Pisarz, jeden z twórców polskiego ekspresjonizmu. Urodził się w Gorzeniu Górnym koło Wadowic. Tam spędził większą część swego życia. Ukończył gimnazjum w Wadowicach, studiował na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Od 1911 r. kontynuował studia w Wiedniu i Dreźnie. Przez kilka lat był nauczycielem w wadowickim gimnazjum, później bezskutecznie próbował założyć pracownię kilimów.
Debiutował jeszcze w czasie studiów uniwersyteckich w Krakowie. W 1908 r. wraz z utworami dwojga innych poetów wydał zbiorek poezji Tententy, w tym samym roku opublikował swe wiersze również osobno w tomie Drogą życia. W 1917 r. związał się z grupą literacką "Zdrój", utworzoną przez prozaika, poetę, dramaturga i artystę-malarza Jerzego Hulewicza.
W latach 1919-21 przebywał w Warszawie i pracował w Wydziale Literatury ówczesnego Ministerstwa Kultury i Sztuki kierowanego przez Zenona Przesmyckiego. Współpracował z pismem "Gospoda Poetów" oraz redagował wraz z Karolem Irzykowskim magazyn literacki "Ponowa".
W 1922 r. wraz z poetą, krytykiem Edwardem Kozikowskim i Janiną Brzostowską zorganizował beskidzką grupę ludowo-regionalną, która skupiła się wokół pisma "Czartak". Później dołączyli do niej Jan Wiktor i Zofia Kossak-Szczucka. Grupa ta działała do 1928 r. Dla Zegadłowicza - wówczas poety i dramaturga - rozpoczął się okres wytężonej pracy twórczej.
W 1928 r. z powodu problemów finansowych artysta przeniósł się z Gorzenia Górnego do Poznania, gdzie pełnił funkcje: kierownika literackiego Teatru Polskiego, dyrektora programowego rozgłośni radiowej, kierownika literackiego Księgarni św. Wojciecha, redaktora naczelnego tygodnika katolickiego "Tęcza". Na łamach tego pisma wydał wiele swoich utworów. Szczególnym wydarzeniem było opublikowanie przez niego w 1931 r. w "Dwutygodniku Literackim" Listu pasterskiego, w którym ośmieszał klerykalizm, kołtuństwo, zakłamanie w sferze moralnej, zacofanie społeczne i intelektualne ówczesnego "Klechistanu". List ten wzbudził żywe poruszenie w sferze klerykalno-endeckiej, Zegadłowicz musiał opuścić Poznań i wrócił do Gorzenia.
Zegadłowicz nie tylko w Poznaniu był bohaterem skandalu ze względu na poglądy, jakie głosił w Liście pasterskim. Po ogłoszeniu drukiem powieści Zmory (1935) w kościołach zaczęto ostro krytykować książkę, a twórcę oskarżano o bluźnierczy stosunek do religii, zepsucie, demoralizację, szerzenie pornografii wśród młodzieży, podżeganie do buntu przeciw panującemu ustrojowi. Poeta bronił się, wydając zbiór listów czytelników powieści pt. Piszemy listy. Burzę wywołała również kolejna jego powieść Motory (1937).
Zegadłowicz współpracował z warszawskim "Dziennikiem Popularnym". We Lwowie podczas Zjazdu Pracowników Kultury występował przeciw niesprawiedliwości społecznej i zniszczonym przez ideologię faszystowską wartościom humanistycznym. W wyniku represji władz policyjnych w stosunku do polskich rewolucjonistów zamknięto "Dziennik Popularny". Grupę redaktorów osadzono w więzieniu, Zegadłowicz znalazł się na liście osób podejrzanych.
Tuż przed wybuchem II wojny światowej poeta wraz ze swą życiową towarzyszką, dziennikarką Marią Koszyc odbywał podróże po kraju, uczestnicząc w wieczorach literackich i czytając swoje utwory. Równocześnie rozwijała się u niego choroba, w wyniku czego w 1941 r. musiał udać się do Sosnowca na leczenie. Zmarł tamże w szpitalu miejskim.
Do dzieł Emila Zegadłowicza należą m.in. stylizowane ballady i poematy, np. Powsinogi beskidzkie (1923), autobiograficzny cykl powieściowy Żywot Mikołaja Srebrempisanego (1927-35), powieści Zmory (1935, zekranizowana w 1937 r.), Martwe morze (1939), dramat Domek z kart (1940), przekłady np. Fausta J.W. Goethego.