Jakość polskich wód zależy od wielu czynników. Najważniejszymi z nich są: klimat, uwarunkowania hydrologiczne, proces samooczyszczania oraz presje natury antropogenicznej. Jeśli chodzi o działalność człowieka główny problem stanowią ścieki komunalne, a także wody kopalniane z przemysłu wydobywczego (najczęściej z wydobycia węgla kamiennego). Niestety nawet oczyszczane ścieki są na tak niskim poziomie (pod względem jakości), że powinno się je oczyszczać ponownie. Problem najczęściej wynika z małych możliwości naszych oczyszczalni. Niestety dominuje mechaniczny typ oczyszczania ścieków, a to nie wystarcza do oczyszczenia ścieku z wielu szkodliwych substancji dających oczyścić się jedynie biologicznie lub chemicznie (i to też nie w stu procentach). Bardzo duże znaczenie ma koncentracja obszarów uprzemysłowionych. Niestety większość z nich leży w górnym biegu głównych dorzeczy. Zjawiskiem pozytywnym jest stopniowe ograniczanie negatywnego wpływu przemysłu na wody. Nie wynika to wyłącznie z chęci pojednania się z naturą i życia z nią w harmonii. Znaczne zanieczyszczenia wód powierzchniowych wiążą się z konsekwencjami ekonomicznymi. Przykładem jest wzrost cen wody do celów gospodarczych. Jest jej coraz mniej, bo coraz większa część jest zanieczyszczona i nie spełnia wymogów w związku z czym coraz trudniejszy jest do niej dostęp. Jedynym sposobem żeby ją pozyskać jest jej uzdatnienie, a to kosztuje. Podobnie jest z korodującymi wodociągami czy zaburzoną gospodarką rybną. Za wszystkim stoi niezdatna (bo zanieczyszczona) do niczego nie nadająca się woda.

Prawo wodne opisuje na jakich zasadach, na terenie Polski, na podstawie stopnia zanieczyszczenia klasyfikuje się wody. Warunkiem przypisania wodzie odpowiedniej klasy są wyniki badań fizykochemicznych oraz biologicznych wskaźników, które musza zawierać się w dopuszczalnych normach. Możemy wymienić 5 klas czystości wód powierzchniowych i podziemnych.

  • Klasa pierwsza - wody charakteryzują się bardzo dobra jakością, nie znajdujemy oddziaływań antropogenicznych
  • Klasa druga - dobra jakość, ale odnajdujemy niewielkie oddziaływanie czynników antropogenicznych
  • Klasa trzecia - określana dla wód zadowalających, widzimy umiarkowany wpływ czynników antropogenicznych.
  • Klasa czwarta - posiadają niezadowalająca jakość, biologiczne wskaźniki wskazują na zmiany ilościowe oraz jakościowe organizmów wodnych, powstałych w wyniku oddziaływań antropogenicznych.
  • Klasa piąta - wody posiadające zła jakość, w wyniku oddziaływań czynników antropogenicznych, występuje zanik pewnych populacji

Przykładowo w 1993 roku, kiedy obowiązywał stary system klasyfikacji czystości wód ( 3 klasowy oraz wody pozaklasowe), przeprowadzono analizę wód na odcinku o łącznej długości 6,2 tysiąca kilometrów. Wyniki wykazały, iż ledwie 2,7% ba dych wód spełniało warunki, które odpowiadały pierwszej klasie czystości wody, do drugiej klasy kwalifikowało się 15,2%, natomiast do trzeciej 28,3%. Niestety, aż 54% badanych odcinków rzecznych okazało się być pozaklasowymi. Badania przeprowadzono według kryterium fizykochemicznego. Rodzaj badań pod kątem biologicznym do drugiej klasy należało tylko 1,8% wód, do trzeciej klasy przyporządkowane 9,7%, a do wód pozaklasowych 88,5%. Analiza nie wykazała obecności ani jednego procenta wód pierwszej klasy czystości. Aktualnie sytuacja przedstawia się lepiej ale nadal potrzebny jest zdecydowany nacisk na ochronę wód. W przypadku jezior polskich sytuacja do niedawna była równie dramatyczna. Ze 130 badanych jezior, jedynie jedno kwalifikowało się do jezior o pierwszej klasie czystości wody. W drugiej i trzeciej klasie mieściło się 60% jezior, a resztę stanowiły jeziora o wodach pozaklasowych. Obecnie jest nieco lepsza, niestety wyniki w dalszym ciągu są niezadowalające. Blisko 25% jezior przyjmuje ścieki bytowo-gospodarcze i przemysłowe. Ścieki te często są niedokładnie oczyszczone. Generalnie czystość wód jeziora jest zależna od zagospodarowania zlewni. Jeśli zlewnia ma charakter rolniczy i dodatkowo pola uprawne przylegają do brzegów jeziora to wtedy tych zanieczyszczeń jest więcej. Dodatkowo wielkość zanieczyszczeń wzmaga brak zadrzewienia i ośrodki rekreacyjno-turystyczne.

