Podstawowym zadaniem układu pokarmowego jest przyjęcie pokarmu, odpowiednie go rozdrobnienie, następnie przeniesienie do odpowiednich jego odcinków w celu rozłożenia i wchłonięcia niezbędnych składników odżywczych oraz ostateczne wydalenie zbędnych pozostałości pod postacią kału. Dolegliwości związane z pracą tego układu zdarzają się często, ale te najczęstsze przeważnie są niezbyt groźne, wywołane najczęściej przejedzeniem (tzw. niestrawność), spożywaniem zbyt zimnych lub zbyt gorących potraw, a czasem brakiem tolerancji dla niektórych pokarmów. Nawet dzieci często skarżą się na dolegliwości związane z układem pokarmowym. Dzieje się tak, gdyż niejednokrotnie jedzą zbyt szybko, wartościowe posiłki zastępują słodyczami, czy objadają się późno w nocy. Istnieje jednak wiele znacznie poważniejszych zaburzeń układu pokarmowego, związanych z zaburzeniem jego czynności lub z samym przyjmowaniem pokarmu. Choroby te mogą mieć różne przyczyny (nierzadko są to: niewłaściwa dieta, brak aktywności fizycznej, stres, nałogi, nadwago). Istnieje też wiele objawów chorobowych, z których najważniejszymi są: bóle w obrębie jamy brzusznej, wymioty, nudności, zgaga, stany gorączkowe, jak również zaburzenia oddawania stolca, czy krwotoki wewnętrzne.

Choroba wrzodowa żołądka - główną przyczyną tej choroby jest zakażenie bakterią, która wywołuje nadmierną produkcję kwasu solnego. Jednak wrzody pojawiają się również w momencie, gdy pożywiamy się nieregularnie. Normalnie gruczoły żołądkowe są przyzwyczajone do wytwarzania kwasu solnego oraz odpowiednich enzymów w trakcie posiłku. Przed samostrawieniem ściany żołądka ochrania warstwa śluzowa. Jeśli jednak żołądek nie otrzymuje pokarmów na czas, kwas solny może zacząć nadtrawiać wyścielającą żołądek błonę śluzową, powodując rany. Jeżeli taki stan jest długotrwały, tkanka nabłonkowa może nie nadążyć z odbudową uszkodzonych komórek, by zasklepić ubytek. W momencie dostania się do tej nadżerki bakterii, powstaje wrzód. O chorobie wrzodowej mówi się, gdy oprócz samego występowania wrzodów pojawiają się również towarzyszące dolegliwości (m.in. ból nadbrzusza ustępujący po zjedzeniu posiłku, uczucie pieczenia i palenia). Dużo groźniejsze są jednak powikłania choroby wrzodowej, jeśli nie jest leczona. Mogą się np. pojawić zmiany nowotworowe nabłonka i rozwija się rak żołądka.

Zaburzenia czynności żołądka oraz dwunastnicy - w momencie, gdy w samej budowie narządu nie można stwierdzić żadnych zmian, czyli pod względem budowy anatomicznej jest on prawidłowy, ale mimo to dochodzi do zaburzeń czynnościowych. Taki nieprawidłowy mechanizm regulacji jego czynności nerwowo-odruchowej może być objawem tzw. nerwicy narządowej.

Żylaki przełyku - to zazwyczaj objaw wtórny. Jeżeli przepływ żylnej krwi, pochodzącej z dolnych partii ciała, przez żyłę wrotną wątroby jest utrudniony może pojawić się tam nadciśnienie. Ta sytuacja może mieć wpływ na pojawienie się żylaków w przełyku. Początkowo ich istnienie może być w ogóle nie zauważalne, ponieważ nie objawiają się zewnętrznie nawet przez długi okres czasu. Wykrycie może nastąpić przypadkowo, podczas badania radiologicznego przełyku.

