Inżynieria genetyczna umożliwiła powstanie roślin transgenicznych, które w krótkim czasie mogą rozprzestrzenić się na bardzo duży obszar. Jest to powodem licznych protestów podnoszonych przez ugrupowania ekologiczne i konsumenckie, takie jak np. "Greenpeace", których członkowie obawiają się zachwiania różnorodności gatunków, wydostania się transgenicznych organizmów do środowiska i nieprzewidywalnych, długofalowych skutków spożywania takich roślin.
Skutkami nieodpowiedniego, wręcz złego, zastosowania dokonań inżynierii genetycznej są ataki bioterrorystyczne, które miały miejsce w wielu krajach.. Już w 1925 roku wprowadzono zakaz używania broni bakteriologicznej, a w 1972 także produkcji i pozyskiwania bojowych materiałów zakaźnych. Konwencje te nie we wszystkich państwach są jednak przestrzegane, co stwarza dodatkowe zagrożenie, które może być przyczyną wielu tragedii po przedostaniu się broni takiego rodzaju w ręce terrorystów. Oprócz sławnego już wąglika, wykorzystują oni także inne wirusy (np. wirusy gorączek krwotocznych, takich jak ebola, marburg) oraz bakterie groźne dla ludzi, które mogą spowodować dżumę, ospę prawdziwą i inne niebezpieczne choroby.