W Polsce znaczną wielkością zasobów wodnych mogą poszczycić się Mazurski Park Krajobrazowy i rezerwat biosfery Jezioro Łuknajno. Natomiast jeziorami najmniej zanieczyszczonymi są Mamry Północne oraz Śniardwy. W latach 1991-2001 monitoringiem objęto 154 jeziora. Badania powtarzano dwa razy. Pierwsza tura padła na lata 1991 - 1995, następna 1996 - 2001. badania przeprowadzone w drugiej turze wykazały, że aż 78% badanych jezior pozostało w tej samej klasie czystości wód.

Problemem naszych wód powierzchniowych jest eutrofizacja. Ostatnimi czasy nad ich brzegami powstawały wsie, potem miasta, ośrodki wypoczynkowe, domki letniskowe, z których ścieki odprowadza się właśnie do jezior w postaci najczęściej nieczyszczonej. Ludzie wiedzą o tym, że wody mają zdolność do samooczyszczania i nadwerężają jej możliwości. Aktualnie możliwości te się wyczerpały i woda nie radzi sobie z samooczyszczaniem i w konsekwencji jest coraz bardziej żyzna. W związku z dużą ilością biogenów następuje rozwój fitoplanktonu, a co za tym idzie zmniejszenie przejrzystości samej wody. Mętność wody doskwiera zwłaszcza latem, gdy fitoplankton rozwija się intensywniej. Ze spadkiem przejrzystości spada ilość docierającego do toni wodnej światła, co powoduje wyginięcie roślin wodnych. Również giną zwierzęta, dla których czynnikiem destrukcyjnym jest brudna woda. Następnie na terenie zbiornika wodnego może powstać bagno czy torfowisko. Omawiany problem dotyczy również Morza bałtyckiego. Trafiają do niego ścieki komunalne i przemysłowe, jak i te pochodzące z żeglugi morskiej (z wycieków, w trakcie których miliony szkodliwych substancji zabija życie morskie). Morze Bałtyckie łączy się z oceanem tylko w jednym miejscu, dlatego wymiana wody zachodzi bardzo powoli. Woda ma zdolność do samooczyszczania. Jego intensywność wzrasta w warunkach ciągłego napływu tlenu. Dzieje się tak przy wyższej temperaturze, ruch wody na tyle wydajny by rozprowadzać ścieki zapewniając przy tym przepływ gazów pomiędzy wodą, a atmosferą. Niestety w przypadku katastrofy tankowca, gdy do wody dostaje się mnóstwo chemikaliów natura nie jest w stanie sobie poradzić. Szczęśliwie dla nas i natury również w Morzu Bałtyckim zmniejsza się ilość zanieczyszczeń. Analizy wykazały, iż w okresie pomiędzy 1996 rokiem, a 2000 ładunek fosforanów (aż o 21,1%) i fosforu całkowitego (9,8%) wpływający rzeką Odrą do morza się zmniejszył. O poprawie stanu wód morskich świadczy również większa ilość wcześniej rzadko spotykanych gatunków ryb.