Klonowanie pomimo swoich licznych zalet niesie ze sobą także wiele zagrożeń i wątpliwości moralnych. Dlatego też niektóre państwa zabroniły klonowania człowieka, pomimo nadziei z nim związanych. Jedną z przyczyn jest pytanie jak głęboko naukowcy mogą ingerować w naturę. Czy można zastąpić cud poczęcia i narodzin nowej istoty ludzkiej tworzeniem jego kopii w setkach probówek? Większość religii, a także autorytetów moralnych twierdzi że nie i sprzeciwia się klonowaniu.

Naukowcy przestrzegają, że tworzenie wielu kopii identycznych osobników może zachwiać naturalną różnorodnością genetyczną w przyrodzie. Problem ten dotyczy jednak tylko klonowania na dużą skalę, co jest obecnie i w najbliższej przyszłości raczej niemożliwe z powodu wysokich kosztów tego procesu.

Kolejnym zagrożeniem jest teoretyczna możliwość wskrzeszenia zmarłych niesławnych postaci. Gdyby terroryści dysponowali tą technologią mogliby sklonować np. Hitlera lub Stalina, co miałoby tragiczne skutki dla ludzkości.