formalnie został założony 14 III 1440 r. na zjeździe w Kwidzynie. Założyło go rycerstwo, przedstawiciele patrycjatu miejskiego i kupcy ziemi chełmińskiej, Pomorza Gdańskiego, Powiśla i Warmii.

Związek ten był organizacją nawiązującą do związków stanowych (konfederacji) powoływanych w Polsce czy w Inflantach. Działające w nim stany pruskie miały sobie zapewnić wzajemną pomoc w przypadku wydania przez Zakon niesprawiedliwego wyroku w sprawach dotyczących ich członków (nadmierny fiskalizm Zakonu), a jednocześnie w ramach swojej organizacji podejmowały określone działania gospodarczo-społeczne i prawno-polityczne.

Skłócone w tym czasie władze zakonne początkowo tolerowały istnienie Związku, ale już po roku podjęły z nim energiczną walkę. W zamian za jego likwidację obiecywały, że zwalczą nadużycia prawno-finansowe, następnie usiłowały skłócić rycerstwo i mieszczaństwo, a wreszcie rozwiązać organizację jako niezgodną z prawem kościelnym (Zakon zwrócił się w tej sprawie do papieża i cesarza).

Związek Pruski, chcąc uniknąć procesu papieskiego, złożył w 1452 r. skargę na Zakon, na ręce cesarza Fryderyka III Habsburga. Tajna Rada Związku Pruskiego przygotowała szczegółowy wykaz nadużyć Krzyżaków. Zakon starał się nie dopuścić do sądu - dokonano nawet napadu na posłów pruskich. Cesarz wydał jednak wyrok korzystny dla Zakonu i nakazał Związkowi rozwiązać się, a wobec opornych zezwolił na represje (1453 r.).

W odpowiedzi Związek Pruski wysłał poselstwo do króla Kazimierza Jagiellończyka z propozycją by przyjął Prusy pod swoją władzę. Jednocześnie Związek rozpoczął powstanie antykrzyżackie i opanował większość krzyżackich zamków. 6 III 1454 r. Kazimierz Jagiellończyk podpisał akt inkorporacji Pomorza i Prus do Polski. W rezultacie doprowadziło to do wojny polsko-krzyżackiej.