Zanieczyszczeniami nazywamy związki chemiczne, substancje promieniotwórcze a także mikroorganizmy, które znajdują się w glebie w większej niż normalnie ilości. Dostają się one do środowiska w stanie stałym lub ciekłym wraz z odpadami z przemysłu i miast. Zanieczyszczenia gazowe wypuszczane są przez różnego rodzaju zakłady przemysłowe oraz silniki pojazdów spalinowych. Nawozy sztuczne czy środki stosowane do ochrony roślin w rolnictwie także zatruwają środowisko. Głównymi i najbardziej powszechnymi substancjami skażającymi gleby są związki pochodzenia organicznego (takie jak na przykład pestycydy), azotany oraz metale ciężkie takie jak kadm, ołów, cynk czy rtęć. Zanieczyszczenia te wpływają negatywnie na urodzajność gruntu obniżając ilość i jakość plonów, co wywołane jest zmianami własności chemicznych, fizycznych czy mikrobiologicznych gleb. Skażenia wpływają także na estetykę roślin oraz przyczyniają się do niszczenia trzonów budynków i innych struktur podziemnych, np. różnego typu rurociągów.

Działalność człowieka może zmieniać chemiczne właściwości gleby takie jak odczyn, poprzez jej zakwaszenie lub alkalizację, jest w stanie zwiększyć jej zasolenie oraz ją skazić. Odczyn chemiczny gruntu ma wpływ na przebieg licznych procesów zachodzących w glebie. Wpływa on na:

- rozpad skał, z których powstaje gleba,

- mineralizację oraz humifikację resztek pochodzenia organicznego,

- proces nitryfikacji, czyli utlenianie do postaci azotanów jonów amonowych,

- zjawisko denitryfikacji, czyli redukcję azotanów, w wyniku której powstaje amoniak lub azot,

- procesy życiowe organizmów glebowych tzw. edafonu oraz rozwój roślin,

- agresywność gruntu.

W wyniku zjawiska rozkładu materii pochodzenia organicznego, przedostawania się do gruntu substancji produkowanych przez rośliny takich jak kwasy mineralne i organiczne, a także rozpadu związków żelaza czy glinu np. AlCl3 (chlorek glinu) gleba ulega zakwaszaniu. Kwaśne deszcze, dostarczające do podłoża jony chlorkowe, wodorowe, azotanowe, siarczanowe a także różnorakie szkodliwe substancje znajdujące się w powietrzu i wymywane wraz z opadami, dodatkowo potęgują zakwaszenie. Opady te mają niekorzystny wpływ na glebę, ponieważ powodują rozpad pierwotnych oraz wtórnych minerałów, uwalniając w ten sposób toksyczny glin znajdujący się w glinokrzemianach, usuwają mineralne części znajdujące się w kompleksie sorpcyjnym gleby, a także spowalniają procesy życiowe mikroorganizmów. Wymywanie pyłów cementowych znajdujących się w atmosferze może prowadzić do alkalizacji gruntu. Nawozy sztuczne, ścieki czy zanieczyszczenia powietrza zawierają niekorzystne dla gleby w nadmiernych ilościach azotany, które spowalniają wzrost roślin, powodują mniejszą odporność na schorzenia, niszczą korzystną miedź i przyczyniają się do powstania rakotwórczych, toksycznych dla roślin nitrozoamin. Roślinność dojrzewająca na glebach z podwyższoną zawartością azotu wpływa niekorzystnie na zdrowie zwierząt oraz ludzi.

W wierzchniej warstwie gleby kumulują się substancje pochodzenia organicznego i mineralnego. Jest to tzw. poziom akumulacyjny lub warstwa próchnicza, decydująca o żyzności gruntu. Zanieczyszczenia, zbyt intensywne nawożenie a także zaburzenia mechaniczne powodują pogorszenie się jej stanu. Spadek zawartości i wartości próchnicy, usuwanie jonów zasadowych (np. potasu, wapnia czy magnezu), zakwaszenie oraz rozpad konstrukcji gleby przyczyniają się do zjawiska ługowania, czyli bielicowania, które na trwale zmniejsza żyzność podłoża niszcząc glebę i powodując spadek stopnia bonitacji, oznaczający jej użyteczność. Kumulowaniu się zanieczyszczeń w gruncie sprzyja stosowanie związków chemicznych w rolnictwie, znajdujących się w nawozach, środkach wykorzystywanych do ochrony roślin oraz specyfikach ulepszających strukturę gleb.

Podsumowując, do przyczyn powodujących niszczenie gleb należą: intensywna gospodarka rolna, spadek poziomu wód podziemnych czy zmiany pogodowe. Wyjątkowo szkodliwą działalnością człowieka jest wycinanie lasów, czyli deforestacja stosowana w celu uzyskania drewna. Skażenie powietrza i przesuszenie terenu także przyczyniają się do niszczenia lasów. Zjawisko denudacji, polegające na destrukcji profilu gleby oraz zrównywania powierzchni za sprawą erozji zarówno wietrznej jak i wodnej, także powiązane jest z wylesianiem. Innym procesem degradującym grunt jest tzw. zmęczenie gleby na skutek złego nawożenia albo skażenia. Zmniejsza się wtedy żyzność gleby, ponieważ składniki pokarmowe zastają wyczerpywane a równowaga dynamiczna zastaje naruszona. Zanieczyszczenia z gleby mogą być przenoszone do zbiorników wód powierzchniowych i do wód gruntowych.