Rak przełyku - to najprawdopodobniej wynik niekorzystnego wpływu środowiska oraz złych nawyków żywieniowych (tyczy się to również większości innych nowotworów). Za sprzyjające pojawieniu się raka przełyku czynniki uznać można czynniki, które sprzyjają zaleganiu w przełyku pokarmu (m.in. stan kurczowy przełyku), co powoduje chemiczne, mechaniczne oraz termiczne drażnienie błony śluzowej tej części układu pokarmowego.

Choroby jelit - bardzo często są powodowane zagnieżdżeniem się pasożytów różnych gatunków - glist ludzkich (glistnica), tasiemców (tasiemczyca), owsików (owsica) na terenie jelita grubego. Do dużych szkód układu pokarmowego przyczyniają się również bakterie, które wywołują choroby zakaźne, takie jak czerwonka bakteryjna, salmonelloza, czy dur brzuszny. Rozprzestrzeniają się one droga pokarmową, do zarażenia dochodzi po spożyciu skażonego bakteriami produktu spożywczego, po zjedzeniu wielokrotnie odgrzewanego lub niedopieczonego drobiu, mleka i jego przetworów, surowych jajek lub bazujących na nich produktów (deserów, sałatek, majonezów). Do często pojawiających się chorób jelit należą: zakaźne, nieswoiste, ograniczone lub toksyczne zapalenie jelita, zespół upośledzonego wchłaniania, nawykowe zaparcia, nowotwory oraz dotyczące jelita grubego: zapalenie wrzodziejąco-krwotoczne, nadpobudliwość, czy rak.

Choroby wątroby - narząd ten ma bardzo istotną rolę, zapewniając sprawność całego organizmu. Ma udział w syntezie oraz rozkładzie bardzo wielu substancji. Znacząco przyczynia się do procesu trawienia, wytwarzając rozkładającą tłuszcze żółć. Wątroba przyczynia się również znacząco w odtruwaniu organizmu. Jeżeli czynnościowa wydolność wątroby zostaje zakłócona, sprawność całego organizmu jest także zaburzona. Dotykające wątroby choroby można podzielić na kilka kategorii - choroby zwyrodnieniowe, zapalne, nowotworowe oraz powypadkowe uszkodzenia. Do głównych chorób wątroby zaliczyć można: stłuszczenie, marskość, ropień, toksyczne uszkodzenia, nowotwory, czy wirusowe zapalenie wątroby.

Choroby dotykające układ żółciowy - to najczęściej: kamica żółciowa, różnego typu (ostre, przewlekłe) stany zapalne atakujące pęcherzyk żółciowy oraz nowotwory.

Choroby trzustki - gruczoł ten ma w organizmie podwójną rolę. Po pierwsze wytwarza, a następnie wydziela hormony (insulinę, glukagon), a po drugie produkuje oraz wydziela sok trzustkowy do dwunastnicy, gdzie bierze on udział w procesach trawienia węglowodanów, tłuszczów oraz białek. Najczęściej pojawiającymi się chorobami trzustki są: zapalenie trzustki (ostre, przewlekłe), kamica trzustkowa, zaburzenia w produkcji hormonów, które skutkują pojawieniem się cukrzycy oraz nowotwór trzustki.

Uchyłki określonych odcinków przewodu pokarmowego - to ograniczone wpuklenia ściany danego narządu, tworzące zagłębienie (poszerzające tym samym światło narządu). Mogą one być nabyte lub wrodzone, pojedyncze bądź mnogie, posiadające średnicę wielkości kilku milimetrów, a nawet kilku centymetrów. Jeżeli takich uchyłków na terenie danego odcinka układu pokarmowego jest większa liczba, mówi się wtedy o tzw. uchyłkowatości.

Polipy określonych odcinków przewodu pokarmowego - to uszypułowane twory, które uwypuklają się w stronę światła przewodu. Mogą być wrodzone bądź nabyte (częściej), pojedyncze lub występujące gromadnie na terenie całego przewodu pokarmowego (choć niezmiernie rzadko na obszarze żołądka oraz jelita cienkiego). Przesuwająca się wzdłuż przewodu pokarmowego treść pokarmowa powoduje bezpośrednie drażnienie powierzchni lub całej masy polipa poprzez ocieranie się o niego, czy pociąganie szypuły.