zwołano tzw. „sobór reformatorski” w Pizie, który orzekł o nieważności wyboru papieży: Grzegorza XII (rzymskiego) oraz Benedykta XIII (awiniońskiego) i na nowego papieża wybrał Aleksandra V. Ten ostatni jednak, nie zyskał powszechnego uznania. W 1417 roku zwołano więc sobór w Konstancji, który doprowadził do ustąpienia wszystkich trzech papieży (Grzegorza XII, Benedykta XIII i Jana XXIII - następcy Aleksandra V) i na stolicę apostolską wyniósł powszechnie uznawanego Marcina V.
Fakt zaistnienia schizmy zachodniej i sposób jej likwidacji przyniosły Europie kolejne doniosłe pytania o instytucję, która ma prawo rozstrzygać o legalności (lub nielegalności) wyboru. Problem stwarzała instytucja Soboru, który w teorii był ważny tylko jeśli został zwołany przez papieża. Zdania w tej sprawie były podzielone. Ruch koncyliarystów twierdził, że sobór może zostać zwołany również przez kolegium kardynalskie. Z kolei ruch papalistów (kurialistów) przekonywał, że sobór powinien być zwoływany przez papieża, a przez kolegium kardynalskie tylko w przypadkach zupełnie wyjątkowych.
Wkrótce zwyciężył pogląd koncyliarystyczny, wzbogacony o wskazanie, że sobór nie może być zerwany pod naciskiem z zewnątrz i że wszyscy wierni (także papieże) jego uchwałom muszą się całkowicie podporządkować. Papież Marcin V tych wskazań ani nie odrzucił, ani nie potwierdził.
Kresem ruchu soborowego był trwający w latach 1431 - 1449 sobór bazylejsko - – ferraro - florencki. Lata czterdzieste wieku XV były jednocześnie czasem umocnienia się autorytetu papieża (po doprowadzeniu do unii z Kościołem wschodnim – tzw. „unii florenckiej”).
Sobór bazylejski zwołany przez papieża Marcina V miał na celu przeprowadzenie reform, doprowadzenie do dialogu z husytami i powstrzymanie ekspansji Turków w Europie. Spór Eugeniusza IV (następcy Marcina V) z ojcami soborowymi doprowadził jednak do nowych konfliktów. Większość biorących udział w soborze duchownych ogłosiła dekret o wyższości soboru nad papieżem i dokonała wyboru ostatniego w Kościele antypapieża. Sobór bazylejski rozwiązał się jednak w roku 1449, uznając władzę zastępcy Eugeniusza IV. Dokonania tego soboru - reforma struktur kościelnych, porozumienie z husytami i unia florencka z Kościołem prawosławnym - nie przetrwały próby czasu. Ruch soborowy stał się jednak jedną z podstaw późniejszej reformacji.
