ostatni etap utleniania biologicznego w oddychaniu tlenowym. Zachodzi po cyklu Krebsa i przebiega w błonach wewnętrznych mitochondrium. Istotą łańcucha oddechowego jest aktywne przepompowywanie protonów w poprzek błony z matriks do przestrzeni perymitochondrialnej. W błonie wewnętrznej mitochondrium znajdują się przenośniki elektronów (FMN, FeS, ubichinon oraz cytochromy), które są uporządkowane zgodnie z rosnącym potencjałem redukcyjnym, co oznacza, że każdy następny pobiera elektrony od swego poprzednika w łańcuchu. Elektrony i protony pochodzą z NADH+ + H+ i FADH2 powstających we wcześniejszych etapach oddychania. Przepływ elektronów przez kompleks przenośników błonowych powoduje przemieszczanie protonów z matriks do przestrzeni międzybłonowej. Elektrony są ostatecznie przekazane na tlen i powstaje anion tlenkowy O2- (2e + 1/2O2 → O2-). W przestrzeni perymitochondrialnej występuje nadwyżka protonów w stosunku do matriks, czyli powstaje gradient protonowy. Nadwyżkowe protony wracają do matriks przez kanały jonowe białek tunelowych (CF0, CF1). Białka te są kompleksem enzymatycznym syntaz ATP. Wracające przez nie do matriks jony wodoru uderzają w resztę fosforanową, co powoduje przyłączenie jej do ADP. Jest to reakcja syntezy ATP zwana fosforylacją oksydacyjną. Protony ostatecznie łączą się z anionem tlenkowym O2- i powstaje woda metaboliczna O2- + H+ → H2O. Powyższe procesy zostały opisane w teorii chemiosmotycznej Mitchella. W organizmach prokariotycznych oddychających tlenowo łańcuch oddechowy przebiega w mezosomach. Łańcuch oddechowy jest najbardziej energodajnym etapem utleniania biologicznego.
Schemat działania pompy protonowej w łańcuchu oddechowym przebiegającymw błonie grzebienia mitochondrialnego