Towarzystwo Demokratyczne Polskie przygotowywało w kraju trójzaborowe powstanie, na czele którego miał stanąć Ludwik Mierosławski. Akcję planowano rozpocząć 21 II 1846 r. w Galicji i zaborze pruskim, a następnie wojska powstańcze miały uderzyć na Królestwo Polskie. Denuncjacja H. Ponińskiego spowodowała, że spiskowcy z terenu Wielkopolski zostali aresztowani przez władze pruskie.

Tymczasem w Krakowie doszło do walk z Austriakami, którzy zostali zmuszeni do opuszczenia miasta. 22 II 1846 r. powołany został Rząd Narodowy na czele z Janem Józefem Tyssowskim. Rząd szybko ogłosił manifest, w którym powoływał Polaków do walki. W zamian za przystąpienie do powstania obiecywał chłopom uwłaszczenie i nadanie ziem z dóbr narodowych. 24 lutego Tyssowski rozwiązał rząd i mianował siebie dyktatorem powstania. Jego sekretarzem został E. Dembowski. Chcąc zachęcić chłopów do walki, rzucił on dość radykalne hasła: utworzenie warsztatów narodowych, kary dla szlachty za utrudnianie uwłaszczenia.

Siły powstańcze były zbyt słabe, by podjąć wyrównaną walkę z wojskami austriackimi. Bitwa stoczona 26 lutego pod Gdowem zakończyła się klęską powstańców, dzień później zginął Dembowski. Tyssowski złożył władzę 2 marca i wyjechał z kraju, a rządy w Krakowie przejął Komitet Bezpieczeństwa kierowany przez J. Wodzickiego. Rozpoczął on pertraktacje z zaborcami. Wojska rosyjskie i austriackie wkroczyły do miasta 4 marca i aresztowały ok. 1200 powstańców.

Administracja austriacka w tym czasie bardzo zręcznie wykorzystywała wrogość między chłopami a szlachtą. Rozrzucono pogłoski, że cesarz przygotowuje w Wiedniu reformę, która poprawi sytuację chłopów, a szlachta jest temu przeciwna i dlatego przygotowała powstanie. Urzędnicy obiecali też chłopom zapłatę za dostarczenie pojmanych powstańców.

Chłopi nie ograniczyli się tylko do rozbrojenia powstańców, ale zaczęli też niszczyć dwory szlacheckie i mordować ziemiaństwo. Zginęło ponad 1000 osób, a około 470 dworów zostało spalonych. Na czele tej rebelii (tzw. rabacja galicyjska) stanął Jakub Szela. Kiedy działalność chłopów wymknęła się spod kontroli Austriaków, skierowali przeciw nim wojsko. Sytuacja uspokoiła się dopiero latem 1846 r.

Zaborcy rozprawili się z powstańcami bardzo surowo - zapadły wyroki śmierci oraz długotrwałego pobytu w ciężkich więzieniach lub na katordze. Przekreślone zostały także nadzieje emigracji na odzyskanie przez Polskę niepodległości poprzez zbrojne powstanie.

Kolejna klęska znacznie zahamowała rozwój ruchów spiskowych w kraju, gdyż większość przywódców znalazła się w więzieniu, a inni musieli wyemigrować. Załamało się także przekonanie o kierowniczej roli emigracji w życiu politycznym Polaków. Zauważono, że emigranci żyją w oderwaniu od kraju i nie potrafią dokładnie dostrzec ani trafnie ocenić zachodzących w nim zmian. Powoli dojrzewało przekonanie, że walka o wyzwolenie narodowe musi zostać połączona ze zmianą dotychczasowych stosunków społecznych.

Nastał też kres istnienia Rzeczypospolitej Krakowskiej. Wolne Miasto Kraków zostało 16 XI 1846 r. bezpośrednio włączone do Austrii.