Hejnał pełnił przez lata funkcje ostrzegawcze. Alarmował mieszkańców miasta przed zbliżającym się niebezpieczeństwem czy to w postaci nadciągających wojsk wroga, czy też przed pożarem. Po usłyszeniu hejnału należało jak najszybciej zamknąć bramy miasta (w celu ochrony przed zagrożeniem ze strony wroga) lub otworzyć je na oścież umożliwiając tym samym ucieczkę mieszkańcom w sytuacji zagrożenia czyhającego w murach miasta.
Zgodnie z legendą do takiej sytuacji doszło w 1240 r. Strażnik pełniący akurat swoją służbę na kościelnej wieży, dostrzegł zbliżające się zagrożenie. Co sił w płucach zaczął grać na trąbce, chcąc ostrzec zgromadzoną w grodzie załogę przed najazdem tatarskim. Jednak w trakcie gry został śmiertelnie ugodzony tatarską strzałą, która przeszyła mu gardło. Nie mógł już zatem dokończyć wykonywanej melodii, która została przerwana w pół taktu. Od tamtej pory, aby uczcić bohaterską postawę krakowskiego hejnalisty, grana melodia nie jest wykonywana w całości lecz urywa się zawsze w tym samym miejscu. Warto zaznaczyć, iż hejnał odgrywany jest do dziś z wyższej wieży kościoła Mariackiego.
Za pierwsze zapisy dotyczące hejnału odnotowane w kronikach uznaje się wzmianki pochodzące z 1392 r. Począwszy od średniowiecza strażnica znajdowała się na wyższej z wież, skąd roztaczał się lepszy widok.
Od czasów średniowiecza aż do drugiej połowy XVIII w. hejnał grany był nieprzerwanie, natomiast zaniechanie jego wykonywania wiązało się z upadkiem gospodarczym Krakowa u schyłku XVIII stulecia. Władze miejskie nie mogły dłużej pozwolić sobie na utrzymywanie hejnalisty. Jednak dzięki staraniom krakowskich mieszczan Julii i Tomasza Krzyżanowskich (z rodu Lichockich), a ściślej rzecz biorąc dzięki zapisom jakich dokonali w testamencie, przeznaczali oni znaczne środki finansowe tylko po to, aby hejnał mógł swobodnie rozbrzmiewać z Mariackiej wieży. Tak też się działo. W latach 1810- 1939 hejnał można było usłyszeć o każdej pełnej godzinie dnia i nocy. Podczas okupacji zezwolono na odgrywanie hejnału tylko dwa razy dziennie. Wyznaczono godziny: 12:00 i 19:00. Rozgłośnia Radiowa - dzisiejsze Polskie Radio Kraków nadało swoją pierwszą bezpośrednią transmisję południowego hejnału w 1927 r.
