Renesansowy pisarzy i duchowy, lekarz i humanista. Informacje o jego życiu często są nieprecyzyjne i nie zawierają dokładnych dat. Nie znamy na przykład dokładnej daty urodzin pisarza. Najprawdopodobniej urodził się około 1490 roku, choć można się też spotkać z opiniami, iż wydarzenie to miało miejsce kilka lat wcześniej (około 1483) lub później (około 1494 roku). Nie wiadomo też dokładnie, kim był z zawodu ojciec Rabelais'go, według jednych źródeł był prostym oberżystą, według innych aptekarzem, kolejne utrzymują wreszcie, że adwokatem.

Miejscem urodzin pisarza było niewielkie miasteczko Chinon w południowej Francji. Podstawy wykształcenia Rabelais zdobył w klasztorze znajdującym się w sąsiedniej wiosce Seuillé.

Ponieważ był najmłodszym z rodzeństwa, zgodnie z ówcześnie panującym zwyczajem, rodzice postanowili, by młody François wstąpił do zakonu. Oddali go więc najpierw na nowicjat do klasztoru de la Baumette koło Angers. Po zakończeniu nowicjatu, około roku 1510, a więc w wieku około dwudziestu lat, Rabelais wstąpił do zakonu franciszkanów, zakonników ślubujących "ubóstwo i pokorę". Klasztor franciszkański znajdował się w Fontenay-le-Comte, François miał tu spędzić następnych piętnaście lat życia. Pobyt w zakonie upłynął przyszłemu autorowi Gargantui i Pantagruela (1532-64) na studiach, co należy zaznaczyć jako fakt niezwykły, gdyż franciszkanie nie widzieli w pilnej nauce istotnych wartości, nie uznawali, by wykształcenie było niezbędne do zbawienia. Jakby trochę na przekór regule zakonu, Rabelais poznał w tym czasie łacinę i grekę, zdobywając wszechstronne i głębokie wykształcenie, na co niezbyt chętnie patrzyli jego duchowni zwierzchnicy.

Franciszkanie słynęli natomiast z doskonale przygotowywanych i wygłaszanych kazań, przeznaczonych dla prostych ludzi. W późniejszych książkach Rabelais'go można znaleźć wiele fragmentów, w których narrator zwraca się do czytelników niczym duchowny w wygłaszanym kazaniu, posługując się przy tym zrozumiałym, klarownym językiem.

Prawdopodobnie pogłębianie znajomości języka greckiego i czytanie greckich ksiąg stało się, około 1525 r., przyczyną zmiany zakonu i przejścia Rabelais'go do benedyktynów. Miało to miejsce po rewizji dokonanej przez zakonników w jego celi. Znaleziono tam greckie rękopisy. Sorboński Wydział Teologiczny odnosił się do pism greckich bardzo krytycznie, w pewnym momencie greka została zakazana.

Pobyt uczonego mnicha w opactwie benedyktynów w Maillezais nie trwał długo. Coraz żywsze zainteresowanie medycyną i botaniką sprawiło, że już w roku 1527, a więc w wieku około 40 lat, Rabelais udał się do Paryża, gdzie udało mu się uzyskać święcenia księdza świeckiego. Rozpoczęła się trwająca kilka lat wędrówka pisarza po Francji, być może też po innych krajach Europy. Niewiele jest danych biograficznych z tego okresu, wiadomo, że Rabelais w tym czasie praktykował medycynę i pełnił - bez stosownych upoważnień - funkcje i obrzędy kapłańskie.

Około 1530 r. Rabelais pojawił się w Montpellier, gdzie studiował medycynę. O jego przygotowaniu do studiów i posiadanej już wiedzy najlepiej świadczy fakt, że tytuł bakałarza zdobył w błyskawicznym tempie, bo po zaledwie sześciu tygodniach. Przeciętnemu studentowi zajmowało to trzy lata.

W 1532 r., w wieku około pięćdziesięciu lat, Rabelais przeniósł się z Montpellier do Lyonu. Tam zaczął pracę w szpitalu powszechnym, otrzymując pensję w wysokości 40 funtów rocznie. Praca nie była najlepiej opłacana, w dodatku świeżo upieczony lekarz nie pełnił swoich obowiązków zbyt sumiennie, wiadomo na przykład, że zdarzało mu się nie pojawiać w pracy. Wkrótce Rabelais odszedł z zawodu. W tym czasie utrzymywał się z prac dorywczych, takich jak układanie kalendarzy czy też przygotowywanie książek do wydania.

Momentem przełomowym w biografii pisarza było zlecenie, jakie otrzymał od jednego z księgarzy, który zaproponował Rabelais'mu opracowanie dalszego ciągu niezwykle popularnej anonimowej książki, zatytułowanej Wielkie i nieocenione kroniki ogromnego giganta, Gargantui. Ta historia olbrzyma, napisana prostym językiem, była przeznaczona dla czytelników szukających niewybrednego humoru, a nawet wulgarności. Cieszyła się jednak ogromnym powodzeniem, co obrotnemu księgarzowi podsunęło pomysł zarobienia kolejnych pieniędzy na kontynuacji tego XVI-wiecznego bestselleru. Rabelais pomysł podchwycił i w ten sposób, w 1532 r. na rynku ukazała się książka zatytułowana Okropne i przeraźliwe dzieła i uczynki sławnego Pantagruela, króla spragnionych, ułożone przez Mistrza Alkofrybasa Nasiera. Pantagruel był synem Gargantui, książka Rabelais'go była więc jakby drugą częścią anonimowego dziełka.

Okropne i przeraźliwe dzieła i uczynki sławnego Pantagruela... odniosły wielki sukces, co spowodowało, że w przeciągu następnych lat pisarz stworzył jeszcze cztery części dzieła, które do dzisiaj jest chętnie czytywane i wysoko cenione przez znawców przedmiotu.

W tym czasie miało miejsce wyraźne zaostrzenie sporów wokół kwestii religijnych. Dbający o swoje bezpieczeństwo Rabelais znalazł protektorów, między innymi biskupa paryskiego Jana du Bellay - dzięki jego ochronie mógł później kilkakrotnie zwiedzać Włochy (pierwszy raz w roku 1534, jako przyboczny lekarz biskupa). Bellay ochraniał też Rabelais'go przed atakami Sorbony po wydaniu kolejnych ksiąg Gargantui i Pantagruela.

Gdy w 1534 roku du Bellay został kardynałem, pomógł pisarzowi - w czasie kolejnego pobytu w Rzymie - uregulować jego stosunki z Kościołem (na Rabelais'em ciążył przecież grzech apostazji, za wykonywanie obowiązków kapłańskich bez zezwolenia).

W 1536 r. Rabelais wrócił do Paryża, w 1539 r. zaś został lekarzem przybocznym Wilhelma du Bellay, brata swego protektora. Wiadomo, że w tym czasie wiele jeździł po Francji, towarzysząc Wilhelmowi w jego podróżach. W 1543 roku Wilhelm du Bellay zmarł. Ponieważ od początku lat czterdziestych we Francji toczyły się gwałtowne wojny religijne, pisarz - obawiając się o swoją głowę - wyjechał do Metzu, gdzie przez rok pracował jako lekarz miejski.

Pod koniec życia pisarz otrzymał probostwo i osiadł w Meudon, gdzie zmarł. Śmierć przerwała pracę nad ostatnią księgą przygód Pantagruela. Utwór ten został jednak wydany, choć najprawdopodobniej dokończony jest przez innego autora.