Wybitny współczesny malarz, pisarz i eseista XX wieku. Był bratem eseistki i tłumaczki, współredaktorki paryskiej "Kultury", Marii Czapskiej, i wnukiem znanego kolekcjonera i numizmatyka, hrabiego Emeryka Zachariasza Mikołaja Hutten-Czapskiego. Urodził się w Pradze. Dzieciństwo spędził w Przyłukach pod Mińskiem - majątku rodziny Hutten-Czapskich. Studiował prawo na uniwersytecie w Petersburgu, z powodu mobilizacji musiał przerwać studia. W 1917 r. uczęszczał do szkoły oficerskiej. Po I wojnie światowej studiował na Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie, a następnie w Krakowie. W czasie studiów, w 1923 r. wraz z kolegami zawiązał Komitet Paryski, tj. grupę kapistów (nazwa wywodzi się od skrótu KP). W jego skład (oprócz J. Czapskiego) wchodzili S. Boraczok, J. Cybis, J. Jarema, A. Nacht, T. P. Potworowski, H. Rudzka-Cybisowa.
W 1920 r. Czapski uczestniczył w wojnie polsko-bolszewickiej. Za udział w niej został odznaczony Krzyżem Virtuti Militari. W latach 1924-33 przebywał w Paryżu, gdzie wraz z innymi kapistami w 1925 r. utworzył oddział macierzystej uczelni (Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie). Celem utworzenia tej uczelni było pragnienie kontynuowania studiów malarskich oraz chęć zapoznania się z nowymi kierunkami sztuki francuskiej. W latach 1939-41 Czapski przebywał w sowieckich łagrach w Starobielsku, potem w latach 1941-42 był żołnierzem Armii Polskiej generała Władysława Andersa, z którego polecenia prowadził na terenach ZSRR poszukiwania zaginionych oficerów polskich (także tych zastrzelonych w Katyniu przez władze sowieckie). Był żołnierzem Drugiego Korpusu Polskiego. Od 1945 r. przebywał na emigracji. Zamieszkał w Paryżu, potem w Maisons-Laffitte, współredagował ważny miesięcznik emigracyjny "Kultura" (czasopismo to wydawał Instytut Literacki od 1947 r. w Rzymie, później, od 1948 r., w Paryżu, redaktorem naczelnym był J. Giedroyc). Zmarł w 1993 r. w Maisons-Laffitte.
Czapski był wybitnym malarzem i pisarzem. Malując obrazy, kładł szczególny nacisk na kolory i kształty, podkreślał kontrastowość barw, siłę ekspresji. Jego dzieła charakteryzuje dramatyzm i groteskowość. Jako pisarz debiutował utworami poświęconymi malarstwu i malarzom, np. Józef Pankiewicz (1936), O Cézannie i świadomości malarskiej (1937). Późniejsze jego dzieła to eseje o literaturze i sztuce oraz książki o charakterze wspomnieniowym: Wspomnienia starobielskie (1944), Na nieludzkiej ziemi (1949), Oko (1960), Tumult i widma (1981), Patrząc (1983), Dzienniki - wspomnienia - relacje (1986), Czytając (1990), Swoboda tajemna (1991).