Pęcherz jest częścią układu moczowego, w którym zbierany jest mocz. Spotyka się wiele schorzeń tego organu.
Przykładem jest zapalenie pęcherza moczowego, które może mieć dwojaki przebieg - ostry bądź przewlekły. W przypadku zapalenia ostrego błona śluzowa pęcherza jest zaczerwieniona i obrzęknięta, a czasem obserwować na niej można wybroczyny lub owrzodzenie. Takie zmiany mogą ustąpić, lub prowadzą do przewlekłego zapalenia pęcherza moczowego. Wówczas stan zapalny dotykać może mięśniówki pęcherza, powodując zwłóknienie w ścianie i zanikanie błony śluzowej. Powstają blizny, które znacznie zmniejszają pojemność pęcherza moczowego i może on mieścić mniej moczu niż w zdrowym organizmie. Zapalenie ostre pęcherza moczowego objawia się przede wszystkim bolesnością oraz zwiększoną częstością oddawania moczu. Ból odczuwalny jest także w dole brzucha. U chorego występuje stan podgorączkowy. Przewlekłe zapalenie pęcherza moczowego daje zbliżone objawy, jednak ich nasilenie jest znacznie słabsze. W moczu chorych występuje znaczna ilość białych krwinek, a także niewielka czerwonych. Nie jest on przejrzysty i daje się odczuć mocny zapach przypominający amoniak.
Leczenie zapalenia pęcherza sprowadza się przede wszystkim do obniżenia objawów bólowych. Dlatego chory powinien leżeć, szczególnie w czasie występowania gorączki. Okolice podbrzusza powinny być ogrzewane, na przykład ciepłymi kompresami. Ważna jest także dieta, która nie powinna obciążać organizmu. Ważne jest, aby zapalenie pęcherza skutecznie wyleczyć, bowiem w przeciwnym razie grozi choremu przewlekłe odmiedniczkowe zapalenie nerek.
Zapalenie może być także objawem nowotworu pęcherza moczowego. Najczęściej, bo w około 60 procentach, początki choroby nowotworowej objawiają się krwiomoczem, któremu nie towarzyszy ból. Potem może wystąpić zapalenie pęcherza i nieprawidłowości w pracy nerek. Aby zdiagnozować raka stosuje się biopsję, oraz badanie pęcherza przy użyciu cystoskopu (tzw. cystoskopia). Bardzo rzadko zdarzają się mięśniaki, czyli nowotwory w tkance mięśniowej, oraz włókniaki, w tkance łącznej. Nowotwór w pęcherzu moczowym zwykle powstaje w nabłonku przejściowym błony śluzowej i może mieć formę brodawczaka. Brodawczak jest niezłośliwym nowotworem, który wychodzi z nabłonka dróg moczowych. Zwykle występuje w pęcherzu, choć może także dotknąć miedniczkę nerkową. Zazwyczaj jest to pojedynczy naciek w formie kosmków, kulisty bądź rozgałęziony palczasto i nie prowadzi do zmian błony śluzowej dokoła niego. Nowotwór może mieć także złośliwy charakter. Występuje w pęcherzu bądź zajmuje ujścia moczowodów. Najczęściej choroba dotyka mężczyzn po 50 roku życia. Wywołuje utrudnienia w oddawaniu moczu (tzw. dysuria), częstomocz - z powodu zmniejszenia pojemności pęcherza, oraz krwiomocz. Raka leczy się poprzez chirurgiczne usunięcie całości lub części pęcherza (cystektomia), bądź bardziej skomplikowane zabiegi usuwania nacieków przez cewkę moczową, np. elektroresekcję przezcewkową. Stosuje się także chemioterapię.
Kamica pęcherza moczowego to choroba objawiająca się występowaniem złogów w pęcherzu. Kamienie (lub piasek) pochodzić mogą z nerki, gdy są zbyt duże aby zostały wydalone wraz z moczem przez ujście cewki. Są to tak zwane kamienie pierwotne. Mogą występować także kamienie wtórne, które powstały już w pęcherzu moczowym, ponieważ z jakiś przyczyn utrudniony był odpływ moczu.