jezuita, pisarz polityczny, polemista, kaznodzieja. Został pierwszym rektorem ufundowanej przez króla Stefana Batorego akademii w Wilnie. Słynął tutaj jako znakomity kaznodzieja, jego kazań słuchać miało jednocześnie ponad 10 tys. wiernych, nawrócił też na katolicyzm m.in. Mikołaja Krzysztofa Radziwiłła "Sierotkę".
Był też świetnym organizatorem i dlatego Batory polecił mu założenie nowych kolegiów jezuickich w Rydze, Połocku oraz domu zakonnego w Dorpacie. Z Litwy Skarga przeniósł się do Krakowa, gdzie został przełożonym domu jezuitów przy kościele św. Barbary. Tutaj za zezwoleniem króla utworzył bractwa religijne i charytatywne (Bractwo Miłosiernych, Bank Pobożnych).
Jest autorem wielu prac, np.: O jedności Kościoła Bożego pod jednym pasterzem i o greckim od tejże jedności odstąpieniu, Żywoty świętych czy arcydzieła kaznodziejskiego, jakim są Kazania sejmowe (1597 r.), w których skrytykował szlachtę i postępującą w państwie anarchię, niesprawiedliwe stosunki społeczne i opowiedział się za wzmocnieniem władzy królewskiej oraz wytępieniem herezji.
Był nadwornym kaznodzieją Zygmunta III Wazy. Ogół szlachty potępiał go za absolutystyczne poglądy, krytykę szlacheckich wolności (Skarga potępił rokosz Zebrzydowskiego) i obronę sprawców tumultów wyznaniowych. Jego prochy spoczywają w krypcie kościoła św. Piotra i Pawła w Krakowie.